六道仙人创造了忍术。并用地爆天星将十尾封印在了自己身上，而十尾实体被封印而形成月亮。在他要死之前，他将十尾的查克拉一分为九（九之尾兽来历）以减少对世界的危害。
很多年前，世界一片混乱，人们渴望和平，在初代火影的努力下，宇智波斑于初代***同建立了木叶村。初代将尾兽分送给了各村子维持了力量均衡。世界秩序初步建立。
宇智波斑不甘火影之位失之交臂发动战争，与初代最终决战终结谷失败后玩潜伏。（大家都以为他死了）
16年前（火影世界的时间），斑操纵九尾袭击木叶被四代阻止，四代还用生命为代价把九尾封印在了他儿子鸣人身上。
过了几年宇智波一族想要玩政变，他们派进木叶高层的宇智波鼬为了和平将情报告诉了木叶高层，做了双重间谍。三代火影一票抵不过多票。少数服从多数，于是木叶高层下达抹杀令。有宇智波鼬抹杀宇智波全族。鼬在一月白风高的晚上屠杀了全族人，唯独对自己亲爱的弟弟佐助下不了手。其后假装叛逃木叶，加入斑所操控的组织—晓，实则监视晓的行动。
鸣人在大家的憎恶中一点点长大，小学毕业（忍着学校）后跟春野樱和宇智波佐助分在第七班执行任务。带领老师是四代的弟子旗木卡卡西。
在执行波之国任务后，进入中忍考试。
鸣人那个年级的人都露了脸，在一个月的休整期间卡卡西教会了佐助千鸟。鸣人巧遇自来也（四代的老师，三代的徒弟。忍者三忍之一，另两个一是纲手，一是大蛇丸（已叛离木叶），三人都是三代的徒弟。）。自来也让漩涡鸣人与青蛙一族缔结契约，并教会鸣人通灵之术。谁知中忍考试是大蛇丸于砂之国联合灭木叶的阴谋。大蛇丸又杀了四代风影并假扮风影袭击了木叶。三代火影在与大蛇丸的决斗中战亡。鸣人用通灵之术与同为人柱力的我爱罗（砂之国忍者）战斗。其后木叶赢得战斗的胜利。
战后自来也拒绝了当火影的要求并与鸣人一同出去寻找同为三忍之一的纲手回来当火影。途中晓组织的鼬与鬼姣前来捉拿鸣人（实质是鼬怕佐助失去三代保护而被抹杀，特地回来警告木叶高层的），鼬用月度（一种强力幻术）秒伤了卡卡西，并秒了佐助(鼬一直在扮演恶角色以是佐助为杀他而变强)。当然捕捉鸣人失败。自来也找到了纲手，恰好大蛇丸也在请纲手治疗在与三代战斗中废掉的双手。经过艰难抉择后，自来也与纲手***同迎战大蛇丸，期间鸣人也学会了螺旋丸，大战之后纲手回村当火影。
佐助被纲手治疗后为力量太弱而怨恨，恰好大蛇丸向他招手，于是佐助背叛木叶投向大蛇丸的怀抱。木叶紧急派出鸣人一行追赶佐助，砂之国亦派出我爱罗三人组帮助鸣人一行（砂之国已经与木叶重归于好）最终仍然是失败，鸣人在终结谷与佐助决斗失败。佐助走入大蛇丸怀抱。（大蛇丸想夺取佐助身体获得宇智波一族的血继限界—写轮眼。由于鸣人等人阻拦，佐助去得晚，大蛇丸的伤令他的转生仪式必须立刻进行而不得不找另外的身体。转生仪式三年才能用一次），大蛇丸便只有让佐助变强三年后再夺取他的身体。
鸣人一行回来后鸣人为了变强也就跟随自来也修行。
（至此，第一部结束）
