日本海军和陆军的矛盾渊源很深，明治维新之后就已经萌生了，天皇一度也无法调解。
在二战时，海军和陆军不能一致行动，分歧众多，谈几点看法吧：第一，战略上的对立，1936年，参谋本部战争指导科科长石原莞尔代表陆军部制定了《国防国策大纲》，主张北进，以全部力量击垮苏联，与陆军相反，海军制定了《国策要纲》，主张北守南进，但是最后的广田内阁谁都不敢得罪，制定了《帝国外交方针》，主张南北并进，把美国和苏联列为同等目标。
第二，但是随着张鼓峰、诺门坎战役中的失败，陆军同意暂缓北进，现行实施南进，但就在此时，德国在欧洲战场初期取得了大胜，北进主张又开始兴奋起来。
1941年7月，日军实行全国总动员，准备实施北进，这是海军又反对起来了，其后，德军在苏联遭到重创，陆军的北进开始无限期推迟，南进开始成为了国策，所以，1941年，12月，日本偷袭珍珠港。
第三，在侵华战争的脚步问题上，双方也有分歧，例如陆军主张先控制华北，打持久，海军则主张速战速决，重点进攻上海，在对待青岛的问题上，陆军想让青岛陆军管辖，青岛是日军华北的重要补给基地，而海军则主张把青岛改为海军港口和基地，设立华北海军部。
第四，日本偷袭珍珠港后，对于下一步作战计划，双方又发生了对立，陆军主张应以中国地区为重点，总体上实施防守，保住既得利益，海军则主张在太平洋与美军决战才是重中之重，主张进攻夏威夷和澳大利亚。
第五，中途岛战役失败后，海军颜面尽失，隐瞒战况，把责任推卸给陆军，说他们派出协调作战兵力太少。而且，战争后期，双方互相隐瞒战报。 最后，海军放弃了之前能够确保太平洋岛屿万无一失的豪言壮语，不得不求助陆军，陆军对此很鄙视。
双方还有对军费的争夺，很难想象，陆军抛开海军自己建造航母，自己建造潜艇，自己为岛屿上的守军运输物资弹药，这样的海陆配合，日本能不败吗？