莎伦的真实身份是黑人团体杀手，她杀死了一直在调查该组织的美国联邦调查局特工(也就是朱迪的父亲)，并放火焚烧了朱迪的家，毁尸灭迹。只有年幼的朱迪幸免于死，被父亲的同事用“证人保护计划”保护起来。莎伦告诉小朱迪，“秘密使女人成为女人”(女人因为秘密而美丽)给她留下了深刻的印象。
心怡和兰去纽约玩，招待她们看的歌剧《金苹果》。他们在剧院门口相遇并认识了沙龙，但沙龙在歌剧开始前借口有事离开了。歌剧中有一场谋杀。新一帮忙破案后，广子留下声明，让他们先打车回酒店。途中，两人下车找到莎朗送给兰的手帕。兰先是遇到了追赶银发杀手的，又在废弃的仓库里遇到了受伤在逃的银发杀手。满头银发的凶手在试图杀死他们时，因栏杆断裂而从高处坠落，被何蓝心怡所救。事后发现银发凶手已自杀，但现场所有痕迹均被抹去，令人怀疑。(286工藤新一纽约事件银发凶手为贝尔摩假扮毛利兰一见赤井秀一)
莎伦伪造了自己的死亡，继续以女儿克里斯的身份生活。龙舌兰找到板仓卓，命令他开发一个系统软件。这遭到了板仓卓的拒绝。黑人组织拼命骚扰板仓卓，最终迫使他屈服。一种新的伏特加酒(伏特加)被琴酒(Gin)发现，被强行灌醉，变成了柯南。柯南在漫画中得知了新干线爆炸中杜松子酒和伏特加的代号。
在漫画中，宫野明美被杜松子酒杀死，但动画版被改为被警察逮捕。
谋杀电子游戏一家公司柯南撞见了龙舌兰酒，一个黑暗集团的成员，但他被杀了。
10亿抢劫黑暗组织的姐姐宫野明美被杜松子酒杀死了。
一名来自黑暗组织的女性大学教授被谋杀的事件也减少了，她逃离了该组织，住在阿笠博士的家里。
告别黑暗组柯南和足原在放学回家的路上发现了金的保时捷，于是对其进行了追踪，但金却在上面发现了追踪器。但是柯南还是发现了黑暗组织要在杯子酒店组织代号为“
Pisco成员进行暗杀活动。柯南和足原到达北湖酒店，但金已经通知皮斯科雪莉在跟踪她，并告诉他雪莉一定会去北湖酒店。暗杀发生后，皮斯科偶然遇到了足原，认出她就是雪莉，于是她被打了麻药昏迷，躲在酒店的酒窖里。柯南和足原取得联系后，让她尝试喝酒，结果徒劳无功。结果阿沙拉也变回了成年人的身材，并且能够从烟囱逃到酒店顶楼。没想到，杜松子酒和伏特加已经在顶楼了。在杜松子酒的折磨下，足原拒绝说出自己脱离组织后的所作所为，身中数枪。柯南这时赶到，用麻醉枪打了金。与此同时，阿沙拉再次从烟囱逃回酒窖。此时，白功的药效已经过去，阿莎拉的身体又变回来了。然后皮斯科终于露出了真面目。在即将处决足原的时候，柯南再次火速上演英雄救美，而皮斯科则因为刺杀过程中一个不可挽回的失误，被琴声灭口。(当时贝尔摩也在现场，事后拍了照片，定居日本。因为她觉得当时有其他组织的成员在场，柯南开始怀疑事后她也是该组织的成员。新出智明的父亲被继母杀害，在柯南的帮助下破案。(新电影正式亮相)贝尔摩制造车祸企图杀死新出智明一家，并开始冒充新出智明。另一方面，长大后的朱迪加入了美国联邦调查局，追踪贝尔摩来到了日本。察觉到贝尔摩的企图后，她秘密地救了新出智明，并作为一名英语老师隐藏在迪丹高中进行监视。
临危复活的柯南变回新骑士一身黑衣遇见兰，被新贝尔摩和朱迪发现。
格斗游戏的陷阱朱迪遇到柯南，看到他在园方的帮助下破案(这是朱迪第一次正式亮相，显然她发现柯南不简单，可能已经知道内情)。
