主要是讲FBI和黑衣组织的对决，秀一与柯南的完美配合，以及水无怜奈是CIA，是瑛佑姐姐的身份。以及秀一的女朋友是灰原的姐姐——明美。
491 红与黑的碰撞 开始 赤と VOL56F10-F11 2008/1/14
491 红与黑的碰撞 开始
日文名字：赤と
对应漫画：VOL56F10-F11
收视率：9.6%
播映时间：2008年1月14日
柯南将取得了本堂瑛佑小时候和父亲的照片一事，及本堂的父亲等人的会话内容在电话里告知了平次。2人觉得本堂的父亲与黑色组织之间似乎有某些关联。电话后，柯南与小兰、园子一起前往西米花医院看望初中时的同学。探望后出来，园子在医院的走廊看见了本堂。本堂手持水无怜奈的照片向护士打听着什么…。
492 红与黑的碰撞 血缘 赤と VOL56F11-VOL57F1 2008/1/21
492 红与黑的碰撞 血缘
日文名字：赤と
对应漫画：VOL56F11-VOL57F1
收视率：9%
播映时间：2008年1月21日
柯南等人在看到了本堂姐姐的照片，庵野也只能确认自己只见过怜奈年轻的时候。庵野用旧影像资料进行了确认。那个录像是报导工厂发生爆炸事故的现场节目。由于要输血，护士在寻找AB型的人，当听到需AB型的话时，怜奈作出了要去献血的举动。因此，本堂作出了怜奈不是自己姐姐的结论。此时，柯南打算让本堂告诉大家，他和自己姐姐之间有关血型的事情…。
493 红与黑的碰撞 疾呼 赤と VOl57F2-F3 2008/1/28
493 红与黑的碰撞 疾呼
日文名字：赤と
对应漫画：VOl57F2-F3
收视率：9.5%
播映时间：2008年1月28日
小五郎接到作为父亲的奥平角藏希望复查于1年前身亡的儿子锻吾的事件的委托。角藏认为家中某人就是犯人。当天，角藏和妻子咏子，女佣人菊代，管家濑川从晚上7点到12点在起居室观看录像带。其间，锻吾在自家泳池溺毙。根据推断，死亡时间为晚9点至10点之间。闻听此言，小五郎便做出不可能是家人犯案的结论，然而…。
494 红与黑的碰撞 冥土 VOl57F3-F4 2008/2/4
494 红与黑的碰撞 冥土
日文名字：
对应漫画：VOl57F3-F4
收视率：9.4%
播映时间：2008年2月4日
上吊致死的角藏的脚边，放着一本名为《来自黄泉的杀手》的书。封面上的“黄泉”两个字沾有大量血迹，而且还有用血写成的像是平假名“こ”的字。目暮警官等人认为这是死者留下的死亡讯息，于是推断凶手便是死者家中的某一人。就在警官一一确认众人的不在场证明时，柯南留意到了桌上角藏的便条本…。
495 红与黑的碰撞 昏睡 VOL57F9-F11 2008/2/11
495 红与黑的碰撞 昏睡
日文名字：
对应漫画：VOL57F9-F11
收视率：9.2%
播映时间：2008年2月11日
柯南向灰原讲述了本堂瑛佑的姐姐和水无怜奈并不是同一个人。柯南回家后兰告诉他，自从放寒假就联系不到本堂了，并且说在寒假之前好像听到本堂说过在杯子户中央医院发现了什么线索，柯南以为是水无怜奈所在的医院被本堂找到了。但其实本堂所讲的线索是指他音信皆无的父亲，他好像是找到了他父亲公司的同事…。
