柯南刚开始做动画的时候主要是给小朋友看的，但是原著作者青山打算面向所有人，所以电视台一开始就把关于黑组织的部分都去掉了(怕吓到小朋友)。和第五集的新干线大爆炸一样，琴酒和沃泰加早就出现了，只是被电视台改造成了两个相似的人。这就是为什么柯南知道自己的名字，也正是因为这些变化，第54集电子游戏公司的杀戮显得有点突兀。还有第13集的寻亲怪事件，本来是宫野咪咪(足原的姐姐)第一次出场，后来改成了别的。电视台没想到她会在随后的剧情中扮演这么大的角色，于是又加了一集128，第一次黑组织了一场10亿元的抢劫。
而且动画也不能一直跟着漫画走，因为漫画速度慢，所以电视台为了多赚钱，除了把漫画原著动画化，还会给自己的编剧加上一些不重要的情节，包括剧场版，和漫画原著无关。当然，卡通动画也会删除一些小地方。看过漫画的人都知道，这些小地方真的很小，基本很难找到。
仅此而已。总之，漫画和动画没有太大区别。当然，一开始也有一些不同。动画和漫画的结局是一样的，只是动画会比漫画早一点结束，动画中没有解决的问题会在漫画中得到解答。当然，柯南完成还需要一段时间...