也就是对应的动画是电视7“每个月一个礼物威胁事件”
柯南在小川奈那先生的食指前端看到类似的线状痕迹，推断他是外科医生，这让小兰想起了新一(《过山车谋杀案》中的表演)，然后近距离观察柯南，再套柯南的话。
柯南让阿笠博士用变声器模拟新一给小兰打电话的声音。柯南同时在小兰家，让小兰以为柯南和新一是两个人。
2.Vol.4 File.6倒计时十秒~ ~File.7意外藏宝图(总档36和37)。
也就是电视5《新干线列车爆炸》
为了阻止火车爆炸，柯南想告诉小兰真相。柯南被小兰质疑后，辩称自己是蒙面超人。(电视版改了，最后侦探组闹了个笑话才解围。)
3.Vol.14 File.1《照片为证》~ ~File.4《彩叶中的疑问》(总档. 131 ~ 134 0 ~ 134)。
也就是电视96《一个绝望的侦探！连续两起杀人事件”
柯南睡觉的时候，小兰摘下了眼睛，让小兰觉得很熟悉。同时，小兰发现了一张信义和魔术师九十九元康10年前的合影，让小兰确信柯南就是信义，减少的原因是吃了医生发明的怪药。
当小兰把柯南引到一个新的门下，逼他坦白时，心怡的妈妈(尤)出现了，尤帮柯南撒谎，说柯南是他的亲人，这才让小兰信服。最后有一句习字的话:“那时候，姑娘笑得有点诡异。”，优秀的“看不起女人的人会吃亏！”话，暗示小兰其实并不相信柯南新一。
4.Vol.21 File.4《最初的问候》(总File.204)
也就是电视162《工藤新一在飞屋环游记中的最初事件》。
柯南一上飞机就睡着了。小兰替他摘下眼镜，看着柯南的脸笑了。他回忆起一年前和新怡一起坐飞机时发生的案子，这也是新怡独立解决的第一个案子。
这个细节隐藏的很深。仔细品味的话，小兰已经怀疑(或者确认)柯南的身份了，看到柯南的脸，自然会回想起新的自己。(动画版中没有出现这个场景)
Vol.23 File.8《这就是真相》(total File.229)
也就是电视174《二十年杀出新富尼》。
小兰从相处中渐渐发现柯南就是新一，她当时在甲板上说的话:“别丢下我……”就能体现出来。(这个画面在动画里被淡化了，但后来经常回忆。)
Vol.25 File.1“不合群？”(总档案. 243)
也就是TV 172《复活的死亡讯息(上)》
小兰和园方问柯南会不会滑冰的时候，柯南假装摔倒了，但小兰觉得是装的。案发时，柯南听到花园里的尖叫声，迅速溜到案发现场。看着柯南的滑冰，兰又犯难了。
Vol.25，File.9，伤侦总队和File.11，自信。
Vol.26 File.1失落的心~ file.5休息一下(总档. 251~260 ~ 260)
也就是TV 188 ~ 193《危名复活》系列★
小兰基本上发现柯南就是新一。所以我不想和柯南一起洗澡，而且我知道柯南和自己血型一样。芦原制作解药，假扮柯南，让“柯南”和新一同时出现，打消了小兰的顾虑。
(这次跨度比较长，包括怀疑、怀疑加深、基本确认、怀疑消除的全过程。)
5.第46卷File.11“可疑邮件”
Vol.47 File.1存疑推理~ ~File.4解锁(总档479 ~ 483)。
也就是电视398~399《妙家的嘱托》
电视400《疑小兰》
兰给新一发了一条短信，但柯南的手机却在这时响起。看着柯南一系列慌张的表情，兰再次怀疑柯南就是新一。
之前柯南像自己一样借了医生的手机，换了手机链，让兰研究医生的手机，然后用心怡的手机给兰打电话(播放录音)，同时让柯南出现在小兰面前，这才解开了兰的疑惑。
6.M 3《世纪末的魔术师》
因为柯南说他的生日是5月4日，这让兰想起了新一的生日也是5月4日。柯南在山洞里救兰的时候，兰又感觉到了新一，于是怀疑他就是新一。
当小兰哭着对柯南说“你是新一”，柯南准备告诉她真相的时候，基德以新一的身份出现，宽慰柯南。
7.其余未确定的疑问:
Vol.66 File.8《夺权大战》(总档. 693)
也就是电视573《尴尬护身符的下落(第一部)》
小兰怀疑新一曾经摸过平治的护身符，但应该是柯南。虽然平治向叶借了新一，但小兰惊讶地笑了笑，并对叶的解释感到怀疑。
小兰已经在潜意识里形成了柯南会找线索和犯人的印象。感觉小兰已经开始怀疑柯南的真实身份了。(可能是在为以后的剧情做铺垫)
M 15《沉默的15分钟》的剧情不用我多说。或许这也是一个伏笔，但由于剧场版基本独立于原著，小兰不太可能发现。
另外，在最新的漫画File.794《遗传信息》中，小兰说:“DNA鉴定很厉害！以前只能用唾液检验出血型，现在一下子就能知道是不是我！那就算是乔装打扮欺骗大家眼睛的人也会立马暴露！”最后一句小兰看着柯南说的，柯南变成了豆眼，所以很多人认为这句话很可能是小兰开始怀疑柯南身份的暗示。
你说的《暴命复活》系列中小兰为什么会怀疑柯南的身份，应该和之前的系列有关，而且发现小兰之前其实也有怀疑的迹象。
P.S .第345集，小兰因为怀疑朱迪的身份，躲在了自己车的后备箱里。没有一集是她怀疑柯南的。