火车上仍有一起谋杀案。柯南君霸气，走到哪里都能让人死。柯南破案的时候，另一边，各种人物开始犬牙交错，他们之间的关系已经逐渐清晰。萧艾收到了贝尔摩发来的一条短信，为了不与朋友们搅在一起，她独自离开了。在这期间，她回忆起母亲留下的磁带。原来她妈妈之前研究过一种叫“银弹”的药物。石亮在楼道里遇到烧伤疤痕的“赤井秀一”，喊了一声“秀哥”。但是“赤井秀一”让她震惊。
柯南找到了案件的所有关键点，所以他用麻醉枪击昏了毛利小五郎，并开始了一场推理秀。在另一边，“赤井秀一”遇到了神秘的金发女郎。帽檐下的脸其实是柯南的母亲和子，“赤井秀一”也摘下了面具。面具下的脸是贝尔莫德。贝尔摩的目的是杀死萧艾，以掩盖APTX4869会缩小人的秘密。见习字出来阻拦，他按下手机上的按钮，引爆烟囱制造恐慌。
与此同时，当恢复原貌的萧艾(宫野志保饰)在火车上逃跑时，一个身影出现在她的面前。它是一个石头。他看着至宝，冷笑道:“初次见面，波旁，这是我的代号。”从波旁的口中得知，脸上有烧伤的“赤井秀一”原本是他的伪装，主要是为了了解赤井死后周围人的反应。波旁打算护送智宝去金酒，但一个人影和一颗手榴弹出现在烟雾中，而这个人影的脸赫然是已死的赤井秀一！
随着手雷的爆炸，本以为计划成功的贝尔摩在车站无意中听到了海东黑场可能在车上的消息，于是知道自己被陷害了，柯南是最后的赢家。原来柯南心中有计，识破了混杂在案件嫌疑人中的基德，让基德假扮智宝，引出了波旁。波旁，他也在车站，似乎认出了烟雾中的人物是赤井秀一，所以他要求贝尔摩找出赤井死亡前后的详细信息。却不想暗地里，冲矢昴用锐利的目光盯着他，嘴角勾起一抹笑意。
这里柯南的神秘火车篇结束了，与黑组织的对抗也结束了。柯南的三个新角色的真实身份也已经出来了:冲矢昴是赤井秀一，世良真纯是赤井秀一的妹妹，安石头是波旁。
动画大概会在今年6月左右。