496 红与黑的碰撞 入侵 2008/2/18
496 红与黑的碰撞 入侵
日文名字：
对应漫画：
收视率：8.2%
播映时间：2008年2月18日
杯户中央医院的护士雅江告诉柯南，本堂瑛佑在别家医院里动过手术一事。据说本堂曾患白血病，在搬来大阪前动了手术。随后，FBI成员James前来报告，潜伏在医院的黑衣组织成员就在右脚骨折的新木张太郎、颈椎扭伤的楠田陆道和急性腰痛的西矢忠吾这3人之中。James等人寻思着如何找出那人…。
497 红与黑的碰撞 觉醒 2008/2/25
497 红与黑的碰撞 觉醒
日文名字：
对应漫画：
收视率：9.8%
播映时间：2008年2月25日
深夜，打算寻找组织同伙的楠田潜入了护士值班室。朱蒂等人虽打算进行抓捕，但是楠田趁乱逃走。随后，楠田驾车逃跑途中，发觉被赤井跟踪，遂自杀。朱蒂对组织调查怜奈病房的事情，没有成功稍感安心，但GIN，Vodka等人已经察觉Kir（怜奈）就在杯户中央医院一事。GIN为了营救出Kir，而在制订着下一步计划…。
漫画的版本
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File.599 赤井の过去 内容简介GIN等人已经得知水无怜奈目前在杯户中央医院，于是立即驱车前往，打算从FBI的手中夺回水无。
朱蒂主张立即把水无转移，可是，赤井说医院隔壁大楼的屋顶上，有人正在监视着他们。于是，众人只得继续驻守在医院，等待组织成员的到来。
朱蒂发现赤井似乎很高兴，便一再询问。无意间，柯南得知了，赤井的女友竟是灰原哀的姐姐－宫野明美！！
由于要研究如何对付组织成员，赤井离开了水无的病房，前去参加作战会议。此时，瑛佑却偷偷来到了水无的身边……正欲用剪刀刺杀水无时，水无突然睁开了眼睛……
另一方面，在会议室外，一名新增援的搜查官，正在打电话，形迹可疑……
File.600 听天由命
朱蒂他们继续开会商讨应付组织成员的对策。虽然已经到了很危险的境地，但是，依然决定不到万不得已，不冒险将水无怜奈从杯户中央医院转移出去。在讨论的同时，朱蒂也注意到了那位有点面熟的FBI成员。而赤井秀一的情绪好像有些不稳定，又想起明美遇害的事情了吗？
另一方面，FAMILY餐馆里，某位顾客忽然腹痛难忍，整个餐馆里的人集体食物中毒；TR杯户站，候车的乘客忽然闻到一股怪味，眼睛、喉咙很不舒服；杯户电影院突然发生了火灾，现场一片混乱。得知这一切的赤井，嘴角露出了一丝自信的微笑。
那时，快递人员送来一盆洋牡丹给詹姆斯，正式宣战。而委托人竟然是前一天自杀身亡的组织成员楠田。正当朱蒂他们进一步揣测组织送花的用意之时，3起突发事件的受害人大量涌入杯户中央医院。朱蒂和詹姆斯担心组织成员乘机混入医院，熟知组织的赤井坚信组织成员不会冒险乔装进入，一定是另有打算...
