<妖精的旋律>
头部两侧各有类似猫耳的角，被称为二觭人（ディクロニウス）的女性变异人，因为具有毁灭人类的力量，位于日本神奈川县镰仓市外海的离岛上的国立生态研究所，便机密地将这些女孩隔离起来并加以研究。
某日，研究所内发生了重大的意外事故。原本被隔离的二觭人少女-露西，因为不明人士的暗中帮忙，得以突破拘束装置，并分尸了所内23位武装警卫[5]，连研究所室长-藏间的女秘书-如月都惨遭杀害。虽然狙击手以穿甲弹瞄准她的头部开枪，却仅击破其铁头盔；露西虽然头部受伤流血并坠入海中，仍得以幸存并成功逃亡。
事件发生的次日，为了读大学而前往镰仓找亲戚帮忙的青年-耕太，和年幼玩伴的堂妹-由香久别重逢。相偕出游至充满回忆的海滨，碰上了因头部受伤故造成另一个人格取而代之的露西；她只会发出“にゅう”的声音，因此被取名为妮悠（Nyu）。妮悠对于自己是使人类灭亡的存在一事完全无知，耕太和由香两人便决定带到他们居住处的“枫庄”暂时定居下来。
此时，研究所出动了SAT（特殊突击部队）欲猎杀逃走的露西，SAT的队员-坂东在海岸边发现了人格转换的妮悠。原本任务即将成功，却因为妮悠恢复了露西的人格，与坂东同行的队员全数遭杀害，仅存战败后身受重伤（失去右臂与双眼）的坂东一人。誓言对露西复仇的他，借由研究所的科学技术重新复活，后来逃出研究所、脱离SAT并回到镰仓，不择手段地搜寻露西的下落。
隔天，妮悠在清扫走廊时不小心跌倒撞倒头部，受到冲击而在枫庄恢复了露西的人格。当她正打算杀死耕太时，脑中突然浮现一个少年拼死命叫她住手的画面，因此放弃杀掉耕太的念头。其实那个少年就是8年前的耕太。
随后，在研究所同样身为变异人的少女娜娜找上了露西，准备将她带回研究所，两人谈判破裂后展开了战斗。对战的结果，娜娜的双手与双脚惨遭截断而失败，不过她成功将露西的“手”能力暂时封印（在施展“手”的脑部重要器官上给予一些损害）。
到了后来，离家出走的少女真由、被抛弃的小狗汪太，以及本应该被处死但被蔵间室长从研究所放出来的娜娜，大家都因为耕太的接纳而纷纷来到枫庄居住下来。接纳了素昧平生的女孩以及个性温顺的变异人少女，发生在枫庄的奇妙同居生活就这样展开了。
在真由、汪太和娜娜加入枫庄之前，耕太曾因为大学里的角泽教授的一番话所压迫，不得已将妮悠交由角泽教授处理；但耕太无论如何无法接受妮悠被带走的事实，稍后返回大学欲和教授交涉。接着，在地下室的研究室中，耕太和研究助手荒川一起发现角泽教授被惨杀的尸体，并且被荒川交代要当作没遇到这件事情。耕太精神恍惚地离开研究室，而当时妮悠已经不知去向（后来是在神社的台阶处找到妮悠）。
藏间室长帮助娜娜逃离的单独行动被知道后，角泽长官将所有变异人中被称为最强的年幼女孩，其真实身份为藏间室长亲生女儿的真理子给解放，准备出动她对抗露西，并借此做为对藏间室长的背叛行为的惩罚。
耕太在和妮悠、娜娜等变异人少女的相处下，原本封印起来的那段发生在8年前的镰仓的悲惨事件，开始逐渐回忆起来。而极欲捕捉露西的角泽长官，以及欲找露西报复的坂东，这些势力的行动正慢慢地让枫庄原本平稳的生活遭到破坏……
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