作为一名女明星，莎伦和尤西子向魔术师黑羽盗一(基德的父亲)学习变脸技术，因此他们互相认识。
漫画卷42f5 ~ 10，TV345
莎伦的真实身份是黑人团体杀手，她杀死了一直在调查该组织的美国联邦调查局特工，也就是朱迪的父亲，并放火烧毁了朱迪的家，毁尸灭迹。只有年幼的朱迪幸免于死，被她父亲的同事用“证人保护计划”保护起来。
漫画VOL58F10
在该黑色组织中卧底的美国联邦调查局特工赤井秀一和美国联邦调查局特工准备抓捕该团伙。然而，由于特工卡梅尔的失误，赤井不得不逃离该组织，这也为赤井的女友宫野明美被谋杀埋下了伏笔。
漫画VOL34F11 ~ VOL35F4，电视286 ~ 288工藤新一NY事件。
心怡和兰去纽约玩，招待她们看白龙会的歌剧《金苹果》。在剧院门口，他们见了面，见了莎伦，但莎伦借口有事在歌剧开始前离开了。歌剧中有一场谋杀。新一帮忙破案后，广子留下声明，让他们先打车回酒店。途中，两人下车找到莎朗送给兰的手帕。兰先是遇到了正在追赶银发劫匪的，然后又在废弃的仓库里遇到了逃跑中受伤的银发劫匪。银发劫匪欲杀他们时从高处坠落，被蓝和心怡救下。事后发现银发劫匪已自杀，但现场所有痕迹均被抹去，令人生疑。
(根据后来的故事，当时的银发劫匪其实是沙龙为了让赤井秀一对暗杀掉以轻心而伪装的，这也是现场所有痕迹被抹去的原因(当然，真正的银发劫匪早已被灭口，伪装成自杀)。正因为莎伦被两个人救了，所以她以后会处处维护他们。此外，故事最后提到赤井秀一与美国联邦调查局在一起，这暗示了他的身份)。
莎伦伪造了自己的死亡，继续以她的女儿克里斯的身份生活，她的女儿在组织中的代号是“苦艾酒”。
漫画VOL58F7
美国中情局特工父女潜入黑色组织。没想到，联系的时候被发现了。为了救他们的女儿，父亲咬了他的胳膊，让女儿瀛海(也就是kir)一枪爆头。瀛海得以继续在组织中卧底。
漫画VOL1F1，TV1
他童年的朋友工藤新一和毛利兰在操场上玩耍。他们目睹了伏特加酒(伏特加)交易，遭到了黑人组织的攻击，被黑人组织的高级成员Gin强迫喝下APTX4869，成为了柯南。
漫画Vol2f4 ~ 7和TV13改编的诡异命案。
化名广田亚美的涉黑组织基层成员宫野明美，为了离开组织，决定完成最后的任务，参与了涉黑组织6543.8+0亿元的抢劫，但得手后被琴声灭口。
改编自新干线大爆破事件的漫画Vol4f4 ~ 6和TV5。
小五郎去京都参加朋友的婚礼。在新干线列车上，柯南偷听了黑衣人的对话，得知黑衣人组织的成员杜松子酒和伏特加都是以酒为代号的。
漫画VOL12F4~6 ~ 6，TV54电子游戏公司杀人事件。
柯南偶遇了黑暗组织成员龙舌兰酒，却被杀了。
漫画Vol 18 F6 ~ Vol 19f 1，TV129来自黑暗组织的女人。
宫野明美的妹妹雪莉(宫野志保饰)在服用APTX4869后逃离了组织，和阿笠博士呆在一起。别名是海原爱。
漫画Vol 24F7 ~ 11，电视176 ~ 178告别黑暗组织。
艾被组织成员皮斯科绑架，在柯南的帮助下逃脱。皮斯科因为身份暴露，被琴酒灭口。
(贝尔摩当时也在现场，后来出去定居日本。因为她觉得当时有其他组织的成员在场，柯南开始怀疑事后她也是该组织的成员。
漫画卷42f5 ~ 10，TV345
贝尔摩试图通过制造车祸来杀死新出智明一家，并开始冒充新出智明，一个迪丹高中的医生。另一方面，长大后的朱迪加入了美国联邦调查局，追踪贝尔摩来到了日本。察觉到贝尔摩的企图后，她秘密地救了新出智明，并作为一名英语老师隐藏在迪丹高中进行监视。
朱迪通过比较她的指纹发现了莎伦·贝尔摩的秘密。)
漫画VOL25F9~VOL26F7，电视191 ~ 192，暴命复活。
柯南变回一个黑衣新骑士，遇到了兰，化身为新贝尔摩的发现。(贝尔摩这时知道新一没死，但他大概没猜到柯南=新一，也没告诉组织。)
