File.594 逃亡者
周日，小五郎坐在“boaro”咖啡店里喝咖啡，似乎有一个团伙在追踪他。很快，那群人就追到了咖啡店里！在梓的帮助下，小五郎匆忙躲进了洗手间。可是，在对方的逼问下，梓一不小心说漏了嘴，透露了小五郎的行踪。
小五郎不得不混进人群、躲进赛马场，却突然听见广播里传出了那些人的声音！于是，已经引起人们注意的小五郎，不得不再次匆匆逃离……。
之后，小五郎又躲到朋友庵野家打麻将，可惜好景不长，那些人又追来了！
为了找一个安全的地方，小五郎去了自己平时钓鱼的地方。没想到，竟然在那里遇见了英理和小兰！于是，担心再次暴露行踪的小五郎，又一次逃离了……。
就在对方渐渐追近小五郎的时候，小五郎看见了放映冲野洋子新作品的电影院！然而，电视台的工作人员正在里面，如果此刻出现在他们的面前、上了电视就更糟了！
最终，已经无处可躲的小五郎，将计就计地再次回到了“boaro”咖啡店。然而，少年侦探团竟然早已等在店里！
如果自己此时出现，侦探团这群小孩一定逼他履行年末时的约定，给他们压岁钱。于是，不想给压岁钱的小五郎走投无路。最终还是决定回咖啡店。可是，原本等在那里的柯南和灰原已经不见了……
File.613 蜈蚣
由于受到虎田直信的委托，小五郎和兰、柯南一同来到了位于长野县深山里的虎田家中。虎田直信的儿子义郎被龙卷风卷走，一天后，尸体被沉迷于寻宝的另一个儿子繁次发现。而且，在尸体的头部旁边竟然有一具蜈蚣的尸体，据此，虎田直信认为儿子是被长年不和的龙尾家的人杀害的！
另一方面，龙尾家当家的龙尾为史的儿子康司前不久也被杀害了。尸体的旁边，也放有一具蜈蚣的尸体。发现尸体的同样是另一个儿子龙尾景。为查明儿子的死因，龙尾为史找来了服部平次追查真相。龙尾为史的母亲龙尾盛代认为一定是虎田家的人干的！
柯南和平次，因为这两件奇怪的事件而在长野县偶遇，开始了各自的调查。在调查过程中，又发现了另一个关于6年前摔下悬崖惨死的甲斐玄人的事件...
File.614 铠武士
根据虎田义郎的妻子由衣的描述，6年前甲斐巡警虽然意外坠崖，但是真正的死因是饿死。当时，甲斐巡警坠崖后，全村的村民及刑警，曾经拼命寻找过他的尸体，却始终找不到，直到一周后才找到。据此，柯南他们认为此次的事件和6年前的事件有关。
为了进一步获取更多的线索，柯南、平次、小五郎三人前往龙尾家，而和叶和兰留守在虎田家。当晚，和叶和兰隔着拉门看到了武士的亡灵。
第二天，送柯南他们回虎田家的绫华听说了和叶她们前晚遭遇到的事情之后，突然间害怕不已，躲进了厕所。之后，绫华的手机响起...。
等到龙尾家的人来到虎田家，绫华已经消失...。寻找绫华的柯南他们在树林里遇到了大和刑警，同时发现了吊在树上的绫华的尸体...！
File.615 兵法
从绫华的尸体周围的状况来看，雨后的地面上并没有留下凶手的脚印，树上也没有攀登过的痕迹，大和刑警判定这是不可能犯罪。而遗留在绫华尸体旁的蜈蚣，怎么看都像是武田信玄传达队的徽章。
原来，被杀的三人、以及虎田繁次、龙尾景，自从发现了关于武田信玄宝藏的线索后，就热衷于寻宝。大和刑警断定，下一个遭到袭击的就是虎田繁次或龙尾景。
回到虎田家，柯南和平次在前晚武士的亡灵出现过的地方，找到了蛛丝马迹。在得知龙尾家也有铠甲后，再度前往龙尾家。在龙尾家，柯南和平次得知了死去的虎田义郎、龙尾康司只是养子，与虎田家、龙尾家没有血缘关系。同时，也终于注意到凶手是根据有名的兵法「风林火山」来杀人的...！！
File.616 风林火山
虽然妻子龙尾绫华死于意外，但是，龙尾景依然认真地练习骑射。标的物，却被邻村人悄悄移动了位置。原来，过些天的骑射比赛是代代相传的两个村子间的荣誉之争。如果获得了比赛的胜利，就可以在之后的一年内在颜面上完全压倒对方。6年前，龙尾景和甲斐巡警在预选赛中都射出了全中的好成绩，约定第二天再比，结果，甲斐巡警失踪了...
