一群少年侦探在米华森抓甲虫，柯南在那里拿到了元太博士新研发的背带，在剧末大有用武之地。其中发现有一只雌性甲虫背上有一个打开的横注印章，这是事后的关键信息之一。后来，关于“标记甲虫”的悬念再次以医生的冷笑话结束了猜谜，而那个冷笑话是关于中国传奇牛郎织女的。
案件是以麻将牌为线索的连环杀人案。
第二个是警视厅的内奸。具体的发现是因为群马县的莽撞警察(在这个剧场版中已经升任警察署)在会后哼起了七只乌鸦的旋律，被柯南听到后跟踪。结果在黑色保时捷里发现了一个警察，佐藤警官向周围的人提到了很多毛利侦探办案时柯南给出的提示和不可思议的故事，被一个内奸听到了(这个内奸绝对是想不到的)
会议期间，毛利人轻率的推理使黄昏时的警官羡慕如果工藤新一在这里。横河的警官说工藤已经很久没有出现了。这时，高木冒失地说出了工藤当黑骑士时的样子，被内奸听到了。
一个黑影在屋里用电脑。因为他是内奸，所以很容易侵入警视厅的电脑。屏幕上显示了许多江户川·柯南的文件。
这个剧场版第一次将电视内容与剧场连接起来，包括黑暗骑士的章节和阿什瓦拉与组织重聚的章节。镜头转向迪丹小学柯南和同学们的泥塑。严光捏甲虫，步美是月兔，元太是鳗鱼-|||，柯南是海豚。
深夜，一个黑影分别入侵了迪丹高中和迪丹小学。这就是内奸，因为他在知道柯南的信息和一些故事后起了疑心，拿走了海豚泥塑上的鱼鳍和黑骑士的衣服，把海豚鱼鳍上柯南的指纹和黑骑士那部剧的西装上工藤新一的指纹做了比对。结果显示98%一致！事件转到小兰身上，打破了柯南的饭碗，似乎暗示了某种厄运。
之后嫌疑人锁定了无关人员。群马警署在抓捕过程中，早早出示了警官证，导致抓捕失败。嫌疑人的女友持刀威胁警察放了他的男朋友，并持刀刺向埼玉县警察厅(第一次出道的警察之一，气质有些傲慢)。这时警官停刀了，也就是拖车不是被黑暗组织的人暗杀，而是嫌疑人自己劫持了人质。人质不是别人，正是那个穿成苦艾酒的人。之后柯南偷偷跟踪她到地下停车场暴露了身份。原因是她循着视线，在左裤管里看到了手枪形状的痕迹。至于苦艾酒为什么被故意劫持，我就留个谜了。暗示给柯南喝苦艾酒的是组织里的另一个人，爱丽舍，也就是大都会警察局的内奸。。。爱丽舍是新人，我自己按照日语发音翻译的。
镜头转向关西的京都和大阪。柯南打电话给，请他调查京都酒店的火灾事件，但他被叶吓了一跳，于是在窗口接电话的差点从三楼掉下来摔死。
在预告片中，黑暗组的狙击手虽然瞄准了佐藤和高木的头部，但却打中了汽车轮胎。他们没有傻到直接和警视厅对抗，只是给了一个警告。后来佐藤开始怀疑警视厅有内奸，因为掌握了他们的行动路线。
真正的嫌疑犯是一个非常娘娘腔的男人，姓水谷，他的女朋友叫奈奈，死于一场酒店火灾。至于事件经过和报复原因，我也作为一个谜留了下来。本来有七张麻将牌，但当我听到有人说真正的嫌疑犯水谷说八个人不能原谅时，我明白了。
虽然毛利小五郎开始在推理中犯错误，但他后来在群马山野观看北斗七星时受到启发，他成功地推理了一些上下文。
伦敦警察厅一行人赶往东京铁塔。
医生陆续发现身上有十字印章的甲虫，少年侦探队的孩子们以为是呼救，于是第一次去目击甲虫的地方。这时，他们召回了预告片。当时少年侦缉队的三个真正的小学生，好像受到了攻击，惊讶地尖叫起来，但其实医生并不放心。他们被突然出现的阿沙拉说服他们来到树林里吓坏了，他们在那里发现了一个小屋，但灯亮着。里面闪过一个拿着手枪的男人的身影，于是医生叫来了高木和佐藤，高木佐藤暂时改道了密花森。一辆摩托车在森林的入口处闪了一下，不是别人，正是苦艾酒的车，那个房间里闪着枪的影子。。。
松本警司等人到达了东京铁塔。
柯南通过调查知道西丝·水谷和奈奈的兴趣是看星星，于是独自去了东京铁塔。水谷似乎正准备结束自己，柯南又一次开始耍酷，像忘记黑暗组织一样做推理。
