2001 10 10月22日，作为普通高中生的英雄？白音吾醒来，发现自己在一个平行世界。在这个平行世界里，地球上有多少人已经和敌对的外星生命“贝塔”斗争了十年；而他在柊镇(主角的故乡，位于日本横滨)，也因此而被遗弃。在这个风云变幻的世界里重新出发的吴，加入了联合国军，参加了拯救人类的“ALTERNATIVE4”计划——对抗贝塔的最后一招。为此，他成为了联合国的守护者(巨大人形武器“战术机器”的飞行员)，和伙伴们一起努力。但在10年2月24日，人类放弃了最后的挣扎，开始了放弃地球的“ALTERNATIVE5”计划。(到目前为止，是之前《MUV-Muv-Luv》无限的情节。)过了这三年，醒来又发现在自己卧室里的吴，以为自己又回到了“原来的世界”，但室外的景象还是和三年前一样。日历上的日期是2006 54 38+0 654 38+00 10月22日。吴穿越时空，再次来到一个充满战争的平行世界，在这里，作为唯一知道这个世界未来的人类，他决定再次敲开联合国军横滨基地的大门，完成“另类4”计划。再次被编入207实验单位的吴，带着三年的从军经历和未来的回忆，以及不输给伙伴的觉悟，再次面对挑战。
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