楼主看过很多动漫，这个就不太好推荐了啊~
很火的那种，像EVA海贼火影银魂这些，还有这两年来的新番什么的，我就没有说的必要了，喜欢的前面几楼也提到了很多，数数也是近年来的动漫看得比较多，可能楼主有些看过，就当做个交流好了
1、《monster》，强烈推荐！！！这个是比较早的一部作品了，不知道楼主看过没，好像还是九几年的东西了，但是剧情相当相当棒，它是我看完之后感触最多思考最多的动漫。故事以悬疑杀人、医疗伦理、医院内的权力斗争、父母和兄弟姐妹之间的爱、人类之间的爱、东西冷战结构、柏林墙倒塌前后社会等为主题。
2、《钢之炼金术师》03年版，这个是相当有名了，荒川大婶的爱德华是深入人心了，虽然03版的后面都是原创了，但是比起09重制版的要更让我感动啊~我想楼主应该看过，不过太爱这动漫了，在这里也不得不提，当然小畑健的《棋魂》也是。
3、《大剑》也是相当喜欢的一部动画，楼主应该也知道，不过一直没有等到第二季呢。。。
4、《怪化猫》07年的，根据06年《怪~ayakashi~》最后一个故事化猫而来的续，由几个怪谈故事组成，比较诡异，风格也很特别，相当喜欢。
5、《blood+》中文译名《血战》，05年的，吸血鬼战斗题材的，高中的时候看的，现在都不太记得剧情了，但是还是很好看的
6、《十二国记》，这个也是很受欢迎的吧，前面也有很多人提，可是可是我要怨念一下，为什么它就不做完呢，巨坑！！
7、《彼氏彼女》，也挺早了，青春校园的感情故事，剧情不错，楼主若是没看过又不排斥这类的可以试试，漫画也有画校园之后的故事。还有楼上也提到了些其他的，我们的存在，恋爱情结，龙虎斗，电影少女等等。顺提一句，我后宫看得不多，所以没法推荐。。。
8、《玲音》（Serial Experiments Lain）是一部试验性动画，98年的了，讲述了一个身处日本的14岁女孩岩仓玲音，以及如何受父亲影响，接触，进而发现了“连线”（Wired，一个国际性计算机网络）之中隐藏的巨大秘密，和自己的神秘身世的故事。（这个我最近才下下来，还在观看中，据说不错，画质超好）
9、《秘密》，警察利用科学技术对死后的大脑进行图像再现来侦察案件这样的故事，还行
10、《巷说百物语》、《魍魉之匣》都是京极夏彦的，算是怪谈类的吧，巷说百物语比较早了
上面挑的大多都是前面提得不多的我看过也觉得还不错的动漫，下面是我搜的前几年看着还不错准备去看的，若楼主有看过，不妨也帮我评价评价，多谢
11、《狼雨》，03年的，之前因为看到评价不错，先听了动画的OST，觉得很不错
12、《御伽草子》
13、《砂和尚》
14、《幻影死神》，98年，评价不错，据说好片
15、《命运石之门》
16、《此时此刻的我》
17、《人间交叉点》
顺便这里推两个国产
《罗小黑战记》MTJJ做的，11年出的短片，目前有三集，还在连载中，蛮有意思的
《小米的森林》娃娃鱼做的，虽然做得比较粗糙，不过也不是没看头
两个团队都不错，支持支持~