此时，洋牡丹的花盆里突然发出了奇怪的声响，这声响越来越大...File.601 掩饰
赤井他们从花盆里找到了一个定时炸弹，31分14秒之后将自动引爆。由于炸弹的分解似乎很费时间，朱蒂打算开车将 炸弹扔到7公里外的垃圾场去。可是，3起事故不但造成了大量伤员涌入医院，还造成了交通大阻塞。留守在医院的赤井和柯南，察觉到这是黑衣组织故意将FBI 引出医院的一个圈套。
此时，朱蒂在那个可疑的FBI的带领下，打算抄近路去垃圾场，却依然遭遇了塞车。可疑的FBI用计顺利地取代了朱蒂司机的位置，朝着垃圾场的反方向飞驰而去。最后时刻，炸弹被扔入了海中，成功处理完毕。
医 院这边，拥挤的人群中，柯南和赤井意外地又发现了很多来自楠田陆道的快递包裹，接收人是各个病房的患者。这些快递包裹里，全部隐藏着炸弹，每个炸弹的威力 足以炸掉一个病房。幸运的是，这些炸弹的引爆时间设定在5点，现在离5点还有4个小时。柯南和赤井推测，黑衣组织根本没打算营救水无怜奈，他们是想杀人灭 口。
朱蒂他们前往一个个病房搜查炸弹的踪迹，却惊讶地发现水无怜奈出现在TV上...File.602 最终手段 内容简介
水无怜奈在TV上的出现，引起了FBI的慌张，众人的第一反应就是赶往水无怜奈的病房查个究竟。柯南和赤井瞬间洞悉了黑衣组织狡猾的伎俩，可是，已经来不及阻止飞奔而去的FBI们。
在水无怜奈的病房，大家看到了还在昏迷中的水无怜奈。而那段在TV上的影像，只不过是利用了水无怜奈入院时的影像合成制作的。而黑衣组织的目的，就是让搜集了炸弹的FBI们聚集，从而通过炸弹上的发报机查出水无怜奈的正确方位----第4病栋307室。
由于水无的行踪暴露，詹姆斯决定采取早上说起的最终方案----用3辆车搅乱组织的视线，乘机将水无怜奈运出医院。柯南提议用博士的甲壳虫运送水无怜奈。可是，赤井阻止了柯南，不再让柯南参与，并说受柯南启发想出了绝妙的方法。
运送水无离开的重任，落在了那名可疑的FBI卡梅尔身上。朱蒂突然意识到卡梅尔撒了谎，却没有当着众人的面揭穿他，打算私下找他问问，却被他弄昏了过去......
File.603 任务
为了混淆黑衣组织的视线，FBI们分开乘3辆车护送水无怜奈离开。装载水无怜奈的那辆车，是由卡梅尔驾驶的。但是，伏特加、chianti（奇扬第）、colum他们的车早已守候在医院外面！而赤井的车里，竟然坐着柯南，贝尔摩紧随其后...！
根据测温仪图像上的数据，伏特加他们判定，赤井跟着的那辆车装载着水无怜奈。Gin看穿了FBI的把戏，说那只是假象，水无在卡梅尔开的车里。卡梅尔被黑衣组织包围了...。
卡梅卡运用高超的驾驶技巧努力甩开黑衣组织，却被恢复意识的水无打晕了。紧急刹车后，水无跳车顺利逃脱。那时，车子发生了爆炸，上面还载着卡梅尔...。
找回了水无的黑衣组织，碍于爆炸引来的看热闹的人越来越多，只得迅速撤退...。
此时，卡梅尔说了一句“成功了...”。赤井对卡梅尔说，“你辛苦了...”难道，这也是柯南和赤井的计划！？
FBI、発车准备完了。
FBI、已做好发车准备。
増员捜査官、ジョディが出て行ったとFBIのおっさんに。
増员捜査官、告诉FBI的大叔说朱迪出去了。
车の阴にジョディ。
车的阴影下的朱蒂。
场面変换で组织。ライフルのスコープでFBI车の発进确认中。
场面切换。组织。正在用来复枪瞄准装置确认FBI车的出发。
キャンティが1台目、コルンが2台目、ウォッカが三台目。
基安蒂是第一辆，科恩是第二辆，伏特加是第三辆。
长髪は病院周辺で待机らしい。会话。长髪「奴からの一报はまだない…」
琴酒好像在医院周围待机。对话。琴酒：“还没有收到那家伙的报告”
场面変更で増员捜査官。追迹はなしと报告。后ろにバイクがいる。
场面切换。増员捜査官。报告说没有被跟踪。后方有辆摩托车。
