柯南住在小兰的家里，希望在小兰的父亲侦探毛利小五郎的帮助下追查该组织，但小五郎是一名“神秘侦探”。柯南不得不用他不减的推理天赋帮助小五郎破案，但由于他体型较小，办案不便，危险性增加。因此，阿笠博士为他发明了手表式麻醉枪和蝶形变声器。柯南用这些道具“代替”小五郎进行推理和解谜，让原本默默无闻的小五郎一举成名，获得了“沉睡的小五郎”的称号。与此同时，柯南一直渴望追查该组织。
宫野明美，别名广田雅美，去毛利侦探事务所找人，但后来被杜松子酒沉默。柯南在明美死前到达，明美透露自己隶属于一个神秘的黑人组织(相应的动画被改编成与该组织无关，然后故事以原创形式被编造)。
在新干线列车上，他通过窃听认识了该组织的两名成员，他们的代号分别是“杜松子酒”和“伏特加”(但在相应的动画中，他们被改成了与该组织无关，柯南得知他们代号的途径不得而知)。
因为小五郎参加了满天星公司的产品发布会，柯南偶遇了组织成员龙舌兰，但随即被误杀，组织的痕迹被湮灭。
之后，柯南认识了关西的高中侦探服部平次，更小的东西被平治发现。两人后来成了密友，柯南在追查组织时经常征求平姬的意见。柯南和足原偶然发现了金的保时捷，当他们想追踪它时，金找到了追踪器。但柯南还是得知了该组织成员皮耶斯克将在北湖宾馆实施暗杀。柯南和足原到达，但金已经通知皮耶斯克雪莉将去北湖酒店的发现。皮耶斯克刺杀成功后，找到了阿沙拉，把她藏在酒店的酒窖里。柯南联系上了阿修罗，让她白喝了。阿沙拉回过神来，从烟囱逃到酒店顶楼。杜松子酒和伏特加酒遭到伏击，阿什身中数枪。柯南赶到后用麻醉枪打了金酒，而阿沙拉则从烟囱逃回了酒窖。这时候白工的药效过了，灰身又变回来了。当皮耶斯克准备处决足原伸晃时，柯南再次赶来营救足原伸晃，而皮耶斯克则因为刺杀中的重大失误而被杜松子酒灭口。足原觉得当时在场的还有该组织的其他成员，柯南也从手帕的颜色推断出当时在场的美国女演员克里斯·温雅德也是该组织的成员。
之后，柯南陆续认识了朱迪老师、新医生和詹姆斯·布雷克，而曾经同乘一辆车的赤井秀一则监视着毛利侦探所，跟踪着阿沙拉。高木警官告诉柯南，警视厅的毛利侦探处理的所有案件档案都被盗了，这引起了柯南的紧张。柯南基本确认了克里斯是该组织成员，同时怀疑朱迪是冒充克里斯，并和服部平次一起去试探朱迪的身份。
小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓。从当事人的对话中，柯南得知他是龙舌兰酒的联系对象，龙舌兰酒是在电子游戏公司谋杀案中被杀的组织成员。最后，柯南通过追查案件，得到了组织的线索——板仓的日记，得知了黑组织的行踪，并试图冒充板仓和伏特加酒的接头人，但被琴酒识破未果，差点被琴酒抓住。在板仓的日记中提到，黑组织的庞大计划甚至影响到人类的未来，要让时光倒流。柯南和兰见到了，小兰的反应让心怡知道小兰已经见到了赤井。
我感冒了，在去医院的路上遇到了一起命案。我遇到了兰，渊源和朱迪，阿凯跟着我。破案后，医生借了朱迪的车送艾回家，又找了个新医生给艾看病。阿笠博士提到艾未未的父亲宫野厚司是一位著名的疯狂科学家，而他的母亲艾琳娜是一名英国学生，黑组织可能正在从事一项起死回生的计划。医生在父亲去世前带着柯南和艾去拜访父亲的朋友兼设计师，想多了解他一些。柯南在离开小岛时被谋杀，他还找到了艾的姐姐设法藏在设计室和艾的母亲留给艾的录音带。
贝尔摩利用鬼船活动邀请小五郎、新一、金，试图转移新一的注意力，暗杀艾。知道新医生假扮贝尔摩的朱迪得知了这个计划，先服了丧，试图把贝尔摩引入圈套，但贝尔摩早有预谋。另一方面，柯南邀请服部平次乔装打扮去参加聚会，并在母亲佑希的帮助下化妆成丧，试图联系黑组织；我不放心柯南去跟着他；兰想知道朱蒂的真实身份，躲在朱蒂的汽车后备箱里，在最后一刻救了艾。贝尔摩拒绝向兰开枪，称她为天使，躲过了赤井的追击，把柯南和艾藏在琴酒里，而朱迪设法骗过了兰，柯南听到了贝尔摩给那位先生发邮件时的击键声。此后，柯南了解到朱迪老师和赤井一行的美国联邦调查局身份，并与美国联邦调查局建立了合作关系。