神秘乘客这一集开头Gin和Belmore之间的一个场景，说明这一集和主线有关系。年轻的侦探队和医生在公共汽车上遇到了一起去美术馆的朱迪和辛楚。这时，艾感觉到大巴车上的组织成员变得非常害怕。后来，大巴被劫匪劫持。虽然在大家的努力下最终抓住了劫匪，但是艾呆在快要爆炸的车里想死，最终被柯南救了出来。(现在看来，组织成员艾觉得是贝尔摩，和她单独在一起的朱迪应该在监视它的行踪。好在在柯南的掩护下，不管是朱迪还是贝尔。同时，这一集也是赤井秀一的首次正式亮相。在结尾，他的报告显示他在监视某人，这应该是为了帮助朱迪监视贝尔摩。柯南等人结识了来自芝加哥的“詹姆斯·布莱克”老人。后来因为被误认为名人而被绑架，在柯南的帮助下获救，被赤井接走。同时，詹姆斯也发现了柯南的不同寻常。犯罪纪念品事件中提到与毛利小五郎有关的文件被盗后又被送回，暗示有人在调查他们，这让柯南相当紧张。是贝尔摩偷了案卷，主要目的是了解与新问题有关的案情(可惜细节还没找到)。窃取所有相关案件档案的目的是误导美国联邦调查局，使其认为她的目标与毛利人有关。故事结尾有一张赤井监视毛利侦探所的照片，可见美国联邦调查局真的把目光投向了毛利人。方三角事件柯南再次在朱迪面前破案(这一集有几点值得注意:第一，朱迪在谈话中暗示柯南的身份已经暴露，提到了美国联邦调查局。第二，在该案中，兰回忆说她曾见过一个“戴黑色针织帽的男人”()；最后，在故事的结尾，贝尔摩给琴酒发了一封邮件，提到了雪利酒，给(艾)的十字照片发了飞镖，旁边还有柯南和兰的照片)。朱迪
柯南因为西方名侦探vs英语老师的档案丢失而非常苦恼。他基本肯定克里斯是该组织成员，并进一步怀疑朱迪=克里斯。碰巧来到这里的服部哲对此非常感兴趣，于是他鼓励柯南去朱迪的公寓探险，双方接触过程中发生了一起凶杀案。虽然案子破了，但是朱迪的探索失败了。(这一集的重点是柯南和兰最后出现在朱迪浴室镜子后面的照片，照片上的字迹和贝尔摩的一模一样。根据后来的陈述，这是在朱迪潜入新创建的房间(即贝尔莫尔)并找到相关照片后复制的，而且朱迪还得知贝尔莫尔的目标是服丧。另外，柯南最后说，除了朱迪，另外两个可疑人物应该是赤井和新一)。无声的证据小五郎受委托寻找失踪的电脑工程师板仓卓。从当事人的对话中，柯南得知他是龙舌兰酒的联系对象，龙舌兰酒是在电子游戏公司谋杀案中被杀的组织成员。最后，柯南通过追查案件，得到了该组织的线索——板仓日记(在案件的最后，柯南和蓝遇到了，并提到了)。此外，柯南还了解到，兰和赤井是在那一年认识的。柯南通过半仓的日记得知了黑暗组织的行踪，并试图冒充半仓和伏特加酒的接头，但被琴酒识破未果，差点被琴酒抓住(柯南和艾离开时，恰好被赤井看到，好像艾也感觉到了什么；在板仓的日记中，提到了黑暗组织的庞大计划甚至影响着人类的未来。金钱买不到的友谊阿笠博士提到，艾的父亲宫野厚司是著名的疯狂科学家，而他的母亲艾琳娜是一名英国学生，黑暗集团可能正在从事一项起死回生的计划。黑暗中的陷阱当少年侦探队遇到一起谋杀案时，柯南帮助解决。值得注意的是，柯南和艾在整个故事中都感觉到自己被跟踪，但跟踪者最终被迫放弃。(最后，赤井秀一出现了，表明跟着他们的人是美国联邦调查局。因为艾与照片中的人物相似，美国联邦调查局猜测她就是贝尔摩的目标。此外，赤井最后对艾的照片说“太像了”，暗示他和艾以前就认识。奇怪的是，朱迪和阿凯似乎并不经常联系，也不经常交换信息。四保时捷艾感冒发烧了。博士和柯南送他去了医院，却被停车场的一桩命案挡住了去路。后来，他遇到了兰，花园和朱迪在购物，和，谁发现了他们的行踪，跟着他。最后柯南破案了，但是艾医生把朱迪的车开回家，找了个新医生给艾看病。在故事的最后，贝尔摩烧掉了艾的照片，说:“你准备好了吗？我找到了，我去找你”(这是一次彻底的暴露，贝尔摩和美国联邦调查局都知道她的地址，贝尔摩还在医生家里安装了窃听器)。藏在厕所里的秘密博士带着柯南和艾去拜访艾父亲生前的好友，设计师离开小岛试图了解更多关于艾父亲的事情。当然，设计院必然还会有另一桩命案。柯南破案的时候，还找到了艾的姐姐想方设法藏在设计院，艾的妈妈留给艾的磁带。(艾的妈妈应该在19岁留给艾的录音里提到过一些惊人的事情，但是因为青山爱当悬疑的爱好，我们至今一无所知。