故事成功地描绘了原本隐藏在黑暗中，用世界上最强的毅力和最努力去做最隐秘、最残忍的事情的忍者，作为阳光下最骄傲、最耀眼的职业。
十多年前，一只可怕的尾兽“九尾狐狸”袭击了木叶阴村。当时，第四代霍颖以自己的生命为代价，竭力将“九尾之狐”封印在新生的鸣人身上。最后木叶村风平浪静，但村民们却视鸣人为怪物，大家都疏远他。无奈，鸣人试图用各种恶作剧吸引大家的注意力。在伊鲁卡老师的照顾下，鸣人一直保持着乐观向上的精神。为了让更多人认可自己，他下定决心要做一个火影！鸣人带着极大的信心和勇气开始了训练，但一切都比他想象的要困难得多！
鸣人从小就很孤独。木叶村的村民视他为九尾的化身，视他为怪物。十几年后，鸣人考上了木叶村的忍者学校，并和佐助、木本樱交了朋友。佐助是内波氏族的最后一个后裔。当他还是个孩子的时候，他的哥哥，一个强大的忍者，杀了他家所有的人，然后投靠了一直想聚集的萧组织。佐助从小就发誓要杀死哥哥，为家人报仇。鸣人，他们在忍者学校得到了卡卡西老师的悉心指导，在他的帮助下，他们继续在成长中迎接一次又一次的挑战！
不久之后，在卡卡西的带领下，鸣人、佐助、木本樱走上了修行之路。会有无尽的挑战等着他们，鸣人等人也在这场生死较量中逐渐成长。