柯南听到山村操给他的祖母发了一条信息。刚开始的时候，按键和Boss的邮箱地址很像，是鸟取县。后来柯南等人去了一个音乐世家后，得知击键的旋律是《七子》，于是推断出Boss的邮箱。但是足原警告柯南这是一个未打开的潘多拉魔盒。在赤井伪造死亡后，他用了冲矢昴和工藤有希子·易蓉的假名。后来，冲矢昴搬到了一个新家，广子每周都回来查看易蓉的情况。与此同时，没有紧急报告，组织派出了强大的侦探波旁。
戴着神秘火车环的阿沙拉被迫服药暂时从事件中恢复，视频也被发布到网上。不出所料，组织登上了火车，于是柯南邀请自己的母亲和冲矢昴一起登上了火车，并让黑羽海东乔装成智宝来保护她，并查出安世通就是组织的波旁。
火车事件之后，柯南以为ANSWER再也不会出现了，但是在网球场遇到ANSWER，他非常惊讶。通过与高木警官的对话，柯南得出结论，神社事件中的赏樱游客非常紧张，因为他们的“妻子”假扮波旁和伯莫多。柯南不断怀疑身边的安全室。后来他断定保安室是警察卧底，做了大胆的探索，但保安室不承认。安石来到北湖中心医院调查楠田陆道的死因，和贝尔摩一起得到南天在车上开枪自杀的信息，这让柯南非常紧张。柯南、冲矢昴、阿笠博士和他的父母决定了对策。安史突袭新房失败，被忽悠。冲矢昴是赤井。阿凯还根据安史的绰号“零”调查了安史公安警察的卧底身份。与此同时，也没有水武方面关于调运朗姆酒的信息。家庭成员:父亲工藤优作和母亲工藤有希子(以笔名“江户川文代”作为柯南的母亲出现)。
青梅竹马&；心爱的人:毛利兰(电视621，M 4向他表白)
偶像:夏洛克·福尔摩斯、雷·柯蒂斯(足球明星，被捕)
朋友:阿笠博士、服部平次、海原爱、吉田步美、圆谷光彦、小岛元太、铃木园子、京极真、山山和吉、高木秀子、佐藤美代子、赤井秀喜(崇亚真)、朱迪·斯泰林、安德烈·卡迈勒、水井法子、坂本秀吉、安良。
教师:小林澄子(迪丹小学B班班主任，1)
默契搭档:服部平次(又称关东工藤、关西服部哲)、海原爱(提示柯南推理)、赤井秀一(《红与黑的碰撞》系列)。
喜欢他的人(注:喜欢心怡的人请看《工藤新一》词条，本词条不收录):吉田步美(我喜欢柯南，在剧中多次表白并亲吻柯南，电视418直接说柯南很有可能是她未来的老公。柯南知道步美喜欢自己，但他只把步美当好朋友。伊藤玉之助的妹妹，喜欢柯南，多次说柯南是她的男朋友。她已经在电视452里表白了，和布美关系很紧张。出现在电视61~62，我喜欢柯南，让柯南吻她，柯南只是亲了她的脸。出现在电视638~639，喜欢柯南，电视大结局后直接请柯南做她的新郎639)敌人:黑组织。
对手:黑羽格斗第二代海东、服部平次、白马探和世良真纯。
被吓到的人:费英丽(小兰的妈妈。小时候，心怡因为经常带小兰去“冒险”，经常被英利骂，还有就是英利的烹饪技术。之后只是因为它的厨艺。
到现在为止，在漫画原著和电视版中，已知高中生侦探工藤新一变小，化名江户川柯南的有9人(8人还活着):
1.阿笠博士:柯南知情(电视2)
2.工藤优作和工藤有希子:阿笠博士告诉他(电视43)
3.服部平次:发现柯南与心怡之间的疑惑:而柯南把他拍晕了，半路醒来，逼柯南承认(TV 58)
4.宫野明美(已故):在他死前，他问柯南他到底是谁。柯南回答:“工藤新一是个侦探。”但是不知道为什么新的机身变小了(TV 128)
5.海原爱(宫野志保):通过实验和对工藤家的调查，怀疑工藤新一没有死，身体在萎缩；后来，阿笠博士通知(电视129)。
