剧场版
通往天国的倒计时
终于那些家伙全员出动，看不见出口的杀人游戏，现在，终于开始…… 危险的陷阱让时间陷入停止。 那些黑衣人的背后拥有凶恶的阴谋，这些家伙目的到底为何 而且，灰原哀真正的真面目有是如何呢？雪莉在电话中说：“任务已进行完毕。” 以地面上300公尺的摩天大楼为死亡舞台，魔鬼般的手正在暗处悄悄伸向柯南！……
柯南一行人及高木老弟前往超高层摩天大楼参加落成典礼，另一方面，大概知道叛徒雪莉还活著现身在这典礼上，黑衣组织全员出动，在这典礼上杀害数条人命，同时命令伏特加暗中地进行另一项破坏计画，那就是将这大楼给炸毁,不留活口。在一栋300层的双摩天大楼里，伏特加引爆大楼里的变电器，使得整栋大楼大停电，引起大家的恐慌，纷纷透过空中走廊逃往隔壁大楼避难，唯独小兰困在该大楼而没逃出来，空中走廊被爆炸的威力给炸断，但又必须救出小兰，因此柯南利用他的滑板飞越这天际到爆炸的大楼里，成功地将小兰给救出，但走廊炸断了，滑板也无法让两人成功地飞越这天际，小兰便想到利用蹦极的方法带著柯南从高处往下跳……
漆黑的追踪者
故事的开始，柯南身份被琴酒和伏特加识破并被擒住，小兰眼看就要遭遇毒手……原来是一场梦。
小五郎被请去参加警视厅召开的案件侦破会，发现里面的警察都是熟面孔……
警视厅的松本警视、静冈的横沟警部（哥哥），神奈川的横沟警部（弟弟），群马的山村警部（爆！他居然比佐藤升得还快！真的像柯南想得一样“群马县警署，没问题么？”）、
长野的大和警部，崎玉的荻野警部（某惜认为是个有着危险气息的新人物）、京都的绫小路警部，长野的上原刑事。
当然还有永远都少不了的，东京的目暮、白鸟、佐藤、高木跟千叶。
需要侦破的案件是发生在东京以及周边省县的连续杀人案，死者们身份看不出什么***同点，但是他们死后都被拿走了一件随身物品，却留了张麻将牌在身边。
期间柯南说千叶好像瘦了，千叶很高兴的大讲特讲。而小五郎则说白鸟好像胖了，白鸟很尴尬：“别开玩笑好么？我也是每周去两次健身房的呢！”
侦破会后，山村随口唱着《七つの子》，原因是在厕所里听到有人用手机按出了相似的声音，柯南震惊追出去一看，一人走进了黑色保时捷356A。
柯南从而确定侦破会的众多参与者当中，混有易容高手贝尔摩得。
后在商厦追捕嫌疑犯时，柯南发现被作为人质劫持的人居然也是贝尔摩得假扮的，营救之后找她问事情原由。
原来是被害者当中一人被拿走的物品当中，夹带着组织里的NOC名单。
柯南看到贝尔摩得也得出结论，潜伏在警察当中的人是他人假扮，而被替换的人是谁呢？（秘密！说出来就没意思了）
而这时一个神秘的黑衣组织成员IRISH，正在紧锣密鼓的调查柯南的身份，也得出柯南=新一的结论。（通过黑衣骑士面具上新一的指纹，跟美工课柯南捏的海豚上的指纹对比）
之后演出了一出黑衣组织阻拦警察去最后一个受害者家的狙击戏，当基安蒂的枪瞄准高木说了句“可爱的男生”，而科恩的枪瞄准佐藤说了句“不错的女人”，
两人同时射击时，真是吓死某惜了……（我家高木呀！可千万不能有事儿。当然了……他家的佐藤最好也别出事儿）还好只是车轱辘被打爆了。
佐藤也感觉出那是狙击，当然跟高木说了，可是我家单纯的高木说她应该是多心了。可佐藤还是怀疑警察队伍里混了奸细（敏感而警觉的女人啊）。
佐藤、高木在博士、小哀跟侦探队的联系之后，成功解救被调换、关押了10天的人物。
故事的最后柯南在服部、灰原的帮助下，推理出连续杀人案的凶手会出现在东京塔，赶去、遇到凶手、又遇到假扮警察的IRISH，对方拿到了想要的名单，
小兰为了保护柯南与IRISH发生激斗，被打倒……（个人认为小兰被打倒的原因是，她踢坏了他的假面，那时候他的脸看起来像毁了容的僵尸……）
柯南为了保护小兰引IRISH来到东京塔顶，从他的话里得知自己身份已被拆穿，但是IRISH不想杀死他，
而是要带柯南去见“那位大人”，以琴酒的重大过失来扳倒琴酒，因为琴酒轻易的就杀死了那个IRISH当做父亲般尊敬的匹斯可。
所以他并没有将柯南的真实身份说出去~~~就在他要擒住柯南的时候，琴酒等人乘直升机赶来，求证IRISH已经拿到名单。
可是就在IRISH拿出名单的SD卡，在琴酒的要求下不断向前走之后，基安蒂开枪打穿了SD卡跟他的胸膛……
柯南想救IRISH，这时IRISH明白了贝尔摩得为何要掩护柯南，他说：“工藤新一，你只要一直追查真相就好！”然后他就为了保护柯南被打死了……
之后琴酒抓狂了，开始用飞机上的机关枪疯狂扫射，直升机的探照灯不停的照到躲避中的柯南，机枪一次次的从他身边扫过，可是仅仅只是打中一下。
而琴酒还有飞机中的其他三人，居然都没有看到柯南。
就在柯南被逼入绝境（真面目快给看到了）的时候，巧用博士的新发明，不但脱险，还打掉了琴酒的飞机。（好强悍的发明）
众多警察赶到，营救成功~~~欢喜大结局！
看到飞机坠落、爆炸，骑着机车在周围转的贝尔摩得不禁露出笑容：“真不愧是银色子弹呀！”（好多字，累……）
后来柯南得到消息，直升机的残骸中没有任何人的遗体……也就是说，肯定是在坠落前跳伞离开了直升机~~~
最后的最后就是一如既往的冷笑话大王，阿笠博士的冷笑话了:
今年（的这天）下着雨，只有七夕那天才能相见的牛郎跟织女，就随意的决定在コイビトとともに过ごす日（与恋人一起度过的日子）简略为コイともの日见面。
接下来，那一天是下面的哪一个呢？
1）1月1日の元旦 2）2月2日顷の节分（2月2日左右的立春） 3）3月3日の桃の节句（3月3日的女儿节） 4）5月5日の端午の节句（5月5日的端午节，也是儿童节、男儿节）
答案是：4！
原因：5月5日是儿童节，也就是“子供の日”，分开写成“子イ ***の日”，发音就是“コイ ともの日”，也就是“恋（コイ）ともの日”。
（真是有够冷——|||）