背景:随着调查的深入，黑暗组织逐渐浮出水面。工藤优作要求国际刑警组织介入，因为他发现这个组织非常庞大。在日本警方和柯南的帮助下，活动几次被制止，黑暗集团决定报复。
黑暗集团伏击了阿笠博士的家，抓住了少年侦探队，并留下了一个暗示，工藤新一必须独自前往救援。
在黑暗组织的总部，Gin发现了Ai的真实身份，并用少年侦探队的生命威胁他，要他做出缩小药的解药。深思熟虑的莫宁在一天之内制作了解药和假死丸，并巧妙地将胖子的毒药变成了假死丸。Gin拿到解药后真的命令胖子杀了Ali和少年侦探队。......
柯南很快揭开了暗示的奥秘，赶到黑暗组织的总部，一切都被小兰看到了。在小兰的要求下，小五郎和警察对这个建议感到困惑，小五郎在睡梦中受到启发，解开了谜题。
黑暗的总部里，老板狗出现了，原来是日本内阁大臣。大狗揭露了黑暗组织的秘密:裕仁天皇临终时留下了一本血书，上面写着黑暗。
内阁认为建立黑暗组织是皇帝的遗愿。所以黑暗组织一直得到政府支持，立场坚定。几十年过去了，组织还是无法真正揭开那本血书的意义。
Gin给了Ai解药，让胖子放了Ai。我哀悼那个做了我大哥的事的胖子，突然琴酒被击落了。真正的杜松子酒出现了，在基德假扮他之前暴露了他。
这时大狗说基德的父亲其实是该组织的特工，从事盗窃，后来因为该组织的行为冒犯了外国而被迫杀了他。
克里斯(女教师)告诉柯南这是新一的秘密，并给了柯南一本血书，要求他揭开血书的神秘面纱，减少解药的诱惑。柯南解开血书之谜的，竟然是天皇生前写下的忏悔，以及对日本未来的担忧。大狗立刻呆在了原地。......
小兰赶到现场，遇到琴酒要求柯南留下遗言。柯南告诉小兰真相并坦白后，金开枪，小兰替柯南挡子弹。艾对此感到震惊。......
柯南终于在关键时刻用麻醉枪射死了琴酒，艾和胖子在搏斗中一起摔倒在楼下。
对药物有很强抵抗力的Gin，竟然在射杀大狗后醒来，试图杀死柯南。非常欣赏coolguy的Cris停了下来，两人都受了重伤。
工藤优作、高五郎、蒋木木等人赶到，高五郎与该组织的爪牙作战，十分英勇。
在众人的围追堵截下，金在揭露了自己的野心和自己是皇帝和美国女政治家吉诺私生子的秘密后自杀。克里斯此时称自己是美国安插在该组织的间谍。原来美国也想控制该组织。
基德走后，大家赶紧把兰和艾送到医院，惊奇地发现艾又变回了小孩子。
黑暗组织被查出来了，解药只剩一个了。艾被诊断为脑震荡，醒来后只记得每个人的名字，其他都忘了。小兰还在昏迷中。医生说，如果她长期昏迷，可能会变成植物人。服部哲建议柯南变回新人来叫醒兰，柯南只好照办。而柯南在变身的时候被布美看到了。
半夜，步美来到病房，偷偷吻了新一后离开，并与广彦和元夫人约定，为新一保守秘密。
兰在新一的精心照料下终于康复了。
因为这个案子，大家都成了名人，兰很难受。优秀的作品需要新一和小兰去美国读大学。公主回毛利，要小兰去美国。由于毛利的英勇表现，他被重新聘为警察局重案组的负责人。这时候毛利说出了柯南是大一新生故意不说实话的真相。
夕阳下，新一看到艾和少年侦探队玩的很开心就放心了。
到了机场，大家都送辛屹和小兰走了，只有艾偷偷转头对着自己和柯南的照片哭。......