顺治二年(1645年)五月,大清兵攻克南都,唐王朱幸键在福州自立为王。李自成在九宫山被打死以后,他的将领刘体仁、郝摇旗等因为没了主帅,打算归附腾蛟。他们率领四五万人突然间进入湘阴,与长沙相距只一百多里。城中的人们不知道他们是来归顺的,非常害怕。朝宣就率兵回燕子窝去了。上瑞请求腾较出去避一时,腾蛟说:“死在左良玉的手中,同死在贼手,是一样的,为什么要逃避呢?”长沙知府周二南请求前往侦察他们,腾蛟派了一千人为他护行。贼兵认为他们是来迎战的,就用箭射死了他,随行的士兵也都死了。这下城中更加惧怕,士绅百姓、男男女女全都逃跑了。腾蛟同章旷谋划,派遗部将万大鹏等两个人前去招安。贼寇见只有二匹马,就迎接他们进入演武场,用酒肉招待他们。他们两个没有说一句话,只跟贼寇痛饮。饮酒完毕,贼寇问他们的来意,二人回答说,督师认为淮阴狭小不能够容纳大军,请你们就移驻长沙好了。于是拿出腾蛟的手信招请他们说:“何先生等待着你们归顺的那一天,他发誓永远保证你们享受富贵。”摇旗等人非常高兴,立刻同大鹏一道到了长沙。腾蛟开诚布公地对他们加以安抚和慰问,设宴饮酒狂欢,并且用牛肉和酒搞劳了他的随行官员。腾蛟命令先璧率领三万士兵演习骑射,大小军旗遮天蔽日。摇旗等又非常高兴,招集他的党羽袁宗弟、蔺养成、王进才、牛有勇等都来归顺,一下子增加了十多万士兵,军威大振。
不多久,李自成的将领李锦、高必正带领几十万部队逼近常德。腾蛟命令胤锡把他们招安了,安置在荆州。李自成在天下造反二十年,攻陷皇都,颠覆庙社,他的几十万士兵最终全归附了腾蛟。而腾蛟上书只说罪魁祸首已除掉,稍微发泄了神灵的一口怨气,应该到郊庙去祭告神灵,始终不谈自己的功劳。唐王非常高兴,立刻任命他为东阁大学士兼兵部尚书,加封他为定兴伯,仍然统帅军队,但是心中怀疑自成之死不真实。腾蛟肯定自成死了,尸体都已经腐烂了。腾蛟不敢以有功自居,因而坚决辞谢给自己加封的爵位。唐王不准他辞谢,命令他谋划攻取江西以及南都。 顺治三年(1646年)永明王即位,腾蛟被封武英殿大学士。加封太子太保。
顺治四年(1647年)春天,进才扬言缺乏军晌,在当地大肆抢劫,并且一直抢到湘阴。恰好大清兵到达长沙,进才逃往湖北。腾蛟不能把守,单枪匹马逃往衡州,长沙、湘阴一同失陷。卢鼎此时把守衡州,而先璧的军队突然到来,大肆掳掠。卢鼎不能抵抗,逃到永州。先璧于是挟持腾蛟到祁阳,又从小路到辰州。腾蛟半道逃脱回来,到了永州。
同年六月,腾蛟在白牙。永明王暗中派遣中使告诉他刘承胤的罪行,命令他到武冈除掉他。腾蛟于是前去拜见永明王,永明王和王太后都召见了他。承胤起初是一个小校,凭腾蛟推荐做到了大将,现在已经渐渐地骄傲起来。
同年八月,大清兵打下武冈,承胤投降了。永明王先逃往靖州,后来又到了柳州。当时常德、宝庆已经丢掉了,永州也再次陷落。永明王打算返回桂林,而桂林城中只有焦琏的微弱兵力,腾蛟率领印选、一青的部队进城支援他们。可是南安侯郝永忠也突然带着一万多兵力到来,打算同焦琏的军队作战,恰好宜章伯卢鼎的军队也到了,腾蛟三下里为他们相互调剂,桂林才安定下来。子是腾较派遣焦琏、永忠、卢鼎、印选、一青分别把守兴安、灵川、永宁、义宁各州县,腾蛟率领五位将领联合抵御。 何腾蛟在抗清被俘后,誓不归顺,表现了不能恢复南明的遗憾和至死不渝的坚贞民族气节。