漫画版
（箭头后对应TV版集数，带◆表示未改编为动画）
Vol.1
File.1（总File.1）现代的福尔摩斯 → TV 1 云霄飞车杀人事件
Vol.2
File.7（总File.16）恶魔般的主使者 → TV 128 黑衣组织10亿日元抢劫事件（仅最后部分与漫画对应）
Vol.4
File.4（总File.33）黑色公事包之谜
File.5（总File.34）特色车厢上的4个人
File.6（总File.35）倒数10秒钟 → TV 5将这Gin和Vodka换成他人，故无对应Vol.19
File.1（总File.181）为什么？ → TV 129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件
Vol.24
File.7（总File.238）背叛的街角
File.8（总File.239）漆黑的丧葬行列
File.9（总File.240）不告而别
File.10（总File.241）来自过去的子弹
File.11（总File.242）白色世界 → TV 176~178 与黑衣组织的再会
Vol.29
File.3（总File.287）看不见的恐怖 → TV 230 神秘的乘客（前篇）
Vol.38
File.1（总File.383）新式武器！ → TV 309~311 与黑衣组织的接触（决死篇）
File.42
File.5（总File.429）满月之夜和黑色宴会陷阱
File.10（总File.434）腐烂的苹果 → TV 345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案
Vol.48
File.10（总File.499）恐怖的敲门声（与基尔通电话）
File.11（总File.500）新黑衣成员
Vol.49
File.1（总File.501）追踪目标！
File.2（总File.502）新的指令
File.3（总File.503）黑衣组织 VS FBI ①
File.4（总File.504）黑衣组织 VS FBI ② → TV 425 黑色冲击！被组织的魔爪触碰的瞬间
Vol.53
File.10（总File.553）不可思议的打工 → TV 464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
Vol.54
File.2（总File.555）做梦的星星 → TV 465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
Vol.58
File.2（总File.599）赤井的过去 → TV 497 红与黑的碰撞 觉醒
File.5（总File.602）最终手段
File.6（总File.603）任务 → TV 499 红与黑的碰撞 伪装
File.8（总File.605）意外的嫌疑人 → TV 500 红与黑的碰撞 遗言
File.9（总File.606）黑色星期五 → TV 501 红与黑的碰撞 嫌疑
File.10（总File.607）卡迈尔的过去 → TV 502 红与黑的碰撞 洁白
File.11（总File.608）魔法的咒语
Vol.59
File.1（总File.609）钢楔 → TV 504 红与黑的碰撞 殉职
Vol.67
File.4（总File.700）危险的区域
File.5（总File.701）红色和13的暗示 → TV 579 黑色13的暗示
File.6（总File.702）炸弹犯的目的
File.7（总File.703）暴风雪中的真相 → TV 580 逼近的黑之时限
File.8（总File.704）安静的战争 → TV 581 摇曳的红色目标
Vol.78
File.1（总File.818）神秘列车（启程）
File.3（总File.820）神秘列车（一等）
File.7（总File.824）神秘列车（终点）→ TV 701~704 漆黑的特快列车
Vol.85
File.2（总File.895） 绯色的讯问（回忆）→TV 781 绯色的交错