6.贝尔摩:我有一个习字的密友，所以我看过《新一小时》的照片，最晚在电视230中已经知道了柯南的身份(贝尔摩当时伪装成新医生，在电视345中有解释)。称柯南为“银弹”，对组织隐瞒相关信息。
7.本堂瑛祐:推断是设计迫使柯南亲口承认，但剧情没有表现出他为什么得知工藤变小了(TV 508)。
8.冲矢昴(即赤井秀一，File.898确认冲矢昴真实身份为赤井秀一):在注意到用心怡的声音呼唤小兰的柯南后，得知了这件事，但剧情并没有表现出他得知心怡变小的原因(TV 691)。
其他作品
在《名侦探柯南》原著以外的动画作品中(如剧场版、OVA、特别合作篇、《魔斗1412》等)。)，得知江户川柯南是高中神探工藤新一的人如下:
1.海东黑羽战二代:M 3在《世纪末的魔术师》中假扮白鸟警察，偷听柯南和阿笠博士的对话。而为了报答柯南救他鸽子的爱，他假扮成新帮派，躲过了小兰的怀疑。(注:基德只在剧场版，OVA和魔斗1412中明示或暗示知道柯南的身份。漫画原著《名侦探柯南》并没有明确说明基德知道柯南的身份。在电视628的最后，柯南告诉基德一些关于“他妈妈是工藤有希子”的信息，所以基德或许可以调查柯南的身份，但是没有相关的后续故事)
2.《诺亚方舟》(泽宏恬树设计的人工智能软件，是弘树思想的体现，已被自己摧毁):读取柯南大脑中的信息(M 6)
3.爱尔兰(已死亡，涉黑组织成员):采集指纹数据后，我们知道Gin下令谋杀该组织后才报案(M 13)。
4.鲁邦三世、次元大介、石川五世、Uemon、峰不二子:柯南身份当面暴露，但学习原因不明(合作特稿《鲁邦三世VS名侦探柯南》不影响名侦探柯南原著剧情)。
5.亚伦·史密斯(已死亡):柯南本人临死前承认了自己的真实身份，但对自己新身体的缩水并不知情(合作剧场版《鲁邦三世VS名侦探柯南电影》不影响名侦探柯南的原著剧情)。
有争议的人物
收集有争议的人物。大多对柯南的身份持怀疑态度或者有知道他身份的迹象，但在剧情中并没有明确他已经知道柯南的身份:
1.朱迪·史达琳:柯南的身份没有被怀疑。美国联邦调查局搜查官美国联邦调查局在追查黑衣组织时，她和其他同事潜入贝尔摩藏身的暗室，看到贝尔摩的镖靶上有一张柯南的照片，上面写着“酷家伙”的字样。但她也在电视345问贝尔摩，“那小子柯南确实很聪明，但他只是个孩子，不是吗？”贝尔摩没有回答。File.898证明她没有怀疑过柯南的真实身份。
2.高木涉:猜猜看。在电视162等剧集里看过新一。在电视304中，柯南和高木被困在东京铁塔拆除炸弹。当两人都准备献出生命时，他问柯南“你是谁？”，说明高木警官已经开始怀疑柯南的身份，不太相信柯南只是一个普通的小学生。在电视504中，高木收起了带有柯南指纹的手机，这可能导致柯南的身份被调查。
3.佐藤美和子:猜猜看。我曾经在电视241里怀疑过《沉睡的小五郎》，柯南之后也没有在佐藤面前麻醉过毛利。电视302说:“他(柯南)真的不是一个简单的孩子。”此外，她是高木涉的伴侣和情人，如果她发现什么，高木涉会告诉她。
4.水无怜奈(基尔):我猜，不太可能。虽然我知道柯南的能力，但是现在的剧情没有任何迹象表明她对柯南的身份感兴趣，也很难有精力在组织里卧底调查柯南的身份。
5.世良真纯:你猜，可能性更大。很多细节暗示她认识新一，对柯南的身份感兴趣，调查过柯南，似乎也基本确认柯南就是新一。比如在TV 651服部哲和工藤的推理对决中，世良看到柯南已经知道了事件的真相，说“看来胜负已经分了。”但是没有确凿的证据。柯南也已经意识到世良可能已经知道了自己的身份。
6.安适头(波旁):猜。电视706对柯南表示出了浓厚的兴趣，然后偷偷窃听，跟踪柯南。