最惊心动魄的一刻，突然发现一道黑影闪过，白鸟、千叶和其他警察全都被打昏了！！！！！
在推理的最后，奈奈的哥哥发疯了，拿出一把刀刺向柯南。柯南准备反击了。手枪突然响了，警视厅厅长松本出现了。真的很及时。
但是...。。。。。为什么那些打掉的警察中没有一个警察局长？。。因为现实太可怕了，与此同时，米花森小屋的男人真的找到了一个被绑架的人，而那个人不是别人，正是松本导演本人！东京铁塔松本的导演是由一个穿黑衣的人伪装的。伪装者是爱丽舍！！！柯南知道这个松本是伪装的，于是用麻醉枪射击，但没打中。。。
为什么小兰会出现在东京铁塔？因为柯南，当花园正在看东京铁塔的电视直播时，他独自一人在电视上，被电视摄像机捕捉到了。园方打电话给兰，说发现了柯南的位置，担心柯南的兰知道了，马上去了。
奈奈的哥哥用刀捅了假松本，但这个人功夫了得。相反，他用钩子打了对方一拳，吐了血
柯南又开始耍酷推理，讲了爱丽舍的伪装和一些关于黑组织的事情，但后来爱丽舍当时就让他闭嘴了。。。爱丽舍透露柯南就是工藤新一！但他没有告诉杜松子酒和伏特加。至于为什么，是因为他联系到了阿沙拉遇到黑暗组织的那一集。当时，金杀死了任务失败的皮斯科，皮斯科被爱丽舍宫尊为父亲。。。因此，爱丽舍宫一片寂静。即使我知道柯南的正确形式，我也不会给金！
之后他开始辱骂柯南，比毛利人扔柯南还可怕，被打了一顿。。。拳击将柯南打飞，最后将其踢到墙角。
过了一段时间，兰来到柯南的住处，但她不知道这个松本是假的，就先照顾柯南，在预告里看到柯南的话，兰，快跑。。。兰转身发现假松本用手枪指着她，于是事情又回到电视第一集告诉兰子弹的原理。当伪装的松本开枪时，兰实际上设法避开了射击，但他飘逸的长发被打断了许多。
这个假松本(爱丽舍，很强，原来是比兰水平还高的空手道高手)几次踢头完全无效，但最后一脚踢到爱丽舍的半个假脸，漏了半个真脸(可以参考《火影忍者》里的大蛇丸)，于是兰吓了一跳，又惊又怕，却被爱丽舍一拳打中。他正要结束兰的爱丽舍宫，这时他突然听到一个新的声音。惊讶(因为知道柯南是新一)却不知道变声器，放弃了兰去追求柯南。柯南把守望灯埋在门后，爱丽舍以为柯南在房间里，就开枪了。。。但事实并非如此。。。
这时柯南突然出现，一个足球被踢出。我不想爱丽舍再次变得极其强大和无效。此外，爱丽舍的枪法非常准确。就是柯南腰带和强力踢球鞋的几个镜头，所以柯南的宝贝道具除了刚开始的新吊带、变声弓和眼镜，还有东京铁塔的服务员的滑板，都报销了。
追完之后，柯南到达塔顶，埋伏在楼梯后面一个漂亮的飞踢，成功让强壮的爱丽舍头撞台阶晕了过去。柯南抢过枪，黑色直升机却突然出现。。。。在柯南犹豫的时候，爱丽舍奋起反击，一把抓住柯南的脖子，把他按在地上。。。这个秘密我就不在这里解释了。。。因为这个秘密，爱丽舍被金残忍地杀害了，他命令基安蒂酒使用狙击步枪。。。。杜松子酒。。。。无情地对待同伴是残忍的。。。之后，奄奄一息的爱丽舍知道自己被组织出卖，告诉柯南，你要继续追查下去，揭露黑暗组织！
柯南被直升机的机枪追上了塔顶。聪明的他用自己的吊带拉伸反弹，用自己的吊带跳到了东京铁塔的中间。吊带强烈反弹，弹到了什么东西，正好打在黑色直升机上，直升机坠毁了。。。杜松子酒和其他酒怎么样？我设法在撞车前逃脱了。。。看着坠毁爆炸的直升机，苦艾酒笑着说，干得好，真是我的银弹。
这就是结局。。。。
在仓木麻衣的歌曲之后，宣布柯南决定制作一个14 mesh的剧场版，以波涛汹涌的海面上一艘坠落的飞艇为背景。。。
注:本故事由网友提供，真实性未完全确认。原帖子地址为/hozukiakane/blog/item/7be 99 cc 40730 f 4c 338 db 491e . html。