《拇指姑娘公主全集》的主角是7岁的小女孩玛雅。玛雅非常淘气。她的妈妈为了让她安静乖巧，向村里的魔法婆婆求助。婆婆给了妈妈一本被施了魔法的故事书，名叫《拇指姑娘》。妈妈回家给玛雅读故事，看完就睡着了。玛雅拿起书，发现插图上画的女孩和自己一模一样。故事书散发出神奇的光芒，让玛雅只有拇指大小，然后进入了书中的世界，这也是她母亲的梦想。玛雅在里面遇到了一个叫希拉的仙女。她告诉玛雅，她必须去南方找到水晶王子，帮助她唤醒母亲，然后才能回到现实世界。后来她遇到了一个名叫帕尔的精灵，他们一起去了南方。他们经历了许多艰难险阻，与一个名叫海露拉的恶魔作战。玛雅一路走来遇到了形形色色的人物，通过与这些人物的交往经历，逐渐改掉了自己调皮捣蛋的习惯。
随着冒险的深入，玛雅遇到了一只向她求婚的青蛙，几经波折后成功逃脱。在冒险的中后期，原本向玛雅求婚的青蛙从后方追上来，打败了一只逼迫玛雅与玛雅结婚的田鼠。从此，青蛙加入了玛雅的冒险。玛雅最终到达南方找到水晶王子并打败了赫鲁拉，在水晶王子的帮助下回到了现实世界。