此外，在故事的最后，贝尔莫尔叫来了组织成员“卡尔·多瓦斯”(即苹果酒)帮忙，正在策划一场行动。便利店陷阱朱迪辞去了迪丹高中的老师职务(显然，她会为此做点什么)，但当兰和花园去朱迪家聚会时，兰意外发现了镜子后面的照片，觉得十分可疑，于是在满月之夜潜入朱迪的汽车后备箱，在最后一刻救下了艾。另一方面，贝尔摩没有开枪打兰，称她为天使。显然，她不想伤害兰。很多人都认为是信义和兰在她伪装成银发杀人犯的时候救了她。面对黑组织的对抗！月圆之夜的二元神秘事件，贝尔摩策划了幽灵船活动，邀请了小五郎、新一、金，试图分散柯南的注意力，暗杀艾。朱迪得知了这个计划，先带走了艾，并试图将贝尔摩引入陷阱，但贝尔摩已经知道了这个陷阱，并为此做了安排。另一方面，柯南邀请服部哲装扮成自己，并在母亲广子的帮助下化妆成服丧，试图与黑人组织取得联系。但艾不放心柯南去，偷了柯南的追踪眼镜跟着他。最后，兰躲在朱迪汽车的后备箱里，因为她想知道朱迪的真实身份...真的很复杂。最终，贝尔摩逃脱了阿凯，又一次放过了柯南，并把柯南和艾藏在琴酒里，但朱蒂设法骗过了依然一无所知的兰。贝尔摩给组织的老板/先生/领导发邮件时，柯南听到了击键声。一个案子结束后，山村警官给他奶奶发了一条信息。最初的按键和boss的邮箱很像，是鸟取县。柯南等人去了一个钢琴家庭，得知那天听到的击键声是七个孩子的音乐。黑暗冲击！在组织魔爪伸出的那一刻，小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知自己被基安蒂酒所恨。
被剧的门铃闹的，带着柯南和兰去了惜奈家。虽然小五郎等人抓到了犯人，但此时柯南从安装的bug中意识到，可惜奈其实是黑组织的黑帮成员。随后，该黑组织制定计划，于下午1点在埃迪P刺杀一名代号为DJ的男子。被美国联邦调查局和柯南拦住，水无怜奈受伤昏迷。(在这一集里，有两个黑人组织的新成员:狙击手基安蒂酒和科恩。)贝尔摩，黑暗组织的影子，去了水无怜奈一个事故目击者的家里，引起了柯南的注意。小兰的新同学本英佑在毛利侦探所做客时，有意无意地把话题引到了水无怜奈，希望柯南等人调查，这引起了柯南的警惕。红与黑的碰撞总是给柯南不好的感觉。他四处寻找他的妹妹唐本·英海。这个大厅里的瀛海和水无怜奈长得一模一样，但是血型不对。与此同时，黑暗集团到处寻找水无怜奈，得到美国联邦调查局帮助的水无怜奈假装昏迷不醒。被本堂英佑攻击后，不得不说出自己的真实身份。原来，水无怜奈是美国中央情报局的卧底，水无怜奈答应赤井秀一回到该组织，但他接到的第一个任务是杀死赤井秀一。赤井秀一有牺牲的嫌疑。红、白、黄和侦探小组水无怜奈向朱迪泄露了信息，并组织了一个强大的波旁侦探。工藤新一的房子搬到了一个名叫冲矢昴的新房客那里。据海原爱反应，此人人脉很广。他是组织的卧底波旁还是重生的赤井秀一？侦探队VS强盗队出场，脸上带着烧伤的疤痕，出现了疑似赤井秀一的人。右眼显然是烧伤了基尔(水无怜奈)
受伤的伤疤。最终，该男子拿起劫匪的手枪，在柯南被劫匪劫持的紧张时刻向其开枪。根据漫画，这个人是右撇子。)赤井秀一疑似赤井秀一刺客再次出现，与此同时，商场里的朱迪老师收到了“这里很危险，快跑”的纸条(没有明确指出是谁留下的，但朱迪认为是赤井秀一，刀疤男是赤井秀一)。这时，冲矢昴正在商场里，他第一次见到了刀疤男，但是刀疤男没有找到他。刀疤男用别人的手机把商场里发生的案件推理发给了毛利小五郎。金、基安蒂酒等人试图测试赤井秀一是否还活着，以此来证明基尔是否是卧底，但柯南巧妙地引走了他。与此同时，常也在寻找刀疤男，但刀疤男在瞄准时对着眼前的景象诡异地一笑。这是怎么回事？
与主线相关的电视
