恐怖三脚架(漫画:442-489字/动画:337-381字)
草帽海盗发现了一个用来祭祀波塞冬的木桶。打开后，它突然发出奇怪的红色闪光。随后万里阳光因风暴驶向魔三角，在那里遇到了吃黄泉世界果实的神秘骷髅人布鲁克。就在他们和布鲁克说话的时候，船渐渐驶向了世界上最大的海盗船——恐怖三脚船。从以前它想一个音乐人的路飞邀请布鲁克做伴儿，但是因为失去了“影子”的布鲁克得不到阳光，所以，
因为娜美，吴和在岛上迷路了，好奇的路飞无视布鲁克的建议离开这里，只是和他的朋友们一起闯入探险。然而，是月光·莫利亚住在可怕的三桅帆船上。
莫利亚是暗影之果，偷取敌人的暗影建立僵尸军队。草帽海贼成员一个接一个被他抓住，剥去了阴影。孤身一人的罗宾和弗兰奇在即将被僵尸大军抓住时，得到了布鲁克的帮助。经过布鲁克的解释，他们了解到可怕的三桅帆船的秘密和僵尸的弱点。他们用布鲁克给的“盐”成功地救出了吴和。并回到万里阳光中唤醒阴影被带走的路飞等人，但娜美仍被困在岛上，得知布鲁克与他在双子角遇到的“岛鲸”布拉有约定，路飞一行为了拿回食物、娜美和大家的阴影再次闯入莫利亚的豪宅。
路飞想一个人去莫利亚拿回影子，其他人则和三个怪胎以及为莫利亚服务的僵尸大军苦战。
最后，他们面对的最强敌人是拥有路飞影子的特殊僵尸“魔人”Oss。Oss的破坏力和路飞一样，但也因为路飞的白痴而被草帽海贼忽悠了好几次。
后来莫利亚在除掉路飞后加入了战争，让Oss成为了一个有“实力”和“头脑”的凶残怪物。草帽海盗面临全军覆没的危机。好在百人阴影的“梦魇路飞”及时出现，在同伴齐新的齐心协力下，终于将莫利亚和Oss逼到绝境，将其击败。
然而，事情并没有就此结束。国王的“暴君”巴塞洛缪·贝尔听从世界政府的指示，想要抹杀所有目睹莫利亚战败的人。面对熊的巨大力量和体力的耗尽，所有人都无能为力，处于劣势，几乎被冲击力震晕，只有索龙还能勉强对抗。
为了捍卫路飞的梦想，索隆愿意牺牲自己的生命来换取路飞的头颅。面对这样的友情，熊只好网开一面，只把路飞的痛苦和疲惫全部转移给索隆，让他们走了。
事件发生后，布鲁克为了履行与拉布的约定，以音乐家的身份加入了草帽海盗队。
杜巴鲁(漫画:491-495字/动画:386-389字)
离开“魔三角”后，在大水道航行了半圈的草帽海贼们终于看到了“红土大陆”，大家对自己辛苦航行所获得的代价颇为欣慰。
为了找到人鱼岛的线索，他们用“鲨鱼潜水三号”潜入海底探险，徒劳无功。这时，一只追逐鲨鱼的海兔潜水三号跳出海面攻击草帽海盗。路飞打倒海兔后，意外遇到了美人鱼咪咪和从海兔嘴里掉出来的海星帕帕克。海贼王中文网站
这两个人要求草帽海盗营救巴兹，巴兹是她在章鱼燃烧店工作时照顾她的老板，来自绑架集团“飞鱼骑士”和凯尔·罗海海盗。一行人来到飞鱼骑士的大本营时，意外发现海米口中的巴子是塬邪龙海海贼六刀流的干部，而“飞鱼骑士”的首领迪巴鲁似乎与草帽海贼有着深仇大恨。
在与飞鱼骑士的战斗中，路飞踢掉了迪巴鲁的铁面具。我没想到他会被海军追捕，因为他和山治悬赏名单上的那张脸长得几乎一模一样。最后，在山治的“塑料踢”下，迪巴鲁被变成了一个帅哥，飞鱼骑士团也把他的敌人变成了路飞一行的朋友。