キャンティ、1台目に近付く。スモークで中は见えない。
基安蒂、靠近第一辆。车窗是茶色的看不见里面。
サーモグラフィで撮影。
用测温仪录影。
场面変更で长髪。三台分の映像。1台目、9人で発信机あり。
场面切换。琴酒。第三台的映像。第一台、9个人有发信机。
2台目、9人で発信机なし。三台目、2人で発信机あり。
第二台、9个人没有发信机。第三台、2个人有发信机。
三台目が増员捜査官。长髪に连络入る。赤井の车発见とのベルモットからの连络。
第三台是増员捜査官。琴酒接到联络。是贝尔摩德的联络，说发现赤井的车。
赤井とコナン、ベルモットに気づく。
赤井和柯南、察觉到贝尔摩德。
赤井、前の车を抜きまくる。长髪以外、2台目と予想。
赤井、超过前面的车。琴酒之外、猜测是第二辆。
长髪、三台目と断定。
琴酒、断定是第三台。
助手席が怜奈で移动と见せかけて病院に戻るつもりだったと推理。
推测：助手席是怜奈，装作在移动，打算返回医院。
FBI、组织が三台目を追ってることに気づく。
FBI、注意到组织在追第三辆。
増员捜査官、殴られる。事故。
増员捜査官、被殴打。事故。
怜奈、组织と合流。増员捜査官、ライフルで狙われる。车、爆発。
怜奈、与组织会合。増员捜査官、被来复枪阻击。车、爆炸。
野次马登场。组织退场。
围观者出现。组织退场。
増员捜査官「せ、成功しました…」と连络。
増员捜査官在联络：“成、成功了…”
连络先は赤井。コナンと赤井、笑って以下次号。
联络对方是赤井。柯南与赤井、笑。接下来请见下期。
File.604 姐弟
将水无怜奈还给组织，原来是柯南和赤井计划中的事情。
事件前一晚，赤井匆匆离开水无的病房，装成参加紧急会议的样子，故意制造机会让本堂接近、并叫醒了水无怜奈。然后，柯南突然出现，讲述了本堂因为白血病的手术，血型从O型变成了AB型的事情。随后，挑明了水无是CIA的事实。
水无和本堂的父亲，作为CIA的NOC先后潜入黑衣组织。但是，由于水无的失误，两人秘密接头的事情败露了。本堂的父亲为了洗清水无是CIA的NOC的嫌疑，牺牲了自己。而水无之前接触毛利小五郎，是希望小五郎能够保护瑛佑。
本堂身上的一切谜团慢慢解开了...赤井和柯南却向水无提出了让她重新回归组织的请求...
File.605 意外的嫌疑犯
据柯南和赤井说，水无怜奈之所以答应他们再次潜入组织成为卧底，是因为他们愿意替本堂瑛佑申请证人保护，还答应了水无怜奈在组织里的行动可以优先满足CIA的任务。
而GIN则因为赤井的关系，有些心神不宁。
之后，柯南和侦探团、灰原他们一起去吃宾馆的自助餐。和以往一样，在那里发生了杀人事件，被害人是艺人事务所的社长。
根据调查情况和柯南的推理，那个潜伏在宾馆中的、被认为是嫌疑犯的外国人，被带到了案发现场。
但是，那个可疑的外国人竟然是卡梅尔搜查官...！
File.606 黑色星期五
众人推理出3名嫌疑人，他们分别是，一直在顶楼的饮食街上徘徊的托比?凯英兹、藏在顶楼卫生间内的哈尔?巴库纳、大汗淋漓地跑下楼的安德鲁?卡梅尔。
托比解释说自己当时正在犹豫去哪儿吃饭；哈尔则说在为某位学生的事情烦恼着；卡梅尔当时正在锻炼身体。眼看大家越来越怀疑卡梅尔，柯南不得不请来朱蒂老师澄清误会。
目暮警官认为死者并不是中弹而亡，而是吃了有毒物质才丧命的。调查死者握在手里的小纸片后得知，纸上的“把我的晚礼服拿来”确实是死者的笔迹……
另一方面，大厦顶楼，水无怜奈打电话向电视台人事部长辞职。此时，琴酒突然出现，并给水无带来了boss的命令……！
File.607 卡梅尔的过去
琴酒要求水无怜奈除掉赤井秀一，以洗清她自身的清白。琴酒对于FBI的行动位置非常了解，知道他们因为一桩杀人事件，还被牵绊在医院。琴酒提出要水无怜奈立刻将赤井秀一骗来...