漫画的陷阱vol 25 f 7 ~ 9和电视226 ~ 227格斗游戏
朱迪遇到了柯南，看到他在花园的帮助下破案。这是朱迪第一次正式露面。显然，她发现柯南并不容易，她可能已经知道内情了。但事后她给同伴打电话时，“烂苹果”这个代号指的是打扮成新的贝尔摩)
漫画vol 29f3 ~ 5，TV230~231+0都是同程的粉丝。
年轻的侦探队和医生在公共汽车上遇到了一起去美术馆的朱迪和辛楚。这时，艾觉得车上的组织成员变得非常害怕。后来，大巴被劫匪劫持。虽然在大家的努力下劫匪终于被抓到，但艾还是待在快要爆炸的车里想死。最后被柯南救了。(艾觉得组织成员都是贝尔摩的，朱迪单独和她在一起应该是为了监视她的行踪。幸运的是，在柯南的掩护下，朱迪和贝尔摩都没有找到艾。同时，这一集也是赤井秀一的首次正式亮相。最后，他的报告显示，他正在协助朱迪监视贝尔摩。)
漫画卷32f8 ~ 10，电视258 ~ 259来自芝加哥的男人。
柯南等人遇到了来自芝加哥的老人“詹姆士·布莱克”。后来被误认为名人，被绑架了。后来在柯南的帮助下获救，被赤井接走。詹姆斯是朱迪和阿凯的老板。值得注意的是，赤井提到他最后被女朋友甩了。
漫画Vol 32f11 ~ Vol 33f2，电视253 ~ 254罪犯的爱情故事在这个大厅4
佐藤警官去和白鸟相亲，最后高木在柯南的帮助下成功阻止了他。(这一集唯一值得注意的是，柯南用新电影冒充高木，但新电影(贝尔摩的)帮他撒谎，说明贝尔摩此时已经知道了柯南=新一的秘密。原因可能是作为Hiko的好朋友，她大概看到了信一小时候的照片，所以发现了这个秘密，当然她还是没有告诉任何人。)
漫画vol 33 f 7 ~ 9，电视269 ~ 270是犯罪的纪念品。
与毛利小五郎有关的文件被盗，然后被送回，这表明有人正在调查他们，这使柯南相当紧张。是贝尔摩偷了案卷，主要目的是了解新案件(不幸的是，细节仍然缺失)。窃取所有相关案件档案的目的是误导美国联邦调查局，使其认为她的目标与毛利人有关。故事结尾有一张赤井监视毛利侦探所的照片，可见美国联邦调查局真的把目光投向了毛利人。
漫画vol33f10 ~ vol34f1，TV 271 ~ 272“×△□o”事件。
柯南又一次在朱迪面前破案，案件本身还是无关紧要的。这一集有几点值得注意:首先，朱迪暗示柯南的身份已经暴露，并提到了美国联邦调查局。第二，在该案中，兰回忆说他曾见过一个“戴黑色针织帽的人”(即)；最后，在故事的结尾，贝尔摩给金妮发了一封邮件，提到了雪利酒，并把飞镖送到了(也就是艾)和X的合影上，还附上了柯南和兰的照片。
漫画vol 34 f 2 ~ 4，电视277 ~ 278西明侦探vs英语老师
文件的丢失让柯南非常不安。他基本肯定克里斯是该组织成员，并进一步怀疑朱迪=克里斯。碰巧来到这里的服部哲对此很感兴趣，于是鼓动柯南去朱迪的公寓进行测试，双方接触过程中发生了一起凶杀案。虽然案子破了，但是对朱迪的考验却失败了。(这一集的重点是柯南和兰最后出现在朱迪浴室镜子后面的照片，照片上的字迹和贝尔摩的一模一样。根据后来说的，这是朱迪潜入新房间(贝尔摩的)找到相关照片后复制的，而且朱迪也了解到贝尔摩的目标是服丧。)
漫画卷35f8 ~ 10，电视289 ~ 290严光在失落的森林里
少年侦探队的成员去森林里寻找小彦。这一集提到了另一个黑组织的成员邵元吉一郎。其实这个人出现在连续杀波里，在组织里也只是个无足轻重的角色。
漫画vol 37 f 5 ~ 7和电视307 ~ 308没有声音见证。
小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓。从当事人的谈话中，柯南得知他是龙舌兰酒的联系对象，是在电子游戏公司遇害的组织成员。最后通过追查案情，柯南得到了该组织的线索——板仓的日记(柯南和兰在案件最后遇到了，赤井在谈话中提到了一个表面坚强的女孩，并偷偷流泪(应该是指他的女朋友，VOL58中提到的女朋友就是)。此外，柯南还得知了兰和赤井的会面。