洗发水岛(漫画:496-513字/动画:390-405字)
要知道渔人岛位于10000米的深度，要想在海底航行，就必须在万里阳光的表面涂上一层涂层。草帽海盗海米、八公、帕帕克一行来到香波岛，目睹了世界贵族“天龙人”滥用权力，岛上盛行奴隶制的丑恶行为。
然后他们来到哈哈池的老朋友夏衣开的风情酒吧，看望电影工作者，但是电影工作者已经半年没有回家了。夏邑还提供了自己常去的几个地方供路飞等人参考，并透露路飞和索隆已经被列为十一名海盗的超新星，另外9名赏金过亿的通缉犯也登上了这座岛。
在寻找拍摄工作人员的途中，海米被绑架集团“猎狗和宠物”绑架，草帽海贼叫来飞鱼骑士将他们抬往“人体拍卖厅”。后来，八公在会上被天龙人枪杀，路飞一怒之下打伤了天龙人，导致了天龙人事件。一行人得到了拍摄工作人员“老雷”的帮助，顺利离开了人体拍卖大厅。
回到夏怡的酒吧后，一群人才得知，塬中的“老雷”是罗杰海贼冥王星的副队长西尔巴兹·雷利(Silbaz Reilly)。为了感谢路飞等人对小八的帮助，雷利答应免费拍摄万里阳光，并给他们每人一张“生命纸”。接下来，所有的船员在拍摄完船后，必须在岛上躲避海军三天。
受天龙人事件的影响，海军本部·“黄猿”将军来到了香波岛，幸好“哈迪斯”·莱利赶来帮忙，但也引发了一场混战。后来全团船员被突然出现的“暴君”熊运送到外地。
与此同时，海军本部也在召集所有的君王前往七大乌海，准备与白胡子海盗一战。
女儿岛(漫画:514-523字/动画:408-421字)
路飞被一只大熊运送到了他女儿的岛屿——亚马逊百合岛。路飞食物中毒，被黛西和同伴救了出来。但是因为他不知道男人不得接近女儿岛的规定，而且他劫持了雏菊，所以被追杀。后来，他遇到了波雅·汉库克，一个声称因为他的“诅咒”而“石化”的女国王。面对这个把自己人变成化石的美丽暴君，一个目睹了事件却无动于衷的女人，还有两个同样自称被诅咒却实际上吃了恶魔果实的姐妹，路飞在女儿岛展开了一场战斗，在解决了与女儿岛居民的矛盾和女帝的心结后，路飞无意间从婆婆那里得知了艾斯的困境，决定前往深海监狱“imperl”去解救即将被处死的“火圈”艾斯。此时的汉考克暗恋路飞，于是决定利用自己七武海的身份暗中帮助他。
此外，本文还简要说明了路飞来到女儿岛时草帽海贼其他同伴的下落。
深海监狱(漫画:524-549字/动画:422-425，430-452)
为了营救艾斯，路飞躲在汉考克的衣服里，登上一艘海军军舰，通过特殊的海军海流“盆地海流”，到达了深海监狱imperl。在韩库克的帮助下，路飞潜入了海底监狱，却遇到了正在地下一层越狱的小丑巴基。在去Lv.5的路上，遇到了‘先生3’和‘先生2’。
因为巴基和‘先生3’急于越狱，‘先生2’和路飞一起去了‘LV5’。
另一方面，《imperl》的导演“狱中最强男人”麦哲伦，在《LV4烧焦的地狱》中，调用全部力量对抗路飞。
