自从魔斯拉、翼龙拉顿、三首恶龙基多拉和莫斯拉的战争之后，帝国组织就已经在骷髅岛建立了观察区，大部分资料也对外开放；这个时候，金刚已经长大了。新技术公司APEX用材料尝试了一个大胆的日常任务来解决Mosla，但是这个日常任务的风险是和危机相适应的。
众所周知，摩斯拉通过磁力感应到了APEX的机械设备这个远古巨兽，并逐渐向人发起了攻击。APEX看到了用金刚寻找内心世界以获得更多电能的决定。
一心只想回到真园的金刚和他的守护者们，踏上了艰难的旅程。
和他们一起的，还有一个年轻的孤女——姬雅，她和金刚有着独特而强烈的亲密关系。
但没想到的是，他们与狂怒的摩斯拉在前进的河流上狭路相逢，隐藏在地核深处的秘密就这样被解开了。