另一方面，小五郎找回了依旧迷恋着宝藏搜寻的虎田繁次。回家的半路上，虎田繁次忽然消失。不远处的电车前，出现一个大火团，似乎是一个人被烧着了，难道那个人是虎田繁次？
File.617 战
火扑灭了，尸体从头到脚都被烧焦了，无法从外貌上辨认。大和刑警从尸体的体型上判定，这个人就是虎田繁次。根据进一步的调查，证实了虎田繁次是“利用”钓鱼竿搭到电车高压电线上触电身亡的。案发现场，同样出现了蜈蚣的尸体。至此，按照“风林火山”兵法的杀人告一段落。
现场还发现了一本写着宝藏寻找过程的记事本，里面还有死去的四个人的交换日记，记录了6年前甲斐巡警死亡的事件。据此，大和刑警推断虎田繁次是杀死了另外三人后，自杀身亡的。
柯南和平次却在现场又找到了可疑的、新的线索。再次前往发现绫华尸体的案发现场。在那里，和刑警的交谈中，柯南和平次获知了不少关于甲斐刑警死亡时的情况，以及大和刑警和上原小姐的过去，更重要的是，两个人终于找到了解开案件的突破口！！！
File.618 阴和雷
众人回到虎田家，等待第二天警方的进一步调查取证。
虎田由衣独自一个人来到了虎田景的练功房，对他说出了凶手的杀人兵法并非“风林火山”，而是孙子兵法中的“风林火山阴雷”。虎田繁次是死于“雷”，而不是之前所说的“火”。六年前的甲斐巡警，则是死于“阴”。如此一来，还剩下一个“火”，是凶手留给虎田景的！！
此时，真正的凶手也来到了练功房，打算用“火”结束虎田景的生命，同时也瞄准了为调查恩师甲斐巡警死亡的真相，而嫁给虎田义郎的由衣！
关键时刻，平次、柯南、大和刑警的突然出现，完全破坏了凶手原先的计划。众人顺利地将真凶缉拿归案。
FILE.626 传来的恶意
柯南等人在锤子男的房间内，发现了一名被锤子击伤的男子。
然而，千叶警官却说他已经放了可能是犯人的3名配送员。
警察搜查了锤子男的房间。柯南觉得过于干净的排水口、与房间内的其他布置非常地不协调。
另一方面，高木警官听说千叶警官和佐藤警官伪装成恋人、进行埋伏的事情后，一下子暴怒起来。
随后，柯南发现房间里只有一双鞋子上有一小块皮垫，当即脱口而出“锤子男什么的，根本就不存在…”
File.627 铁锤男的真面目
柯南用手表型麻醉枪射晕了园子，借园子的口说出了真相----根本不存在铁锤男，连续杀人的凶手是女的！！所以，房间浴室的痕迹被擦掉了，剃须刀没有接在插座上。而玄关处的鞋子，是坐摩托车时用的。
之后，柯南继续推理说，关于发生在公园里的事件，当时凶手就躲在厕所里。杀害pizza快递员、企图让快递员替自己顶罪的铁锤女，终于原形毕露...
千叶刑警说起和佐藤刑警一起办案时，即使佯装恋人，也不过是牵牵手。于是，高木刑警认定，因为佐藤刑警比较喜欢自己，所以，佯装恋人时才到了接吻的程度...
几天后，另一次执行任务中，高木刑警坚持和“佐藤”一起去。结果，出现的却不是熟悉的佐藤刑警，而是一位同姓的男刑警...
File.628 充满杀意的咖啡
电视节目制作公司的工作人员染井先生和久住小姐来到毛利侦探事务所，想和毛利小五郎合作做一档24小时亲密接触的电视节目。原本不想接受的小五郎听说冲野洋子小姐也会参加，立刻爽快地答应了。
其实，那档节目是被腰斩的电视剧的填空节目。而且，电视台的制作人中目要求染井增加节目预算、给他回扣，同时希望久住小姐成为他的秘书。
之后，柯南他们来到了中目的公寓讨论节目制作，却在那里发现中目已经毒发身亡。虽然染井暗示说中目最近有自杀的倾向，但是，柯南认为是染井杀害了中目...
虽然整个房间是个密室，但是，根据目暮警官他们认为凶手有可能造成密室的假象，并不排除他杀的可能。目暮警官询问染井的不在场证明，染井只能证明案发时间自己的手机接到了毛利小五郎的确认电话，而无法证明自己一天都在家里。
现场勘查中，发现了许多奇怪的线索：咖啡底盘下，竟然没有粘到打翻的咖啡；泼到咖啡的椅子，似乎被人故意动过位置...
而在另一方面，高木与染井公司的人打听染井的情况，却意外得知案发时间染井曾经出现在公司附近！？在毛利小五郎打去确认电话前，染井刚刚与久住小姐通过电话！柯南似乎已经知道了真相...