三年后鸣人学成归来。同此时，晓组织的赤砂之蝎（砂之国叛忍）和迪达拉前往砂之国捕捉已经是风影的一尾人柱力—我爱罗，迪达拉以牺牲一直手臂的代价捕捉我爱罗成功。鸣人、小樱、卡卡西、千代婆婆（赤砂之蝎的婆婆）前往追赶迪达拉两人营救我爱罗。在晓封印我爱罗后卡卡西班及后来赶到的阿凯班赶到。在赤砂之蝎放水的情况下千代婆婆和小樱杀掉赤砂之蝎。卡卡西用万花镜写轮眼毁掉迪达拉另一只手，迪达拉用粘土分身自爆骗过卡卡西一行。战斗结束，我爱罗死亡，千代婆婆用转生之术使我爱罗复活，千代死亡。
根据赤砂之蝎的死前奖励（情报），鸣人小樱及卡卡西班新进成员佐井和大和队长前往天地桥追寻大蛇丸。在天地桥鸣人爆四条尾巴与大蛇丸战斗，其后大蛇丸离开。大和队长消除鸣人爆尾后继续追赶大蛇丸，来到大蛇丸基地并与佐助见面。佐助欲秒杀鸣人被大蛇丸制止，随后又逃离。
晓组织的角度和飞段秒杀了火之寺前守护忍十二士的成员之一以卖尸体赚钱。木叶村的阿斯玛班（阿斯玛、井野、鹿丸、丁次）及跑龙套的几个班前往追击角度二人。 （阿斯玛也是守护忍十二士成员之一，专门守护大名/类似皇帝身份）
阿斯玛不幸战死，由卡卡西、鹿丸、丁次、井野先行继续追击角度两人。鸣人修行螺旋丸手里剑成功，同小樱、佐井、大和队长前来援助。鹿丸用超达200以上的智商将飞段（永远打不死的人）永久封在鹿家的森林（只有鹿丸一族才能进去）。鸣人用螺旋丸手里剑杀掉角度。
这边，大蛇丸到了夺取佐助身体的时侯了，但由于佐助这三年的变强，佐助用写轮眼的力量反而在大蛇丸的结界里吞噬掉大蛇丸。佐助杀掉大蛇丸后组织大蛇丸的精英重吾、香磷、水月建立名为蛇的组织，目标杀掉宇智波鼬。木叶得知佐助杀掉大蛇丸，做出相应对策，派鸣人等八人追击宇智波鼬，寻找佐助。晓这方面，迪达拉双手此前被角度修好，与新进成员阿飞（真实面目是宇智波斑）组成一队。迪达拉遭遇佐助，两人发生激战，最终迪达拉自爆，半径十公里的威力却被佐助巧妙躲过，佐助胜利。其中阿飞并未帮其中任何一方，仍以一个垃圾的身份搞怪。
佐助与鼬决战，鼬在战前悄悄与鸣人做了一个简短交谈并分与鸣人部分力量（这力量是什么至今是秘密，尚未揭晓）。在鼬的放水下佐助赢得胜利，鼬战亡。鸣人一行被阿飞截住，战后阿飞带走佐助与鼬的尸体，鸣人一行再次任务失败。佐助在斑的告知下得知鼬的真相大哭不已，发誓血洗木叶村。由此，佐助改组织名蛇为鹰，并与晓联盟。
鸣人的师傅自来也探得晓的老大（名义上的，斑是暗箱操作）所在地—雨影村，悲壮的与纲手道别后前往。发现晓的老大竟是自己在年轻时收的三个徒弟之一，他拥有轮回眼（六道仙人也是），自来也早年以为他们死了，没想到竟还活着。在激励战斗中，自来也英勇战死。
鸣人则被青蛙一族的长老带到妙木山修炼自来也修行过的仙术。
(我不玩了。花费我几天时间，浪费我几个小时上网时间纯手工制作这么多字来赚40百度分，浪费生命啊。后面的内容自己看漫画吧！我写的这篇小说我也不润色了。节约生命！！！)