两所大学都是曾经著名的“四大工学院”之一，目前来说总体实力华中科技大学比东南大学更强（主要体现在学科广度上，东南大学厉害的专业很厉害，但是华中科技大学厉害的专业更多，擅长的学科也更广），以2012年教育部官方学科评估成绩来讲，两校排名全国前十的学科如下：
东南大学：
学科 ? 名次
交通运输工程?1
生物医学工程?1
艺术学理论 1
电子科学与技术?2
建筑学 2
风景园林 2
土木工程 3
城乡规划 3
信息与通信工程 ?4
仪器科学与技术 ?5
动力工程与工程热物理?6
公***卫生与预防医学 7
华中科技大学：
可能但看两校前十名的学科会觉得两校差不多，东南大学甚至更占优势，但是在10到20名的学科中，东南大学几乎没有啦，而华科记忆中至少有十几个学科，差距一下子就拉开啦。