File.630 苦涩的真相
虽然警方也觉得染井有杀害中目的嫌疑，但是，染井的不在场证明太过完美。正在警方一筹莫展的时候，柯南却向兰提出了无理的要求----要吃遗留在桌子上的蛋糕。目暮警官等人在柯南的引导下，发现了蛋糕是两人分、花盆里和笔筒都有咖啡的味道，缺少的一把叉子成了破案的关键！
染井在此时交出了藏在身上的叉子，并承认了自己是杀死中目的凶手，却无法解释自己是如何从密室逃脱的。柯南借用毛利小五郎的声音说出了背后的真相，真正的凶手久住舞子小姐其实是从20楼的阳台一跃而下，逃到了另外一个世界...
File.631 紫红之履
曾经在“大海的奇迹”事件中，企图抓住怪盗基德的铃木次郎吉再次出动！这次，他以镶嵌着100克拉的紫水晶的“紫红之履”为诱饵，向怪盗基德发出了挑战书！
这次的舞台搬到了银座的步行街天堂，将“紫红之履”放在了步行街天堂的正中位置。不久，怪盗基德出现了。虽然顺利地偷到了“紫红之履”，但是，中了铃木次郎吉布下的圈套，被高达20m的网罩住了。
铃木次郎吉自信胜券在握。如果怪盗基德变装逃出，就会因为手中拿着“紫红之履”而立刻暴露；如果怪盗基德丢弃“紫红之履”，自顾逃走，也算认输。
正当众人为怪盗基德担心不已的时候，怪盗基德却露出了微笑：“Teleportation...”怪盗基德真能如愿地瞬间消失吗？
File.633 三个原则
怪盗基德成功地进行了瞬间转移后的第二天，少年侦探团对于前一晚的直播节目展开了热烈的讨论。
第二天傍晚，在前一天的同一地点，布置了更严密的捕网。与前一天不同的是，预先撒好的网中一个人也没有。正当大家在焦急地等待怪盗基德现身时，网内突现小小降落伞带来的怪盗基德的预告函。预告函说，由于网内没有其他观众，毫无贴身威胁的逃脱缺乏紧张感，瞬间转移的表演将中止。
人群开始骚动，并且冲破了警察的阻拦，挤进了网里。在一片混乱之中，怪盗基德用魔术枪顶住了柯南的后脑勺，开始了关于“萨斯顿三原则”的对话。兰的出现，迫使对话中断。
之后，怪盗基德再次发出预告函，宣布表演即将开始。柯南从“井底之蛙”和“电子显示屏”中得到启示，看破了怪盗基德瞬间转移的手法...！
File.634 Zero
和前一天一样，怪盗基德如期出现在“紫红之履”面前。然后，准备使出前一天的方法进行瞬间转移。可是，柯南已经守候在瞬间转移的终点处了！
原来，柯南看破了怪盗基德的招数。怪盗基德先让事先待在大厦上方的同伴，通过钢丝从天而降。同时，而绑在钢丝上的怪盗基德通过滑车的原理，进行瞬间转移。加上黑色外衣和电子显示屏的掩护，更加天衣无缝。
手法被柯南看破的怪盗基德，无处可逃，只能带着同伴乘坐滑翔翼从网内逃脱，来不及带走“紫红之履”。
第二天，报纸上刊登了“铃木次郎吉大胜利”的标题！可是，照片的主角是柯南，次郎吉在一个小角落里...
File.635 燃烧
柯南他们终于迎来了期待已久的露营活动。这次，他们遭遇到的麻烦事是油没了，车子停在原地动弹不得。博士想打电话向住在新一家的“冲矢昴”求助，但是，停滞在半山腰的他们，不在手机服务区内...
他们向途径此路的某位驾车男子求助，却遭到了男子的讽刺。不久后，那位男子的车子在山顶的公寓发生了爆炸。
赶来的警察查看事故现场后，认为爆炸原因是该男子在充满汽油味的车库吸烟。但是，柯南因为没有在车内找到开封过的香烟盒，既而怀疑这是一桩杀人事件...
File.636 火种
柯南认为周藤豪贵被烧死的事情并非事故，而是杀人事件。接着，从众多嫌疑人的口供中，发现周藤豪贵的未婚妻银林惠奈的证言有不少自相矛盾的地方，于是，断定银林惠奈就是凶手。但是，银林惠奈有当时的不在场证明。
正当柯南打算再仔细询问一下相关人员的口供时，却被告知现场勘查工作已经结束。警察给柯南他们拿来了足够的汽油，提醒他们快点去露营地。而柯南却通过“啪！”、“老爷车”、“绕道”几个关键词，想到了真正的引火装置！
File.637 噼噼啪啪
柯南借口警察也有一些事情要问他们，准备前往警局。而不愿意乘坐警车的银林，就和柯南他们一起乘博士的车过去。
车开到半路，油又不足了。于是，柯南他们决定去警局前，先绕道博士家加一下油。
在博士家，急急忙忙的博士不小心打翻了油罐。灰原拿着车钥匙，准备去后备箱里取毛巾给博士。银林终于忍不住大叫：“静电会产生火花！”警察突然适时地出现在博士家。原来，这是柯南设下的全套，他早就看破了凶手犯案的手法......
动画中就是510 柯南VS双重暗号之谜
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