7.白马探:我猜，不太可能。电视473里有对名侦探柯南能力的欣赏。但他在《魔斗》里是主角，在《名侦探柯南》里只是客串。
8.羽田秀吉:猜。我注意到柯南的推理能力非比寻常，非常信任柯南。另外，秀吉基本符合世良对二哥的描述；而且剧情暗示二哥知道柯南的推理能力，甚至可能更了解柯南。但没有确凿的证据证明秀吉是“世良二哥”，所以秀吉是否知道柯南的身份还有待进一步观察。
9.毛利小五郎:推测，但有争议。
10.伊东末彦:存在争议。M 10《侦探的灵魂之歌》中的人物。虽然柯南的指纹被椅子上的仪器测到了，但他只知道工藤新一要来了。即使声音不成熟，他也称之为工藤，即柯南和工藤新一之间没有联系。严格来说，他不能算是“身份知情人”，所以算作“争议人物”。
注:1。为什么黑衣组织至今不知道柯南的身份？主要是因为在电视129中，足原告诉她，工藤新一在黑衣组织中的档案已经由“未知”改为“死亡”，Gin等组织的主要领导对新一的死并没有怀疑(见电视345中“我从来不记得死去的人的名字”)。而这也是连载作品的需要。
2.小兰多次怀疑柯南的身份，但都被掩盖了。她不知道柯南是新一。小兰第一次怀疑柯南的身份是在漫画Vol.3 File.8“身份被怀疑”，TV 7“每个月都有礼物威胁事件”，此外还有M 3(危险到连柯南都觉得不可能隐藏)、TV 96、TV 188~193和TV 400。工藤优作:你的观察还不够...这么慢...工藤有希子:和小新一住在一起...我觉得我又年轻了。你真的很受欢迎！只要他在，奇迹就会发生！这孩子的推理很准确。毛利兰:多可爱啊！柯南，你玩的好！就像新一一样！不过，你是小学一年级吧？当侦探太早了！你的推理能力就像新一一样！从他的行为判断...他看起来一点也不像小学生！肯定是对的！那种语气、行为和推理能力...怎么看都像新的！我以前觉得你很奇怪。你真的是新一！柯南在我被攻击的时候尽力保护我！柯南，你这个小气鬼，告诉别人！什么？你怎么能这么白痴！真的，你每次都担心死我了……那个孩子不是经常注意到一些有趣的事情吗？对不起，我不能陪你到最后…柯南，我相信你…柯南要是大一就好了…柯南，我相信你…太好了！有了这么可爱的弟弟，以后又多了一个可以倾诉的人...柯南和新一都很喜欢夏洛克·福尔摩斯。对了，柯南来了之后，爸爸的生意开始好转了……可能是柯南运气好吧！从他的行为判断...他看起来一点也不像小学生！！所以，那一次...那一次...最近的案例...全部...全部...被柯南解决了...这是新一的复制品...是啊！就像一个人，不用担心音乐。虽然他才小学一年级，但是他会注意一些小细节，所以他常常能找到破案的关键！你看起来像个成年人，但你仍然是个孩子。你总是喜欢做危险的事情。谢谢你，大人！那是因为你和他很像啊~那个自大推理白痴的脸！服部平次:那家伙太懦弱了...因为你看起来像个孩子，所以我很担心！这家伙不要脸！傻瓜...你是第二个...我以前遇到过一个比你聪明得多的侦探...那又怎么样？比缩水前的侦探还帅！我想只有你能真正和我一决雌雄...是...他无视任何人的语气...就像...跟你一模一样！然而，因为你看起来很可爱...你比他强！你还是这么冷...阿笠博士:是一个新亲戚的孩子！难怪他小时候长得那么像新一！你真是个多疑的孩子！真的！就像一个孩子...海原爱:你想得真周到。这是一个越来越有吸引力的物体。江户川不是那么容易被打败的。我不喜欢那个家伙。你真冷静...傻逼！为什么总是马后炮...虽然有人有点爱管闲事！你的字典里也没有。不可能是三个字。你真的不矮。演技高超的人。我非常信任他。作为搭档。江户川不是那种会让你担心的没用的家伙。在正义感的驱使下，我追求真相，不考虑任何后果。为了不让任何人受到伤害，我承受一切。