关都四天王为了开创出全新的神奇宝贝世界，消灭所有人类，留下志同道合的训练师，而利用关东地区的8枚徽章的能量召唤出传说中的“幻之大岛小精灵”洛奇亚。他们被小黄等训练师击败，而洛奇亚也向东方飞去。
城都地区冰系道馆首领古柳因为青年时的一次失误，失去了在冰原上精心饲育的两只乘龙，使得它们生下的小乘龙失去双亲。为了弥补过错，古柳需要拥有时空移转能力的雪拉比，而要拥有时空移转能力的雪拉比，就要拥有用凤王和洛奇亚的羽毛制成的“捕捉时间的神奇宝贝球”。古柳最后在时空隧道里失去羽毛的保护而亡。洛奇亚在全国赶来的神奇宝贝的力量之下，摆脱邪恶的诅咒，和凤王消失在天空中，再度成为传说。