代表漫画作品
鬼太郎 恶魔君 河童三平
贷本漫画
ロケットマン (1957) 戦场の誓い (1958) 妖怪ラバン (1958) 怪奇猫娘 (1958) 地狱の水 (1958) 少年戦记 (1959~1960) 墓场鬼太郎 (1960~1964) 墓の町 (1961) 墓をほる男 (1961) 地底の足音 (1961)
自传性质作品
落第王 (1974) のんのんばあとオレ (1977) *台湾中译本：鬼婆婆与孩子王(远流出版、2009), ISBN:978-957-32-6473-6 ほんまにオレはアホやろか (1978) ねぼけ人生 (1982) コミック昭和史(1988) 水木しげる伝（上） (2004) 水木しげる伝（中） (2004) 水木しげる伝（下） (2005) 水木サンの幸福论 (2007) 私はゲゲゲ 神秘家水木しげる伝 (2010)
战争经历作品
総员玉砕せよ! (1973) トペトロとの50年 (2002)
妖怪相关著作
水木しげるの妖怪事典 (1981) 水木しげるの世界妖怪事典 (1985) *台湾中译本：世界妖怪事典(晨星出版、2004), ISBN:957-455-742-1 水木しげるの中国妖怪事典 (1990) *台湾中译本：中国妖怪事典(晨星出版、2004), ISBN:957-455-744-8 日本妖怪大全 (1994)*大陆代理：《图解日本妖怪大全（上）》、《图解日本妖怪大全（下）》(陕西师范大学出版社、2009年),ISBN: 9787561341230 、ISBN：9787561341230
历史人物作品
冲田総司(1986) 星をつかみそこねる男(1989) 猫楠 南方熊楠の生涯 (1996) 神秘家列伝 (2000)