我对你少年般天真的性格深感兴趣。但是你要知道，你那种正直而崇高的精神，给她(指毛利兰)和我，也给你自己，工藤，带来了这种孤独和危险。你还是不知道...没什么。但我不想让你知道。你很擅长扮演一个孩子。你不是告诉我不要逃跑吗？你不是告诉我不要逃避我的命运吗...你说过你会保护我的，对吗？一个孩子。你不能放弃，工藤。如果你找不到夏洛克·福尔摩斯，你就为我们做我们的夏洛克·福尔摩斯。对夏洛克·福尔摩斯来说没有什么是不可能的，对吗？你也是个失败者。侦探一遇到足球，就变成了真正的少年。这比有人天天找血腥推理情节的兴趣强多了。只有江户川和猴子先生能爬那么高。推理能力遗传自爸爸，使用变声弓时的演技、暴露狂、过度自信遗传自妈妈。你和以前一样强壮。追求真理的你。你明明是五音不全，为什么耳朵还这么亮？把你的烦恼留给自己。他其实很狡猾，利用机械的力量！江户川似乎很擅长区分这种事情。毛利小五郎:又是这个孩子...我不知道为什么，只要这个孩子一出现，我的案子就进展得非常顺利...真的！这不是和弃狗一样吗？我很想见见你的父母！当我的推理遇到瓶颈时...他的话总是给我很大的启发...这家伙绝不是游手好闲的一代...他的职位是什么？这个臭小子...胡说八道！有这么可爱的孩子住在我家，我感到非常荣幸！(TV 43，付梅，饰演的柯南“妈妈”)柯南大人~ ~ ~请救救兰~ ~(M 6里的小五郎怕小兰被诺亚方舟损坏，希望柯南快点过游戏)没想到这个臭小子有时候还挺讨人喜欢的~ ~铃木园子:好-可爱！这是五音不全！他还是那么不可思议！你还是那么不可爱！这个男孩总是很臭！多么不可思议的孩子！那个小孩真的很聪明，他有敏锐的感觉，所以他是对的。但是如果你问我...只是一个自大的孩子。吉田步美:如果柯南太粗心，就会出事...太神奇了！柯南！你真是个神童！柯南的心思真好！快速反应！因为柯南在我身边保护着我！我们注定要在一起！他似乎要去很远的地方，再也不回来了...不要！柯南是个音盲...奶奶的智囊团又起作用了！虽然可爱，但是感觉有点被宠坏了...圆谷光彦:你真聪明！我真羡慕你！他什么都懂，他真的很好，动手能力也比一般人强。好，很猛...小岛元太:
你是一个普通人...
黑场海东:你不是一个普通的孩子。你根本没有梦想...费英丽:小兄弟，你记性真好。非常好！你刚才很有活力！这孩子挺能干的！朱迪·史达琳:
酷孩子，你就像一只鸵鸟。成熟的像大人一样思考，藏在小小的身体里，以为别人看不到。
詹姆斯·布莱克:当时多亏了你！你真的很聪明，我们美国联邦调查局想向你招手。多神奇啊！非正式成员...不，也许我应该叫你福尔摩斯。很好-很酷的家伙！贝尔摩:对，就是他。他当时能给我这么大的震撼。也许，能穿透组织胸膛的是他...可能...这是我期待已久的银弹。你根本不需要两轮。一颗银弹就够了。麻醉:
那个孩子...是一个非凡的人。
大和敢助:
这孩子很吓人。
诸伏高明:
少年平静而清澈的眼神仿佛看透了一切，平静而沉重地开始讲述案件的真相。是的，就像著名的军事家诸葛孔明一样。
山村操:
柯南，说实话，该不该找人给你驱邪？一定有什么不吉利的东西附在你身上！
高山南:
太尴尬了！
米原樱子:
当你和所有人在一起的时候，你明明像个普通的孩子，却完全像个侦探一样思考！柯南作为小学生，头脑清晰，行动力强。这引起了小兰的怀疑。幸运的是，在阿笠博士的帮助下，柯南隐藏了自己的真实身份。此后柯南多次被小兰怀疑(TV 96，TV 188~193，TV 400)，但在、海原爱、黑叶海东(仅限剧场版)、、工藤有希子等知道他们身份的人的帮助下，都成功掩盖了过去。
甚至不知道柯南真实身份的人也信任他，比如朱迪·斯塔林、高木涉和佐藤美和子(他们中的一些人已经开始怀疑柯南的身份)。