农家肥含有细菌和害虫，如大肠杆菌、线虫等。直接使用会导致病虫害、农作物病害的传播，还会影响食用农产品的人体健康。当未成熟鸡粪在土壤中发酵时，容易滋生细菌和害虫。鸡粪是野营地和根结线虫的温床。鸡粪携带的鸡蛋数量是每1000克100个。
线虫对化学物质极其敏感。施用后，线虫会迅速迁移到地下50厘米-1.5米的深度逃逸，因此很难治愈。根结线虫是最致命的隐患之一，将发酵不足的牲畜农家肥施于田间后，当发酵条件满足时，将开始二次发酵。如果发酵地点的根部很近，作物很小，发酵产生的热量将影响作物的生长，并在严重情况下导致植物死亡。
牲畜农家肥一般是强酸肥料(酸碱度为3.6~4.7)，使用时需要发酵来调节酸碱度。因此，在果园施用酸性农家肥相当于“雪上加霜”，对果树造成损害，如烂根、黑根、黄叶、树势早衰、养分吸收受阻等。
当在地下使用生肥料时，分解过程中会产生甲烷和氨等有害气体，对土壤和作物造成酸损害和根部损害。更重要的是，产生的乙烯气体具有抑制根生长的作用，也是根燃烧的主要原因。虽然原粪肥含有一定的有机物，但不发酵需要一定的时间分解转化，分解过程消耗土壤中的氧气，使土壤暂时处于缺氧状态，抑制作物生长。