顺治二年（1645年）五月，大清兵攻克南都，唐王朱幸键在福州自立为王。李自成在九宫山被打死以后，他的将领刘体仁、郝摇旗等因为没了主帅，打算归附腾蛟。他们率领四五万人突然间进入湘阴，与长沙相距只一百多里。城中的人们不知道他们是来归顺的，非常害怕。朝宣就率兵回燕子窝去了。上瑞请求腾较出去避一时，腾蛟说：“死在左良玉的手中，同死在贼手，是一样的，为什么要逃避呢？”长沙知府周二南请求前往侦察他们，腾蛟派了一千人为他护行。贼兵认为他们是来迎战的，就用箭射死了他，随行的士兵也都死了。这下城中更加惧怕，士绅百姓、男男女女全都逃跑了。腾蛟同章旷谋划，派遗部将万大鹏等两个人前去招安。贼寇见只有二匹马，就迎接他们进入演武场，用酒肉招待他们。他们两个没有说一句话，只跟贼寇痛饮。饮酒完毕，贼寇问他们的来意，二人回答说，督师认为淮阴狭小不能够容纳大军，请你们就移驻长沙好了。于是拿出腾蛟的手信招请他们说：“何先生等待着你们归顺的那一天，他发誓永远保证你们享受富贵。”摇旗等人非常高兴，立刻同大鹏一道到了长沙。腾蛟开诚布公地对他们加以安抚和慰问，设宴饮酒狂欢，并且用牛肉和酒搞劳了他的随行官员。腾蛟命令先璧率领三万士兵演习骑射，大小军旗遮天蔽日。摇旗等又非常高兴，招集他的党羽袁宗弟、蔺养成、王进才、牛有勇等都来归顺，一下子增加了十多万士兵，军威大振。
不多久，李自成的将领李锦、高必正带领几十万部队逼近常德。腾蛟命令胤锡把他们招安了，安置在荆州。李自成在天下造反二十年，攻陷皇都，颠覆庙社，他的几十万士兵最终全归附了腾蛟。而腾蛟上书只说罪魁祸首已除掉，稍微发泄了神灵的一口怨气，应该到郊庙去祭告神灵，始终不谈自己的功劳。唐王非常高兴，立刻任命他为东阁大学士兼兵部尚书，加封他为定兴伯，仍然统帅军队，但是心中怀疑自成之死不真实。腾蛟肯定自成死了，尸体都已经腐烂了。腾蛟不敢以有功自居，因而坚决辞谢给自己加封的爵位。唐王不准他辞谢，命令他谋划攻取江西以及南都。 顺治三年（1646年）永明王即位，腾蛟被封武英殿大学士。加封太子太保。
顺治四年（1647年）春天，进才扬言缺乏军晌，在当地大肆抢劫，并且一直抢到湘阴。恰好大清兵到达长沙，进才逃往湖北。腾蛟不能把守，单枪匹马逃往衡州，长沙、湘阴一同失陷。卢鼎此时把守衡州，而先璧的军队突然到来，大肆掳掠。卢鼎不能抵抗，逃到永州。先璧于是挟持腾蛟到祁阳，又从小路到辰州。腾蛟半道逃脱回来，到了永州。
同年六月，腾蛟在白牙。永明王暗中派遣中使告诉他刘承胤的罪行，命令他到武冈除掉他。腾蛟于是前去拜见永明王，永明王和王太后都召见了他。承胤起初是一个小校，凭腾蛟推荐做到了大将，现在已经渐渐地骄傲起来。
同年八月，大清兵打下武冈，承胤投降了。永明王先逃往靖州，后来又到了柳州。当时常德、宝庆已经丢掉了，永州也再次陷落。永明王打算返回桂林，而桂林城中只有焦琏的微弱兵力，腾蛟率领印选、一青的部队进城支援他们。可是南安侯郝永忠也突然带着一万多兵力到来，打算同焦琏的军队作战，恰好宜章伯卢鼎的军队也到了，腾蛟三下里为他们相互调剂，桂林才安定下来。子是腾较派遣焦琏、永忠、卢鼎、印选、一青分别把守兴安、灵川、永宁、义宁各州县，腾蛟率领五位将领联合抵御。 何腾蛟在抗清被俘后，誓不归顺，表现了不能恢复南明的遗憾和至死不渝的坚贞民族气节。