2年前，由于卡梅尔的失误，使得潜伏在组织的赤井秀一身份暴露，由此间接害死了明美。赤井秀一接到了水无怜奈的电话，虽然知道很可能是陷阱，但是，为了保护水无怜奈在组织的安全，依然打算只身赴约。
另一方面，目暮警官他们还在研究死亡讯息“Bring my tux...”死去的社长秘书认为，这是社长留给她的话，因为晚上恰好有晚会。在录音电话中，也有一通秘书的电话，留言中也有提到晚礼服。高木刑警坚持认为“Bring my tux...”的留言一定和事件有关。少年侦探团一说到晚礼服，就想到从事模特职业的托比。在柯南的提示下，朱蒂解开了死亡讯息隐藏的真正内容！
File.608 魔法咒语
柯南搬出了新一哥哥那边听来的魔法咒语，说是立刻可以知道犯人是谁。目暮警官将信将疑地为柯南的推理秀准备起来。
按照柯南的要求，高木刑警搬来了4张椅子，让4个嫌疑人分别站在4张椅子前面。万事俱备，目暮警官喊出了那句魔法咒语----听上去有点像英语的“sit down please”。除了托比依然站着以外，其余3人同时坐下了。
在朱蒂老师的提示下，高木刑警推理出了凶手就是不懂英语的托比。而被凶手带走的那张留言，也在托比身上找到了。
另一方面，赤井秀一在来叶崖第7个左拐弯处，见到了等待中的水无怜奈。远处，琴酒和伏特加通过监控器关注着两人的会面。水无怜奈突然拔出手枪射向赤井...
File.609 钢楔
在琴酒的监视下，基尔先是一枪打中了赤井的肺部，之后又对准赤井的脑袋开了一枪。枪声引来了不远处的警察，基尔在赤井的尸体上放了一个炸弹后，随即撤退。3秒钟后，炸弹爆炸，毁尸灭迹。
另一方面，詹姆斯告诉朱蒂，赤井单独去见基尔了。此时，传来了来叶崖有一辆车子爆炸的讯息。朱蒂和詹姆斯决定在不暴露死者可能是FBI的前提下，去警视厅确定死者是不是赤井。
高木刑警告知朱蒂，通过手机上的指纹调查，确定死者的指纹也出现在手机上。可是，高木暂且留下了朱蒂带去的柯南的手机，还了一个同型号的手机给柯南。柯南发现手机序列号变掉了，似乎明白了一切…File.610 声音妃英理和以往一样，来到经常光顾的美发店美发。店长是一位29岁的年轻女子叶坂皆代，她告诉妃英理说，店里的员工都下班了，只剩下她一个人。刻意隐瞒了店内还有一位年轻男子-----28岁的格斗家永作司朗。
另一方面，在兰的监督下，小五郎驱车前往美发店接妃英理。在车子经过美发店附近的坡道时，小五郎、兰、柯南三人同时听到了撞击、坠落和滚动的声音，下车察看四周，在坡旁的垃圾堆上发现了一具尸体，死因是颈动脉被割断。
柯南仔细观察了死者的伤口后，发现伤口上沾了很多细小的头发屑，于是，盯上了身为美容师的叶坂皆代......File.611 会飞的尸体小五郎怀疑叶坂皆代是凶手，可是，英理多次以“死者是90公斤的格斗家，弱女子不可能有杀害他并移尸的能力”及“叶坂小姐只有去便利店前的2-3分钟和离开便利店后的2分钟没有不在场证明，在那么短的时间内不可能犯下罪行”为由，极力地为她辩解。
另一方面，叶坂在柯南说“大姐姐腹部处的衣服上粘着金发哦”时，表现得异常慌张…
File.612 力学和不在场证明