漫画Vol VOL37F8~VOL38F1+0和电视309 ~ 311接触黑暗组织。
柯南通过半仓的日记得知了黑暗组织的行踪，并试图冒充半仓和伏特加酒的接头，但被琴酒识破，未果。最后柯南和艾离开的时候被赤井“碰巧”看到，好像艾对这件事有所感觉。另外，板仓的日记中提到，黑暗组织的庞大计划甚至影响了人类的未来。
漫画vol 39f6 ~ 8，TV329金钱买不到的友谊。
剧情本身与主线无关，但在开头，阿笠博士提到了艾的父亲宫野厚司是著名的疯狂科学家，而他的母亲艾琳娜是英国留学生，黑暗集团可能在从事一项起死回生的计划。
漫画VOL41F4~6 ~ 6，电视335 ~ 336杜东发展学院的秘密
少年侦探队遇到一起命案，柯南帮忙解决。值得注意的是，柯南和艾在整个故事中都觉得自己被跟踪，但跟踪者最终被迫放弃。(最后，赤井秀一的出现表明跟踪他们的人是美国联邦调查局。由于艾与照片中的人物相似，美国联邦调查局人猜测她是贝尔摩的目标。此外，赤井最后还对艾的照片说“太像了”，暗示他和艾以前就认识。
漫画VOL41F7~9 ~ 9，电视338 ~ 339 4保时捷。
艾感冒发烧了。博士和柯南送他去了医院，却被停车场的一桩命案挡住了去路。后来，他遇到了兰，花园和朱迪在购物，和，谁发现了他们的行踪，跟着他。最后柯南破案了，但医生借了朱迪的车送艾回家，找了新医生给艾看病。在故事的最后，贝尔摩烧掉了哀悼的照片，说:“你准备好了吗？我找到了，我去找你”(艾完全暴露了，贝尔摩和美国联邦调查局都知道她的地址，贝尔摩还在医生家里装了窃听器)。
漫画Vol 41f 10 ~ Vol 42f 1，TV340~341+0厕所里隐藏的秘密。
医生带着柯南和艾去拜访艾父亲生前的好朋友，设计师出岛试图多了解艾的父亲。当然，设计院必然还会有另一桩命案。柯南破案的时候，还找到了艾的姐姐设法藏在设计院，艾的妈妈留给艾的那盘磁带。(在故事的最后，贝尔摩叫来了组织成员“卡尔瓦多斯省”(即苹果酒)帮忙，正在策划一项行动。)
漫画vol 42f2 ~ 4，电视343 ~ 344便利店陷阱
朱迪辞去了迪丹高中的老师职务(显然她会做些什么)，但当兰和花园去朱迪家聚会时，兰意外地发现了镜子后面的照片。
漫画Vol 42 F 5 ~ 10，TV345和黑组织面对满月之夜的双重神秘。
贝尔摩策划了鬼船派对，邀请了小五郎、新一和伏特加，试图分散柯南的注意力，暗杀艾。朱迪得知了这个计划，先带走了艾，并试图将贝尔摩引入陷阱，但贝尔摩已经知道了这个陷阱，并做了安排。另一方面，柯南邀请服部哲装扮成自己，并在母亲广子的帮助下化妆成服丧，试图与黑人组织取得联系。但艾不放心柯南去，偷了柯南的追踪眼镜跟着他。最后，兰躲在朱迪汽车的后备箱里，因为她想知道朱迪的真实身份...真的很复杂，期间各种势力相互冲突，各种秘密相继被揭露。情况变化了几次，具体情况这里就不细说了。最终，贝尔摩逃脱了阿凯的追捕，又一次放过了柯南，并把柯南和艾藏在琴酒里，但朱蒂设法骗过了仍然一无所知的兰...朱蒂邀请艾加入美国联邦调查局的证人保护计划，但艾拒绝了。
斯特拉迪瓦里小提琴在漫画第46卷f 2 ~ 6和电视385 ~ 387中的不协和音
柯南虽然让味美思逃脱了，但他凭记忆录下了味美思给“那个人”(组织最高层)发短信时所拨电话按键的音调。后来才知道，这个调调是歌曲《七只乌鸦》(或译为《七个孩子》)的旋律。柯南想通过旋律找到“那个人”的号码，从而找到那个黑组织——“那个人”的老大——但又难过地说，这个号码像潘多拉魔盒一样打不开。
