11 钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件★ 漫画单行本6：
FILE.62 月影岛的邀请函 FILE.63 钢琴的诅咒 FILE.64 秘密乐谱 FILE.65 烈火中的秘密 FILE.66 染血的案件 FILE.67 名字的秘密
52 雾天狗传说杀人事件★ 漫画单行本11：
FILE.108 修行室 FILE.109 樱花与壁上的洞 FILE.110 浮在空中的力量
96 走投无路的名侦探！连续两大杀人事件★ 漫画单行本14 ：
FILE.131 照片为证 FILE.132 电话上的数字 FILE.133 命案正要发生 FILE.134 落叶缤纷中的质问 FILE.135 妈妈的胸中！？ FILE.136 柯南的笑意 FILE.137 有希子的笑意 FILE.138 另一个人
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件★ 漫画单行本18、19：
FILE.176 转校生 FILE.177 黑衣女郎 FILE.178 代号雪莉FILE.179 伪装的少女 FILE.180 将死 FILE.181 为什么
162 飞天密室 工藤新一最初的事件★ 漫画单行本21 ：
FILE.204 最初的招呼 FILE.205 空中密室 FILE.206 最后的王牌 FILE.207 埋藏在内心深处
174 二十年的杀意 交响乐号连续杀人事件★ 漫画单行本23 ：
FILE.225 影子计划师 FILE.226 杀机正浓 FILE.227 意外的标的 FILE.228 消失于波涛之中 FILE.229 这就是真相 FILE.230 证人生还了
184 诅咒假面的冷笑★◆ 动画原创
208 通往迷宫的入口 巨大神像的愤怒★◆ 动画原创
219 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德★ 漫画单行本30 ：
FILE.299 聚集 FILE.300 悲剧 FILE.301 秘密谋杀 FILE.302 骗局
263 大阪双重谜团 浪花剑士和太阁城★ 漫画单行本31 、32：
FILE.314 浪速之剑士 FILE.315 变化的剑士 FILE.316 巧妙的剑士 FILE.317 天下人之城 FILE.318 天下人之宝 FILE.319 超越时空 FILE.320 真相的大门 FILE.321 悲伤的“虎”卷
304 震动的警视厅 1200万名人质★ 漫画单行本36、37：
FILE.369 一去不返的警官 FILE.370 消不去的回忆 FILE.371 红色陷阱 FILE.372 这个世上最…… FILE.373 BYE BYE……
342 豪斯登堡的新娘★◆ 动画原创
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案★ 漫画单行本42
FILE.429 满月之夜与黑色宴席的陷阱 FILE.430 血染幽灵船 FILE.431 透明人现身！ FILE.432 工藤新一登场！？ FILE.433 假面下的真相 FILE.434 腐烂的苹果
356 怪盗基德令人惊异的空中漫步★ 漫画单行本44
FILE.453 奇迹 FILE.454 惊愕 FILE.455 战栗 FILE.456 逃脱
383 甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔★ 漫画单行本43 、44：
FILE.445 53000分之一的恶魔 FILE.446 来自甲子园恶魔的挑战 FILE.447 解开3个数字之谜！ FILE.448 没有提示！？ FILE.449 比赛结束？
425 黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间★ 漫画单行本48 、49：
FILE.499 恐怖的敲门声 FILE.500 新黑衣成员 FILE.501 追踪目标！ FILE.502 新的指令 FILE.503 黑衣组织VS FBI(1) FILE.504 黑衣组织VS FBI(2)
449 总局刑警恋爱物语 虚假的婚礼★ 漫画单行本52 ：
FILE.535 婚礼现场的恐慌 FILE.536 不速之客 FILE.537 婚礼大战
452 金毗罗剧院魅影★◆ 动画原创
479 和服部平次***度的3天★ 漫画单行本54 、55：
FILE.559 吃人的房屋 FILE.560 奇幻的尸体 FILE.561 血迹的机关FILE.562 关东的高中生侦探 FILE.563 侦探甲子园 FILE.564 密室证明 FILE.565 侦探们的名推理 FILE.566 热血侦探
487 总局刑警恋爱物语8 左手的无名指★ 漫画单行本56 ：
FILE.576 订婚戒指1 FILE.577 订婚戒指2 FILE.578 订婚戒指3
488 电视台的恶魔★ 漫画单行本57 ：
FILE.591 恶魔来临。.. FILE.592 恶魔的手段 FILE.593 恶魔之泪
489 法庭的对决Ⅲ 目击者是检察官★◆ 动画原创
490 服部平次VS工藤新一 滑雪场的推理对决★ 漫画单行本50 、51：
FILE.518 平次的回忆 FILE.519 雪女之计 FILE.520 谜一样的缆车 FILE.521 银衣雪女传说 FILE.522 风雪中的复仇
515 怪盗基德的瞬间移动魔术★ 漫画单行本61：
FILE.631 紫红之爪 FILE.632 瞬间移动 FILE.633 三个禁忌 FILE.634 Zero
516 风林火山 迷宫的铠甲武士★ 漫画单行本59 ：
FILE.613 蜈蚣 FILE.614 铠甲武士 FILE.615 兵法 FILE.616 风林火山 FILE.617 战 FILE.618 阴和雷
521 杀人犯 工藤新一★
FILE.646 憎恨之村 FILE.647 消失的记忆 FILE.648 工藤新一杀人 FILE.649 死罗神大人 FILE.650 止不住的眼泪 FILE.651 真身
522 新一的真实身份 小兰的眼泪★ 漫画单行本62 、63
FILE.652 真正想问你的事情 FILE.653 我的推理 FILE.654 推理的答案 （有523的剧情）