若干年后月大学毕业进入搜查总部代替L继续抓捕基拉，一方面自己和海砂仍然担任基拉的角色。尼亚成立一个叫做SPA的组织同样捉拿基拉，而梅罗变成了黑帮的成员。
梅罗绑架了夜神妆裕，要求总部用笔记交换并且成功得到了笔记。而这时出现了一个叫斯度的脑子比较笨的死神，原来琉克多余的一本笔记是斯度掉了之后被琉克从死神大王那里骗走的，现在则到了梅罗手里，斯度不得不去找梅罗并且稀里糊涂听从了梅罗的指挥。后来经过一番周折，月等人找到了梅罗的藏身处，并由夜神总一郎与琉克交换死神之眼与不知情的梅罗单独会面，以逼迫梅罗就范。梅罗逃走了，笔记被抢了回来，总一郎被枪击中牺牲，斯度拿了要回来的笔记离开。
尼亚与月以L和M的身份联系，并且开始怀疑月和海砂。总部的相泽与尼亚暗中联络后也开始怀疑月，月察觉后自知要寻找一个代替者继续充当基拉。一番慎重选择后，月挑选了一名基拉的绝对信徒魅上照作为基拉，让海砂放弃笔记又一次失去记忆，把海砂的笔记绑在自己身上以保持自己的记忆，然后放弃自己的笔记寄给魅上。
樱花电视台的基拉代言人出目川因为乱敛费用违背基拉本意被魅上杀死，同时魅上选择了新代言人，恰好是月大学时的女友高田清美。月对搜查总部以接触高田接近基拉为理由与高田时时碰面，魅惑高田对他死心塌地，并对高田表明自己的身份，以高田为联系人向魅上传递信息。而尼亚通过调查发现了魅上是基拉执行者的身份后派人监视。
梅罗与尼亚终于联手准备行动。先是由梅罗绑架高田，但是由于之前梅罗的名字被总一郎看到并通过对讲机说了出来，因此月早让魅上和高田作好准备，一旦看到与梅罗画像长相相似的人就写上这个名字杀死他，于是梅罗被高田用藏在身上的笔记纸杀死，而高田被月灭口。
随着事情的发展，总部除了松田其他人都怀疑月，尼亚和SPA成员与月及搜查总部的人最终选在一个仓库会面了清一切。月事先安排魅上在门外用死神眼偷看，由于自己又重新拥有死亡笔记所有权所以魅上看不见他的寿命因而判断他为基拉。魅上写下了除月以外所有人的名字，而尼亚明知魅上在门外干什么却胸有成竹地阻止其他人。等魅上写完后，尼亚让他进来，没有人死去，而笔记上则显示出没有夜神月的名字。原来月知道魅上被监视，安排魅上使用假的死亡笔记装样子，而高田则用死亡笔记的纸完成制裁，但是高田被绑架后，担心出事的魅上擅自违背自己的日常生活规律偷偷去银行拿出真正的笔记将高田灭口，其写下的死亡时间与月相差无几而且方式相同，使得月没有发现这个差错，而之后尼亚手下的人发现魅上的行动异常后偷换了死亡笔记，结果真正的笔记落入尼亚手里。
真相败露的月变得歇斯底里，走头无路之下求琉克帮忙，而琉克觉得游戏结束了，毫不客气地写下了月的名字。尼亚把死亡笔记烧了。
一年后，世界已经恢复了原来的样子，罪恶又开始到处蔓延，松田虽然认为月的做法不对，但仍然开始怀念月活着时的那个令罪恶不敢张扬的世界，而基拉的信徒们仍然举行着祈祷一般的仪式，追从他们心中的神。
P.S. 连载漫画里没有交代海砂怎么样了，但是发行的单行本里是说她在月死后第二年的情人节殉情。