然后佐助杀了大蛇丸(大蛇丸被植入了斗的体内)。
然后佐助佐助找到了新的同伴，即香菱，水月和重吾。
(大蛇丸部队崩溃，基地和据点被攻破)
他们组成了一个蛇队，目标是杀死宇智波鼬。
另一方面，木叶闻讯后迅速组织队伍寻找佐助。
(参赛队伍名单:鸣人卡卡西达和上田安成西木野樱)
然后蛇队遇到了迪达拉和阿飞(宇智波马达拉)。
佐助VS迪达拉以迪达拉自爆佐助重伤所有蛇死亡而告终(大蛇丸通灵)。
之后，自来也死在佩恩的手下，六路为了打探肖骁的信息，但留下了密码。
然后佐助终于遇到了宇智波鼬并杀了他。佐助重伤(黄鼠狼在战斗中放水，故意打架。
败了，然后佐助就睁眼了。佐助有六芒星(sharingan)
佐助后来被宇智波麻原彰晃带走，说出了真相:臭鼬是木叶和木叶上层的卧底灭族。
订单。
佐助痛加萧，把蛇队改成鹰队，目标是消灭木叶。
先是佐助去雷地抓八公，没成功。
木叶鸣人听到自来也去世的消息非常难过，和神作大人一起去妙木山学习魔法。
佩恩一伙袭击木叶后不久，瞄准鸣人的九尾·卡卡西等人被杀，木叶危在旦夕。
机器
鸣人归来，击败佩恩(八尾在途中爆炸，四代出现在他的潜意识里，重新封印)
找到了佩恩的本体:长门。
(长门、佩恩、小杜南是自来也的徒弟)
鸣人深深感动了，救了卡卡西等人，然后带着小楠退出了萧。
之后木叶开始重建团体成为六代火影，然后下达了杀死佐助的命令
-它杀了我