妃英理始终认为自己的美发师没有犯罪的可能。但是，小五郎坚决认为凶手就是叶坂小姐，她一定是用了某种方法杀死了自己的前男友永作。双方僵持不下之时，柯南已经看破了一切，并且当场重现了犯罪手法。与之前柯南他们听到的撞击、坠落和滚动的声音完全一致。
柯南正要继续借用小五郎的声音举出关键的证据之时，因为一场意外，小五郎被砸醒了。妃英理非常漂亮地接着推理下去，揭开了事件的真相...File.613 蜈蚣
由于受到虎田直信的委托，小五郎和兰、柯南一同来到了位于长野县深山里的虎田家中。虎田直信的儿子义郎被龙卷风卷走，一天后，尸体被沉迷于寻宝的另一个儿子繁次发现。而且，在尸体的头部旁边竟然有一具蜈蚣的尸体，据此，虎田直信认为儿子是被长年不和的龙尾家的人杀害的！
另一方面，龙尾家当家的龙尾为史的儿子康司前不久也被杀害了。尸体的旁边，也放有一具蜈蚣的尸体。发现尸体的同样是另一个儿子龙尾景。为查明儿子的死因，龙尾为史找来了服部平次追查真相。龙尾为史的母亲龙尾盛代认为一定是虎田家的人干的！
柯南和平次，因为这两件奇怪的事件而在长野县偶遇，开始了各自的调查。在调查过程中，又发现了另一个关于6年前摔下悬崖惨死的甲斐玄人的事件...File.614 铠武者 内容简介根据虎田义郎的妻子由衣的描述，6年前甲斐巡警虽然意外坠崖，但是真正的死因是饿死。当时，甲斐巡警坠崖后，全村的村民及刑警，曾经拼命寻找过他的尸体，却始终找不到，直到一周后才找到。据此，柯南他们认为此次的事件和6年前的事件有关。
为了进一步获取更多的线索，柯南、平次、小五郎三人前往龙尾家，而和叶和兰留守在虎田家。当晚，和叶和兰隔着拉门看到了武士的亡灵。
第二天，送柯南他们回虎田家的绫华听说了和叶她们前晚遭遇到的事情之后，突然间害怕不已，躲进了厕所。之后，绫华的手机响起...。
等到龙尾家的人来到虎田家，绫华已经消失...。寻找绫华的柯南他们在树林里遇到了大和刑警，同时发现了吊在树上的绫华的尸体...！
File.615 兵法
从绫华的尸体周围的状况来看，雨后的地面上并没有留下凶手的脚印，树上也没有攀登过的痕迹，大和刑警判定这是不可能犯罪。而遗留在绫华尸体旁的蜈蚣，怎么看都像是武田信玄传达队的徽章。
原来，被杀的三人、以及虎田繁次、龙尾景，自从发现了关于武田信玄宝藏的线索后，就热衷于寻宝。大和刑警断定，下一个遭到袭击的就是虎田繁次或龙尾景。
回 到虎田家，柯南和平次在前晚武士的亡灵出现过的地方，找到了蛛丝马迹。在得知龙尾家也有铠甲后，再度前往龙尾家。在龙尾家，柯南和平次得知了死去的虎田义 郎、龙尾康司只是养子，与虎田家、龙尾家没有血缘关系。同时，也终于注意到凶手是根据有名的兵法「风林火山」来杀人的...！！File.616 风林火山
虽然妻子龙尾绫华死于意外，但是，龙尾景依然认真地练习骑射。标的物，却被邻村人悄悄移动了位置。原来，过些 天的骑射比赛是代代相传的两个村子间的荣誉之争。如果获得了比赛的胜利，就可以在之后的一年内在颜面上完全压倒对方。6年前，龙尾景和甲斐巡警在预选赛中 都射出了全中的好成绩，约定第二天再比，结果，甲斐巡警失踪了...
