日本动画直接把漫画改成漫画，剧本会变吗？

你说的内容属于“动漫”范畴。

动画:

改编成动画后，通常以录像带、VCD、DVD(其中一部分是OVA)的形式出售，或者由电视台、电影院传播。漫画、游戏等作品被动画化后，单篇和游戏的发行量往往会增加。有些漫画家和游戏制作人会全程监控自己作品的动画制作过程，有些漫画家和制作人根本不会过问动画制作的事情(动画和原著可能会有很大差别)。

其他的，还有轻小说之类的动画作品，剧情会在原著的基础上有变化。