中医药事业是关系到国计民生的大事，近百年来对中医药问题的争论从来没有停止过，自从?中医的基础理论?阴阳五行是伪科学?和?要将中医退出现行的医疗体制?等争议发起后，引起了轩然大波。在普通公众的眼中，科学好比是正确和有效的代名词，有人说中医的基础理论?阴阳五行是伪科学的说法，自然引起了中医支持者的强烈反对，但中医与科学的关系到底是怎样的？科学的特性与中医理论的基础有着什么样的联系？中医理论的基础对中医药事业的发展之路又有什么样的影响呢？
中医学的基础理论主要包括阴阳、五行、运气、脏象、经络等学说，以及病因、病机、诊法、辨证、治则治法、预防、养生等内容。阴阳是中国古代哲学范畴，中医学运用阴阳对立统一的观念来阐述人体上下、内外各部分之间，以及人体生命活动同自然、社会这些外界环境之间的复杂联系，阴阳对立统一的相对平衡，是维持和保证人体正常活动的基础，如平衡失调和破坏，则导致人体疾病的发生发展，影响生命的正常活动。五行学说用木、火、土、金、水等五个哲学范畴来概括客观世界中的不同事物属性，并用五行相生相克的动态模式来说明事物间的相互联系和转化规律。中医学主要用五行学说阐述五脏六腑间的功能联系及脏腑失衡时疾病发生发展的机理，也用以指导脏腑疾病的治疗。由此可见，中医学的立足基础属于哲学范畴，其基础是阴阳五行。
之所以称阴阳五行只是哲学而不是科学，原因在于它不遵守?客观、逻辑、实证、可重复检验?等科学的方法与规则，也不具备科学理论的?排它性?和?可证伪性?，在面对人类的疾病这种非常客观的东西时，不能根据阴阳五行理论得出一个?排它性?的解释，究竟什么是失调、什么是太盛、什么是不和、什么是虚实？也没有一个能够量化的标准，对待同一个患者，王中医说脾胃不和，可李中医说和的很呢，两人依据都是同一个阴阳五行，但谁对谁错莫衷一是。
近年来，国家大力扶持中医药事业的发展，支持祖国传统医疗的发展，中医是一个完整的医疗体系，其理论体系是博大和复杂的，它有着自成一体的认识方法，当然不能简单地以中医理论不是科学而断然否定它，中医理论是否是正确和可靠的，关键在于它是否得到了实践的检验。可以设想，如果使用与科学不相容的中医理论来认识和指导对疾病的诊断和治疗，并且得到了可靠的正面结论，那当然是对中医理论的肯定，同时也是对科学的补充和修正，如何对中医药理论有效性进行检验就成为关键的问题。
千百年来，中医在中国的历史长河中衍生至今，未被历史淘汰。在西医传入中国之前，一直都是中医在国内治病救人。中医不是万能的，不能因为它不是包治百病就否认其实效性和科学性。中医的传承需要继承，也需要创新。古籍记载的中医理论也并不是完全正确的，需在临床实践中摸索，经过一代一代的医家不断努力，不断修正，不断完善中医理论体系。虽然，目前中医的发展道路出现曲折，但是，我们相信，中医依旧可以乘风破浪，驰骋在历史长河中，一代一代的传承，发展，发扬光大。