烧瓶中的小人被彻底打败，被送回了门里。
爱德华为了救艾尔发动了人体炼成，在门里和真理瞎扯了一下，真理就莫名其妙地说他赢了，让他把一切东西都带回去，代价是爱德华再也用不了炼金术了。爱德华于是带着艾尔回来了，但是作为惩罚，仍然保留着机械铠的脚。
于是最后的大战胜利了，新国众人回国去了，林当上了皇帝。爱德华和艾尔回到家乡。大佐的眼睛被马尔哥医生的贤者之石治好了，升职为准将，去了东方司令部，实行新的伊修巴尔政策，大总统的位置则由古拉曼中将当了。阿姆斯特朗少将回到了布利谷兹继续当北方女王，斯卡成为了他的手下。大总统夫人收养了爱德华救回的塞里姆，貌似这个屁孩现在成长得不错。
最后两兄弟决定分头想东方和西方出发，学习更多的炼金术。艾尔和青蛙豪猪两位大叔去了新国（估计是去找小梅去了-_-|||）,爱德华则一个人去西方学习，临走前爱德华很囧地向温莉表白，然后两人抱抱，全剧终……
从最后漫画的几张照片看来，大家的情况都过得不错。梅长大后貌似真和艾尔一起了……