因为明里本来就是忍者出身，因为任务（收集情报，方便隐身什么的）才做花魁的。有一集你没看见吗？山崎步姐死的那集，出场和山崎丞对话的金发女忍者就是明里。还有最后一集，小铁找沙夜玩的时候，沙夜说因为明里姐病了，出不来。其实，明里不是病了，而是在几天前的池田屋屋顶上和山崎丞打的时候，受了伤。现在明白了吗？明里就是忍者。至于那时幕府，做忍者不容易，谁花钱顾你，你就得替他做事，看人脸色，没有自由，明里也厌了，所以最后在池田屋的屋顶，明里才和山崎丞说：“下次见面时，你我肯定都不再是忍者了吧！”这也是她和山南敬祝很投缘的原因之一，因为山南某些程度上也厌倦了新撰组的血腥日子。所谓2个孤单的灵魂相恋了。
其他的女忍者，我认为只是个配角，不用深究她们的名字，其实作品里都没怎么提起。（我是漫画和动画都看了很多遍了）其实，最后她们离开长州派，也可能是因为金钱的问题吧~~可明里没走，最后还是帮长州派在池田屋附近放哨。也说明了明里就算在忍者里，也是很与众不同的忍者吧~~
以上，希望能帮到你。