结局是主角团打退了造物主，后来造物主发狂，主角创造的神秘少女们一起自我牺牲阻止了造物主，让对方恢复清醒。最后主角团带了一个幼年的神秘少女回去了，危机解除的大团圆结局。
《最终幻想4：月之归还 Final Fantasy 4: The After Years》是《最终幻想4》的续作，08年日本在手机上配信的FF4后传，后来移植到 Wii 上作为 Wiiware 游戏，主要讲述了塞西尔和罗莎的儿子西奥多的冒险故事。原作故事结束后已恢复和平并逐步复兴的世界，又出现了新的异变，大量的魔物开始蠢动，平静的水晶也发出了光芒，天空中居然出现了 2 个月亮。