002董事长女儿被绑架事件(阿笠博士知道他的身份，工藤新一化名江户川·柯南)。
005新干线爆破(柯南在漫画中第一次得知了杜松子酒和伏特加的代号，但这一集在动画中被修改了，杜松子酒和伏特加变成了长相相似的两个人)。
013奇怪的谋杀(宫野明美出现了。这一集在动画中做了修改，内容和漫画有很大不同)
043江户川柯南诱拐(父母知道变小了)
048~049外交官谋杀案(服部平次出现，工藤新一首次恢复)
054电子游戏公司谋杀案(龙舌兰酒出现并被杀)
057~058福尔摩斯迷谋杀案(平治知道他的身份)
128 10亿被黑暗集团抢劫(宫野明美死亡，黑暗集团浮出水面)
129来自黑暗组织的女子大学教授谋杀案(海原艾出现)
176告别黑暗组织(灰色原创)(派斯克出场)
177告别黑暗组织(柯南)
178与黑暗组织告别(解)(皮耶斯克被杜松子酒沉默，贝尔摩出现)
226格斗游戏的陷阱(上)(朱迪出现)
227格斗游戏的陷阱(下)
230神秘兮兮的乘客(上)(赤井秀一出现了，情况很复杂)
231神秘乘客(下)
242元简直是灾难(提到琴酒是左撇子)
258个来自芝加哥的男人(第一部分)(詹姆斯出现)
259个来自芝加哥的男人(下)
269犯罪遗迹(上)(毛利小五郎档案被盗，目标是柯南)
270犯罪的遗迹(第二集)
271的仓促隐瞒的疏忽(上)(灰平原疑似，情况危急)
272匆忙掩盖疏忽(第二集)
277英语老师VS西方著名侦探(上)
278英语老师VS西方著名侦探(下)
279迷宫的黑暗(上)
迷宫的黑暗(第二部分)(克里斯被发现是已故美国明星莎伦·宾亚德的女儿。)
286工藤新一纽约事件(事件)
287工藤新一纽约事件(推理)
288工藤新一纽约事件(解)(贝尔摩以凶手身份出现，布兰奇跟踪)
307无声的证据(上)(再次抓住黑暗组织的尾巴)
308无声的证据(下)(下集介绍)
309与黑暗组织的联系(谈判)
310接触黑暗组织(后续)
311接触黑暗组织(致命章节)(柯南得知该组织正在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件)
金钱买不到的友谊(上)(在这一集里，我提到了阿沙拉的父亲:宫野厚司。这是阿笠博士的一个老熟人。)
330金钱买不到的友谊(下)
东京电影制片厂的秘密(第一部)(Ashhara被跟踪，意想不到的事情来了)
336东京工作室的秘密(下)
338四保时捷(第一部分)
339四辆保时捷(第二部)(朱迪和阿凯发现阿沙拉与黑人组织有关联)
340藏在厕所里的秘密(第一部分)
341藏在厕所里的秘密(第二部)(阿沙拉在厕所里发现了母亲留下的录音留言)
343便利店的陷阱(第一部分)
344便利店的陷阱(下)(小兰在朱迪老师公寓的墙后面找到了照片)
与黑组织面对面！月圆之夜的双星神秘事件(朱迪、赤井、詹姆斯身份曝光。卡尔瓦多斯省出场，被阿凯打断后自杀，第一次交锋告一段落)
346寻找P股上的印记(上)
347寻找P股上的印记(下)
361迪丹高中的闹鬼学校(第一部)
362迪丹高中闹鬼学校(下)(真新博士回归)
斯特拉迪瓦里小提琴的不协和音(前奏曲)
386斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐(间奏)
387斯特拉迪瓦里小提琴的不协和音(尾音)(老板手机号找到了，奋斗的新潮流)
425被组织魔爪触碰的瞬间(水无怜奈、基安蒂酒、科恩出现，硝烟再起)
429回不去以前的两个人(第一部)(影游出现在这个大厅里)
430回不去从前的两个人(下)
462黑暗组织的影子，一个年轻的见证者(本堂的应友行为怪异，引起了柯南的注意)
黑暗组织的阴影，奇妙的照明
464黑暗组织神秘阴影重赏。
黑暗组织的阴影，珍珠的流星
484黑人照片的下落(第一部分)
485黑人照片的下落(第二部分)
491红黑的碰撞开始了(最精彩的系列，一定要看)。
492红与黑的碰撞血缘关系
493红与黑的碰撞绝对称得上。
494红色和黑色的碰撞
495红色和黑色之间的碰撞昏睡
496红黑碰撞入侵
497红与黑的碰撞觉醒
498红色和黑色的碰撞令人不安。
499红黑碰撞迷彩
500红与黑碰撞的遗言
501红黑之间疑似碰撞
502红色和黑色的碰撞是白色的
503红色和黑色的冲突
504红黑相撞而死(第二场决斗，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈身份疑似)。
507卡拉ok包房的一角(第一部分)
508卡拉ok包房一角(第二部)(这个大厅的应友知道柯南是工藤新一，柯南在得知美国联邦调查局有人死了之后想:没问题。这也成为赤井秀一没死的疑似证据之一)
509红白黄侦探小组(水无怜奈发来消息，该组织派出代号为波旁的成员调查雪莉。当冲矢昴出现时，海原爱注意到了一些奇怪的事情)
510柯南VS W暗号之谜
511推理对抗！新沂VS冲矢昴
542让鱼消失的墙角石(上)
543使鱼消失的墙角石(下)(冲矢昴的话几乎触及灰色的平原)
563侦探组VS土匪组(暴动)(疑似赤井秀一的人出现)
564侦探组VS强盗组(沉默)
值得一提的是，005与漫画版中的电视版不同。漫画版的两个人是杜松子酒和伏特加。柯南无意中听到了他们的对话，得知了他们的代号。不过电视版换成了两个长相差不多的人。后来柯南不知怎么知道了动画版054里杜松子酒和伏特加的代号。这成为柯南电视故事的漏洞，却无法弥补。而且在漫画《奇异凶杀》中，宫野明美与杜松子酒和伏特加联系在一起，然后被杀，动画版改成了被警察逮捕。这一集和动画版128集很像。可以说第128集是一个补丁，但是这个补丁有一些疏漏:在第13集，小兰和毛利大叔明明知道宫野明美(也就是广田亚米)，但是在第128集，就变成了只有柯南知道广田亚米，而小五郎。