001过山车杀人案(杜松子酒伏特加登场，工藤新一喝少了药，拉开序幕)002绑架董事长女儿案(阿笠博士知道了他的身份，在毛利兰的询问下，工藤新一改名为江户川柯南)004大都会典图藏宝事件(少年侦探团成立)005新干线爆炸事件(柯南怀疑的两个黑爆嫌疑人不是黑暗组织)060
043江户川柯南绑架案(工藤夫妇知道新的越来越小)048外交官谋杀案(上集)049外交官谋杀案(下集)(服部平次出现，工藤新一首次恢复)054电子游戏公司谋杀案(龙舌兰酒出现并被杀)057福尔摩斯粉丝谋杀案(上集)058福尔摩斯粉丝谋杀案(下集)(平次两人成为闺蜜)128 100亿抢劫黑暗组织(宫野明美死亡 黑组织浮出水面)129黑暗组织谋杀女子大学教授(海原艾出场，名药APTX4869) 130竞技场内无差别胁迫(第一部)(芦原说:半个世纪前就已深入组织的计划)162飞室最初事件(小兰回忆最初事件)170黑暗中的死角(第一集)(重要人物 未来的埋伏)171黑暗中的死角(下)176与黑暗组织告别(灰色原章)(派斯克出现，任务:暗杀)177与黑暗组织告别(柯南章)(宫野志保第一次恢复，派斯克知道他的身份)188复活6666666536 复活-223美人鱼在约定的地方失踪(推断)(宫野志保的名字出现在名册中，说明该组织正在研究长生不老药APTX-4869) 226格斗游戏的陷阱(上)(朱迪的出现)227格斗游戏的陷阱(下)230谜一样的乘客(上)(赤井秀一的出现 情况复杂)231谜一样的乘客(下一集)242元太灾难(提到琴酒是左撇子)253本堂的罪犯爱情故事4(上)254本堂的罪犯爱情故事4(下)(新医生可能找到柯南分析案情用变声器)258芝加哥来的男人(上)(詹姆斯·布莱克出场)259芝加哥来的男人(下)(叫柯南福尔摩斯， 酷哥)269犯罪遗迹(上)(毛利小五郎档案被盗，目标直指柯南)270犯罪遗迹(下)271匆忙掩盖的疏忽(上)272匆忙掩盖的疏忽(下)(柯南被怀疑 情况危急)274鬼屋的真相(上)(新医生的住处)柯南也认为新人听到了柯南对案情的分析)275鬼屋的真相(下)277英语老师vs西方名侦探(上)(柯南请博士调查克里斯·宾亚德)278英语老师vs西方名侦探(下)279迷宫的黑暗(上) 280迷宫的黑暗(下)284中华街雨中似曾相识(上)纽约艳遇)285中华街雨中似曾相识(下)286工藤新一纽约事件(事件)(得知克里斯是已故美国明星莎朗·宾亚德的女儿， )287工藤新一纽约事件(推论)288工藤新一纽约事件(解答)(贝尔摩以杀人犯的身份出现，布兰奇追踪到他。兰知道秀吉就是。末了，莎伦对尤西子说，我也有我的天使。为未来做铺垫)307无声的证据(第一部)(再次抓住黑暗组织的尾巴)308无声的证据(第二部)(下集介绍)309与黑暗组织的接触(谈判部分)(柯南得知组织正在聘请电脑工程师编写神秘的系统软件)310与黑暗组织的接触(追踪部分)(板仓日记详解)海原爱对赤井秀一有感情) 329金钱买不到的友谊(上)(在这一集里，我提到了阿沙拉的父亲:宫野厚司是阿笠博士的老熟人。 )330金钱买不到的友谊(下)335东京画室的秘密(上)(阿莎拉被跟踪，要下雨了)336东京画室的秘密(下)338四辆保时捷(上)339四辆保时捷(下)(朱迪和赤井发现足原与黑组织有联系， 贝尔摩知道足原的身份)藏在马桶里的340个秘密(上)341藏在马桶里的秘密(下)(足原在马桶里发现了妈妈的录音留言)343便利店的陷阱(上)344便利店的陷阱(下)(小兰在朱迪公寓的墙后发现了一张照片，引起了对朱迪身份的怀疑，为下集来自朱。 