巴基和‘Mr . 3’在遇到麦哲伦后也逃走了。路飞与麦哲伦决斗，战败被押送到“LV5极寒地狱”，在弥留之际被‘先生2’救下，被Lv.5.5新人类天堂‘人妖之王’埃波利奥·伊万科夫救下。
在得知路飞是革命军领袖多拉格的儿子后，伊娃·科夫决定帮助路飞与“雷电”等人一起“Lv.6”拯救艾斯。
当路飞等人到达“Lv.6”时，发现艾斯已经被转移到了海军本部。路飞也决定去那里，放出了王乌海“海霞”吉贝尔和“' Mr.0 '”沙Crokdal在《LV.6无限地狱》中，他们加入了前方。
一路上释放了' 1先生'等俘虏，叶鬼和' 3先生'也释放了'吕. 2 '中的241俘虏，构成了巨大的战力。
途中遇到了背叛世界政府的“黑胡子海盗”。一阵骚动之后，黑胡子被麦哲伦打败了，但是佩尔的狱卒猎物救了他们。路飞一行回到因佩尔入口后，克罗克达尔、吉贝尔、叶鬼和‘先生1’成功抢到一艘战舰供俘虏逃跑；而‘Mr . 2’假扮成麦哲伦打开‘正义之门’，自愿离开路飞带领241名囚犯顺利离开imperl。此时，艾斯已经被五艘战舰和五名中尉护送到海军本部的“马林凡多”号。
马林·范多的顶级比赛(漫画:550-580/动画:459-)
就在艾斯被处决前不到3小时，海军本部的行刑地“马林凡多”召集了一支知名而强大的海军，共有10万人。罢工者分别由5名“夏柒乌海国王”和“海军总部3名将军”把守。行刑前，这位战国元帅告诉所有人，艾斯是“海贼王”哥尔·D·罗杰的儿子。
四帝‘白胡子’爱德华·纽盖特率领新世界四十七支海盗舰队入侵“马林凡多”，准备营救艾斯。于是白胡子海盗和四十三个新世界海盗与和王开战了。由于海盗小奥兹船长拼死一搏，白胡子海盗瞬间攻入内湾，所以海军本部打算早早处决艾斯。这时候路飞和imperl的241俘虏马上赶到，和白胡子联手救艾斯。
经过一场激战，路飞成功救出艾斯，艾斯正式与路飞联手对抗海兵，而白胡子则决定用自己最后的力量掩护手下的所有海盗。独自在一个只剩下一半的岛上，面对海军，其他奉命撤离的海盗都在岛的另一半。当白胡子海盗准备逃跑时，海军本部上将出现了，并公开挑衅艾斯。艾斯怒不可遏，攻击马鹿，却被马鹿的岩浆灼伤。最终红蝎子一拳打在路飞身上，艾斯挺身挡下攻击，被打穿了身体。
艾斯靠在路飞身上，白胡子手下的船医前去救助艾斯，但艾斯拒绝了治疗，并对路飞和所有前来救助他的人表示感谢，然后笑着死在路飞怀里。路飞因为艾斯的死而悲痛欲绝，当时黑胡子突然带着四名传奇囚犯出现在因佩尔的海军总部。
白胡子看到黑胡子就毫不留情的攻击他，但是最后在黑胡子海盗的攻击下，白胡子站着死了。黑胡子利用果实能力夺取了白胡子的果实能力，变成了一个可以同时使用两种果实能力的能力。与此同时，黑胡子向全世界宣布，他将取代白胡子成为世界霸主。
于是战国亲自上阵打黑胡子。这时，试图保护路飞的吉贝尔被池重重一击。危急时刻，他被巴基和克罗克达尔救了出来。这时，“死亡外科医生”特拉法尔加·罗出现在一艘潜水艇里，来营救路飞。然后在四皇红发皇帝Janks的斡旋下，战国元帅决定撤退，自大海盗时代开始以来最大的一场战役——“马林凡多顶斗”就此收官。