神秘列车系列在柯南漫画78卷818话--824话；
目前为止神秘列车系列还没有TV集数；
FILE.818 神秘列车（发车）◆
FILE.819 神秘列车（隧道）◆
FILE.820 神秘列车（一等）◆
FILE.821 神秘列车（交叉）◆
FILE.822 神秘列车（拦截）◆
FILE.823 神秘列车（排烟）◆
FILE.824 神秘列车（终点）◆
一趟神秘列车，各路人马纷纷登场；除了三大最新的主线人物：世良真纯，安室透，冲矢昴；还有GIN和贝尔摩得等人，目的是：铲除叛徒sherry！灰原危险了，柯南和各方助力惊险行动，最终怪盗基德化妆成宫野志保躲过了波本的击杀······
世良真纯已经正实是赤井秀一的妹妹，但是其余的身份至今不明。
安室透已经正实是组织的高层人员波本。一直以来酷似赤井秀一的“伤疤男”也是他假扮的。为的是让真的赤井秀一现身。
早就登场的冲矢昴也参与了此次主线，并且睁开了眯眯眼——就是赤井秀一的眼睛。但是他到底是谁还没有给出明确答案。
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