满月之夜的双星神秘事件(朱迪、阿凯和詹姆士是美国联邦调查局；；贝尔摩答应柯南:放弃雪莉；解释了286-288年工藤新一NY事件的所有线索)346寻找P股上的印记(第一部)(对于上一集的余波 Judy希望参与证人保护计划)347寻找P-share上的标记(上一部)(Ai拒绝参与证人保护计划)361迪丹高中的闹鬼学校(上一部)(真正的新博士归来)362迪丹高中的闹鬼学校(下一部)374星星和香烟的暗号(上一部)375星星和香烟的暗号(下一部)(柯南这种声音类似于贝尔摩给Boss发短信时的按键音。 推测boss在鸟取县)385斯特拉迪瓦里的不和谐音(前奏)386斯特拉迪瓦里的不和谐音(间奏)387斯特拉迪瓦里的不和谐音(尾声)(boss的手机号是七子的旋律)394怪屋历险记(封印)(boss的手机号被柯南破解了，艾好像对boss有所了解)395怪屋历险记(操纵)396怪屋历险记(解)425组织的魔爪触碰的那一刻 烟又升起来了)429回不去以前的两个人(第一部)(这个大厅的样子)430回不去以前的两个人(第二部)462黑暗组织的影子是一个年轻的见证人(这个大厅很精彩， 吸引柯南的注意力)463黑暗组织之影精彩的光照464黑暗组织之影神秘的高额悬赏465黑暗组织之影珍珠的流星(最后提到贝尔摩的咒文)484黑照的下落(第一部)485黑照的下落(第二部)最精彩的系列， 忍不住看491红与黑的碰撞开始492红与黑的碰撞血缘493红与黑的碰撞绝对称得上494红与黑的碰撞鬼土495红与黑的碰撞昏睡496红与黑的碰撞入侵497红与黑的碰撞觉醒498红与黑的碰撞不安499红与黑的碰撞伪装500红与黑的碰撞遗言50 1疑似 红与黑的碰撞502红与黑的碰撞白503红与黑的碰撞死了504红与黑的碰撞死了507卡拉ok包房的死角(上)508卡拉ok包房的死角(下)(应友得知柯南是工藤新一，说美国联邦调查局出事了，柯南笑着说:嗯，没事。 让赤井秀一的死更假)509红白黄和侦探小组(水无怜奈给朱迪发信息，组织派出代号为波旁的成员调查雪莉。冲矢昴一出场，海原爱就察觉到了异样)510柯南VS W谜案(案子破了，柯南把自己的家借给了冲矢昴说:作为回报，你要照看好自己的家；常成功躲过兰的攻击，假装被踢。武功应该不错)511推理决斗！新一届VS冲矢昴(漂亮推理直播，冲矢昴推理能力堪比柯南；喝波本)521凶手522新一的真实身份和兰的眼泪(第三部恢复)523我真正想问的是什么524讨厌的蓝火花(第一部)(最后一集的结果)525讨厌的蓝火花(第二部)(成功破案，柯南和常默契配合)542让鱼消失的角岩(第一部)(代替医生接少年侦探队 并遇到了案子)543使鱼消失的角岩(第二部)(冲矢昴的话离灰平原一样近，灰平原又觉得有压迫感； 末了，阿莎拉盯着工藤的房子说:那个人，是……578召唤危机的红色预兆(美国联邦调查局在找一休；冲矢昴也出现在米花公馆)579黑13提示(疑似秀吉的人和冲矢昴同时出现，局面再次混乱，赤井之死疑似)580急黑时限(Kir疑似身份，Gin准备让基安蒂酒攻击疑似秀吉的人)581红荡目标(冲矢昴称组织为‘笨狼’，似乎很了解柯南。狙击失败，boss下令撤退)值得一提的是，漫画版的005不同于电视。漫画版的两个人是杜松子酒和伏特加。柯南无意中听到了他们的对话，得知了他们的代号。不过电视版换成了两个长相差不多的人。后来在动画版052中(标题介绍了杜松子酒和伏特加，一开始不是054)，柯南不知怎么就知道了杜松子酒和伏特加的代号。这成为柯南电视故事的漏洞，却无法弥补。而且在漫画《奇异凶杀》中，宫野明美与杜松子酒和伏特加联系在一起，然后被杀，动画版改成了被警察逮捕。这一集和动画版128集很像。可以说第128集是一个补丁，但是这个补丁有一些疏漏:在第13集，小兰和毛利大叔明明知道宫野明美(也就是广田亚米)，但是在第128集，就变成了只有柯南知道广田亚米，而小五郎。
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