另一方面，小五郎找回了依旧迷恋着宝藏搜寻的虎田繁次。回家的半路上，虎田繁次忽然消失。不远处的电车前，出现一个大火团，似乎是一个人被烧着了，难道那个人是虎田繁次？File.617 战
火扑灭了，尸体从头到脚都被烧焦了，无法从外貌上辨认。大和刑警从尸体的体型上判定，这个人就是虎田繁次。根据进一步的调查，证实了虎田繁次是“利用”钓鱼竿搭到电车高压电线上触电身亡的。案发现场，同样出现了蜈蚣的尸体。至此，按照“风林火山”兵法的杀人告一段落。
现场还发现了一本写着宝藏寻找过程的记事本，里面还有死去的四个人的交换日记，记录了6年前甲斐巡警死亡的事件。据此，大和刑警推断虎田繁次是杀死了另外三人后，自杀身亡的。
柯南和平次却在现场又找到了可疑的、新的线索。再次前往发现绫华尸体的案发现场。在那里，和刑警的交谈中，柯南和平次获知了不少关于甲斐刑警死亡时的情况，以及大和刑警和上原小姐的过去，更重要的是，两个人终于找到了解开案件的突破口！！！File.618 阴和雷
众人回到虎田家，等待第二天警方的进一步调查取证。
虎田由衣独自一个人来到了虎田景的练功房，对他说出了凶手的杀人兵法并非“风林火山”，而是孙子兵法中的“风林火山阴雷”。虎田繁次是死于“雷”，而不是之前所说的“火”。六年前的甲斐巡警，则是死于“阴”。如此一来，还剩下一个“火”，是凶手留给虎田景的！！
此时，真正的凶手也来到了练功房，打算用“火”结束虎田景的生命，同时也瞄准了为调查恩师甲斐巡警死亡的真相，而嫁给虎田义郎的由衣！
关键时刻，平次、柯南、大和刑警的突然出现，完全破坏了凶手原先的计划。众人顺利地将真凶缉拿归案。File.619 瑛佑的嫌疑
放学后，柯南、少年侦探团、哀一起去逛书店，偶遇兰、园子、以及刚刚复学的瑛佑。出了书店以后，柯南和哀察觉到有人尾随，猜测是保护瑛佑的FBI人员。可是，瑛佑再三表示自己喜欢自由、不喜欢被束缚。
为了庆祝瑛佑复学，兰、园子她们带着柯南，一起去了卡拉OK。那个尾随的可疑人也来到了卡拉OK。瑛佑说要去一下洗手间，竟然一去半个多小时。回来的时候，脸色发白，直嚷着要快点从这里逃出去。
正当柯南他们退房，准备离开的时候，在另一个卡拉OK房间里，发生了杀人事件！死者正是那位一直尾随柯南他们的男人！！难道和瑛佑有关？p.s. 兰和园子在卡拉OK唱的是《昨日的泪》啊，呵呵。
File.620 消失的钝器
杀害谜一样的男人的凶手，就在包括瑛佑在内的4个人中。瑛佑终于说出了自己慌张提出离开的原因，原来他看见了某个房间里，有两个男人在接吻！而事实上，那并非是两个男人，而是一男一女。
从死者跟踪柯南他们拍下的照片来看，所有的照片，均是以园子为中心的。可见，他的目标不是柯南一直认为的瑛佑，而是园子！
察看了4位嫌疑人所在房间以及随身携带的物品后，柯南终于找到了消失不见的钝器和真正的凶手！
File.621 瑛佑的告白
柯南将园子麻醉后，借用园子的声音揭露事件的真相。原来，一直尾随瑛佑他们的那个男子，真正的目的是绑架园子！凶手的动机是复仇，因为这个男子曾经绑架过凶手的儿子，并将其杀害。
凶手将大量的10元硬币塞入袜子里，行凶后，再将10元硬币放入自动售货机，买香烟。凶器就这么消失的无影无踪了。
案件解决后，柯南在中途与兰她们分道扬镳，瑛佑却跟了过来。瑛佑试探柯南说，想问问看新一自己可不可以向兰表白？柯南的表情和回答，让瑛佑确定了柯南就是新一。瑛佑似乎从一开始就看出了柯南就是新一。而回到学校，是想和学校的朋友们告别，然后到美国努力成为CIA。
在说到FBI好像有人牺牲的时候，柯南的嘴角露出了一丝笑容。