第四季第一集第一次发生在四年后。起初，深棕色头发的克莱尔和脸上有伤疤的彼得·佩里对峙。彼得即将回到过去——为了不让内森泄露超人的秘密，他打算亲手射杀自己的哥哥——克莱尔不顾一切地阻止了他。然而，拥有更好技能的彼得回到了现在...于是，第二季结尾的那一幕发生了。但是内森没有死。他复活了，做了一个梦。在梦里，他发现自己是一个天使...马特发现了真相，彼得为了避免更多的麻烦，用自己的超能力把马特送到了撒哈拉沙漠的中部。
后来，林德曼复活了。未来的安藤和苏雷什·莫欣德现在都拥有超能力。其中苏雷什的超能力是最变态的！他的血清可以让任何人拥有新的力量-就像4400一样！他给自己的超能力是:超强。尼基以一个新的身份重新出现在公众面前——一名政府高官的情妇——她发现了赛雷“脑残术”的秘密...
第1集除了带给观众很多惊喜和震撼，也为整个第三季做了铺垫。希罗继承了父亲的山形公司，成为公司的CEO。一天，弘从他死去的父亲那里得到了一条重要的信息，警告他有一个公式可能会毁灭世界。弘的父亲在他的保险箱里藏了一半的配方。如果有人发现并最终合成了这种病毒，将会导致无法估量的后果。当希罗打开保险柜准备转移配方时，一个叫达芙妮的女人突然出现，偷走了配方——这个新的超人拥有不可思议的超级速度。弘来到未来，却发现未来的安藤正在用闪电攻击未来的弘。
与此同时，赛雷来到一个满是重罪犯(包括诺亚·贝内特)的监狱，准备窃取那些超人的超能力。在此之前，赛雷做了一件“伟大的事情”——他杀死了克莱尔，剖开了克莱尔的大脑，吸收了克莱尔的自愈能力。当然，克莱尔又活过来了。
此外，一个被公认为“已死”的角色将在这一季回归。
《英雄》第三季纯粹是为了该剧的铁杆观众，又回到了第一季的漫画风格(也许蒂姆·克林和指控他抄袭的那对夫妇达成了法律和解，可以继续使用他们的创意？)。
《英雄》第三季将于9月22日首播，档期为每周一晚。