漫画vol 48 f 9 ~ vol 49 f 4，TV425黑冲击！黑组织魔爪伸出的那一刻
后来，在一个偶然的场合，毛利人接受了冲野洋子的邀请，参加了一个电视节目。后来，洋子小姐带来了著名节目主持人水无怜奈，水屋请毛利调查这起疑似恶作剧。解决事件后，柯南的带有追踪器和窃听器的口香糖误粘在了水底。柯南还听到了“七只乌鸦”的旋律，然后听到了水无怜奈和金的对话，得知水无怜奈是黑人组织Kir的成员，而这个黑人组织即将暗杀某人。与此同时，黑人组织中出现了两个新人物——基安蒂酒和科恩，两人都是狙击手。柯南阻止了第一次暗杀后，基尔(基尔酒)用特殊的方式对柯南的话进行了测谎仪测试，为后来水武的真实身份做了铺垫，而基尔在被美国联邦调查局追击的过程中出了车祸，不省人事，被美国联邦调查局暗中保护。这时Gin发现了粘在Kir鞋底的口香糖，断定这一切都是毛利小五郎造成的。征得“那个人”的同意，金决定暗杀毛利小五郎。然而，提前埋伏在附近高楼里的赤井秀一用狙击枪射穿了金的狙击瞄准镜，黑组织打算彻底破产。让Gin的怀疑目标从毛利人Kogoro转移到美国联邦调查局。最后，苦艾酒因为太偏袒毛利小五郎而被琴酒怀疑，琴酒也表示不完全相信小五郎是无辜的。
漫画Vol 49F8 ~ 10和电视429 ~ 430不能回。
因车祸被美国联邦调查局逮捕的基尔被送往医院接受秘密治疗，但他仍然昏迷不醒。在此期间，小兰的班级转向了一个名叫唐本·英优的男孩，他有一双像水无怜奈一样的眼睛。我们学校的颖佑看起来是个笨手笨脚的人，但其实他接近毛利小武郎是另有目的。柯南怀疑英宇是黑人组织的成员。
漫画卷53 F 7 ~卷54 F 2，电视462 ~ 465黑暗组织的阴影。
有一天，本堂说在一个个人主页的站长日记中，发现了一个类似于夏洛克·福尔摩斯小说《红发联盟》中的事件。日记上说这是一份报酬很高的工作。柯南等人认为这部作品疑点重重，决定去放垃圾的地方一探究竟。垃圾场附近发生了枪击事件。警方认为抢劫的目的很明确。然而，受害者的儿子透特(Thoth)说，他被杀是因为他的母亲说出了交通事故的真相，透特是水无怜奈交通事故的目击者。另一方面，Gin似乎也在暗示Kir与这个姓氏有着特殊的关系。
漫画VOL54F8
柯南来到大阪和服部平次等人玩，让服部哲打听水无怜奈，因为柯南发现了和水无怜奈相似的人的照片，并出现在大阪。
漫画vol 56f7 ~ 9和电视484 ~ 485黑照的去向。
不久，平治打电话给柯南，告诉他找到了一些消息。大阪有人认识瀛友，因为瀛友小时候曾经和父亲一起去大阪的拉面屋吃拉面，但是经理已经去世了。于是柯南、阿笠博士和海原爱决定去住在东京、认识拉面经理的模特爱好者西君的家里看看，无意间看到了颖佑拍的照片，在照片里看到了颖佑的父亲，得知颖佑的父亲经常和穿着黑色西装的外国人打交道，在公司上班...
漫画vol56f11 ~ vol57f4
兰和去医院看望初中同学，遇到了正在打听姐姐消息的应友。她发现，英佑姐姐的照片和水舞年轻时的照片很像。为了搞清楚这个人是不是水武，兰找到了水武的超级粉丝，看了水武早期的视频，得知水武的血型是AB，但是颖友说她姐姐的血型是O，这让柯南明白了水武和颖友的姐姐不是同一个人。为了证明自己的血型，英优带着毛利等人来到了母亲曾经服役的房子。看过母婴保健手册的柯南等人确定了嬴优真的不是水无怜奈的弟弟，但是柯南发现嬴优的胸前有一个奇怪的伤疤...
漫画vol57f9 ~ vol58f1
兰说，英友在医院打听姐姐消息时，遇到了一个疑似父亲同事的人。柯南害怕组织的人来水屋所在的医院，于是他去了美国联邦调查局和水屋所在的医院，把情况通知了美国联邦调查局。在柯南的帮助下，美国联邦调查局找到了黑人组织成员南天，但在逃跑过程中自杀。与此同时，Gin等人也知道水屋在医院，正在去医院的路上...
