故事讲述了殖民卫星SIDE-6之间长达一年的战争结束时，联邦与让公国之间的战争。
故事的主人公扎古被让公国新兵巴尼驾驶，倒在了边上-6。巴尼碰巧认识了爱军事的少年阿鲁，并在阿鲁家建立了一个叫克里斯的联盟少女。巴尼通过阿鲁了解到，联邦军正在SIDE-6测试新型MS RX-78-NT-1，但是巴尼的团队在NT-1的攻击中全部死亡，只有巴尼幸存。
让公国在败局已定的情况下，试图通过用核弹摧毁SIDE-6来摧毁联邦军。在阿鲁的劝说下，巴尼为了死去的战友和心爱的克里斯，决定用第一次倒在边-6的扎古。
故事在中间结束。巴尼的杂谷砍下了RX-78-NT-1的头，却被RX-78-NT-1的光束剑击中而死。可悲的是，巴尼佩服的是开RX-78-NT-1的克里斯。
对于0080，为什么叫口袋里的战争？首先，大概是说这是当年那场宏大、惨烈、毁灭性战争中的一场微不足道的战争，但“口袋里的战争”的真正含义和本质，以及全剧最震撼人心的一句话，却是故事结尾少年阿鲁对校长说话时的低语。通过一个无知少年的无知话语，巴尼和克里斯的悲剧变得更加悲惨...
顺便说一下，巴尼是吉恩陆军非NT飞行员中顶尖的王牌飞行员，仅次于“真红的赖斯太太”约翰尼·雷丁。