这个说法挺多的。
一种说法是冲田是被仍在近藤家外的弃婴，被近藤好心捡回家，那感情自然是不一般，不过这种说法只能算传说，最近的资料上没怎么提到了，漫画《风火英雄》就是用的这个背景。
比较主流的一种说法是，冲田父亲死得早，只有母亲和两个姐姐，家穷得不行把他送到近藤家的道场当小厮（中间牵线的应该是源桑，冲田的姐姐光，大河剧翻作美津吧，她老公林太郎就是源桑的表亲），后来被开发出了剑术天才，成为近藤周作的徒弟，近藤勇作为近藤周助的养子，对冲田相当于同门师兄弟和照顾弟弟的大哥这种角色，近藤又是个好哥哥（像土方这种哥哥肯定是整天痛扁弟弟），等冲田长大了就成了近藤道场的食客，食客嘛当然就住在主人家了。
漫画《光之风》就是采用这种背景，看近藤师父那是把冲田收得服服帖帖的。
第三种说法，近藤周作本来也是农民，勇也是农民，冲田家虽是武士，却比农民还穷，三家都在多摩一带。周作和冲田家似乎结着怎样一层亲戚关系，以致之后周作收了冲田光（注意，是总司他姐姐）为养女，把他们姐弟接到道场里来住，勇和总司就透过这层关系成了同一屋檐下的师兄弟兼兄弟，但说道身份还是只能算食客（收的养子又不是他）。
大河剧《新选组》应该是用了这个背景吧。
不论如何，在各种小说漫画版本里，冲田总司都是一个对幕末时局和权力争斗兴趣缺缺的人，他一心成为伟大的剑客，成为一把为了近藤可以斩杀一切的利剑，追随近藤至死。至少可以得出，冲田应该是非常喜欢、崇敬近藤勇的。