漫画第58卷f 2 ~ 7
柯南从朱迪老师等人那里了解到了赤井悲惨的过去。另一方面，瀛友潜入没有水的病榻，想要知道真相，却被柯南和赤井阻止。原来水武的确是莹莹的妹妹。莹莹曾患白血病，用了别人的造血干细胞，接受了骨髓移植，在不知情的情况下改变了自己的血型。英佑得知姐姐和爸爸都是中情局特工后，赤井和柯南派人把英佑带走了。父亲惨死的故事再次被提起，和水没有约定。决定让沃特以基尔的身份回到该组织，为中情局和美国联邦调查局提供线索，但中情局的工作需要优先处理。赤井同意后一切照旧。这个时候别人还不知道这个计划。该组织终于开始行动，在医院附近接连造成三起事故，使得需要就医的人数增加，大量病人涌向美国联邦调查局所在的医院。与此同时，詹姆斯收到了一盆装有塑料定时炸弹的鲜花。特工卡梅尔和朱迪决定把塑料炸弹拿到空地上引爆，然后离开医院。然而，越来越多的鲜花和礼物被送到了医院。由于担心是炸弹，美国联邦调查局下令所有特工一起回收礼物，但水无怜奈接受了沃德电视台的采访。美国联邦调查局大为吃惊，赶到水屋所在的病房一探究竟，不料却落入了组织的计划。事实上，礼物不是炸弹，而是定位仪器。很多定位仪器同时在同一个房间，Gin等人已经完全掌握了水屋的位置...赤井决定用事先安排好的计划把水屋送回黑组织。经过周密部署，决定由卡梅尔开车护送水屋。经过深思熟虑，Gin终于找到了水屋。其实我是被赤井骗了！而卡梅尔则表演了一场赛车失败，掉下悬崖后丧命的场景，安全脱身。事后，赤井和柯南把一切都告诉了大家。
漫画vol58f8 ~ vol59f1
水没拿走后，杜松子酒和“那个人”起了疑心。为了证明Kir的忠诚，决定给她一个任务，要求马上完成。这个任务是杀死赤井秀一！Gin和其他人会通过无线电和针孔摄像头监视她的行动。阿凯接到水屋的电话，带着信任赶到了接头地点。果然不出所料，和她约好的水武举起枪朝阿凯的右肺开了一枪，并在琴酒的要求下爆了阿凯的头，最后炸掉了阿凯的车...朱迪看到汽车被炸毁的新闻，绝望地去警察局对比柯南手机上附着的指纹和阿凯没有被炸毁的手指纹，但得到“指纹匹配”的认证，她很失望...柯南拿回手机时，发现手机的序列号和条形码都变了..
漫画vol59f11 ~ vol60f2
为了保护英宇，美国联邦调查局决定对英宇实施证人保护计划。像足原一样，英宇拒绝保护，但美国联邦调查局仍然不得不秘密保护英宇。有一天放学后，柯南、兰、元子和颖友决定去KTV唱歌。柯南发现有人在跟踪他们。柯南以为美国联邦调查局保护了颖佑，没想到，在KTV里，跟着颖佑的人被杀了...经过柯南的分析推理，死者其实是一名诱拐者。事件解决后，嬴优和柯南独自走了。瀛友说要离开日本去美国，通过主动向兰表白，得到了柯南的真实身份。
漫画卷60f3 ~ F5
柯南和美国联邦调查局从水舞那里得知，组织的新成员波旁出现了。就在这个时候，少年侦探队接到一个同学的委托，调查他家一个行为怪异的房客。第二天，少年侦探队来到医生家附近的公寓，但公寓发生了火灾。警方立即对三名嫌疑人展开调查，而艾则摸清楚了他们有组织的同伴...此事告破后，犯罪嫌疑人中一名叫的研究生通过少年侦探队认识了这位医生，并提出了合住一室的想法，但艾不同意。这时，柯南提出让冲矢昴住在他家里！
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目前流行的观点是冲矢昴是赤井秀一，而水不杀身双生。有一次小兰和圆圆去新房打扫卫生，他们把崇雅当成了小偷，引起了一些误会。后来崇亚和心怡(柯南用的是手机)进行了一场推理大赛，解决了纸飞机事件。崇亚还帮助解决了静电杀人和角岩杀人。在此期间，艾经常感觉到有组织成员的存在，这让这个人物显得非常神秘。最近的话，朱迪遇到了一个受伤的人，长得像赤井，好像脑子有问题。这个人还在一次银行抢劫中救了柯南一命。这让阿凯的行踪越来越不可捉摸。