主线剧情必看：
001云霄飞车杀人事件（组织）
043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048~049外交官杀人事件(平次登场，第一次恢复)
054电玩公司杀人事件（组织）
057，058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)
128黑衣组织10亿元抢劫事件
129来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件（组织）
170，171暗阁中的死角（新出登场）
176，177，178与黑暗组织的再会（组织）
188－－193危命的复活（新一，兰）
226，227格斗游戏的陷阱（朱蒂登场）
230，231谜一样的乘客（赤井登场）
258，259来自芝加哥的男子（詹姆斯登场）
269，270犯罪的纪念品（有提到警察局关于毛利的案卷被偷一事）
271，272紧急隐藏的省略（朱蒂）
277，278英语教师VS关西侦探（朱蒂）
284~285中华街雨中的似曾相识
286，287，288工藤新一NY事件（不用多说了吧）
307，308无声的证据（组织相关，下一集的引子）
309，310，311与黑色组织的接触（组织）
335，336东都显影所的秘密（有神秘人）
338，339 4辆保时捷（朱蒂和贝尔摩德假扮的新出发现哀）
340，341隐藏在厕所里的秘密（更多关于哀父母的消息，找到明美藏起来的录音带）
343，344便利店的陷阱（最后一段是小兰发现朱蒂藏的照片，怀疑朱蒂）
345与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案（不多说了）
346，347寻找P股上的印记（上集案件的扫尾，关于哀拒绝证人保护计划的事）
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不xx音
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间(水无怜奈登场，小五郎受到怀疑，若不是秀一就挂掉了)
429--430无法回到从前的两个人(本堂)
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
466 坚不可摧的雪人（前篇）
467 坚不可摧的雪人（后篇）
484 黑色照片的行踪（前篇）
485 黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 疾呼
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 扰乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 卡拉OK房间的死角（前篇）
508 卡拉OK房间的死角（后篇）
还有些集案件本身没什么，其间就一两句话和组织的事有点关系或者哀的话暗藏玄机
130--131竞技场无差别胁迫事件(故事内容和主线情节无关，但灰原讲的一句话曾让广大柯南迷浮想联翩：“工藤君，也许你自己不知道，其实半个世纪前你就在组织的计划中了”。这究竟是怎么一回事？半个世纪前优作大概都没出生呢！看来只有等青山来解释了。)
222--224招致死亡的人鱼传说（人鱼小岛签名册有宫野志保的名字）
242元太的灾难（好像提到GIN是左撇子)
246--247网中的谜事件（哀和兰握手）
253－-254本厅刑事恋爱物语(本身案件无意义，不表。有两个值得注意的地方是，一是小兰在饭店里看到赤井秀一居然有似曾相识的感觉，二是柯南和新出合力扮演了高木警官，一个出身材和动作，一个出配音。望月以为，有可能就是从这集开始，柯南对新出的身份产生了怀疑。因为他注意到了新出超强的模仿能力。)
279--280迷宫的阴暗（这集哀说了很多话;主线情节只被带到了一点。博士应柯南的要求去克里斯的网站上查过信息。发现她就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。在母亲的葬礼上，面对记者的追问，克里斯曾神秘的回答道：A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN.另外，有希子也出现在了莎隆的葬礼中，但是她的帽檐压的很低，所以美国的网站上显示当时并没有人认出有希子的身份，只是谣传说日本的前人气女明星也出席了葬礼。）
289--290迷惘森林中的光彦（上下集）（有提到哀对组织气味已经不敏感了。和沼渊已一郎是组织一员的事。）
312--313染上夕阳的布偶（哀说了关于夕阳的话）
329-－330金钱买不到的友情(本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。原来他是化学领域非常有名的科学家，被称为“被科学界放逐的疯狂科学家”，待人和气有礼，并且是阿笠博士的旧识。)
平次
048 外交官杀人事件（前篇）
049 外交官杀人事件（后篇）
057 福尔摩斯迷杀人事件（前篇）
058 福尔摩斯迷杀人事件（后篇）
077 名门连续惨死事件（前篇）
078 名门连续惨死事件（后篇）
117 推理小说家失踪事件（后篇）*
118 浪花连续杀人事件（1小时特别篇）
141 结婚前夜的密室事件（前篇）
142 结婚前夜的密室事件（后篇）
166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）
167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）
168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）
174 20年的杀意 新佛尼号连续杀人事件 （2小时特别篇）
189 危命的复活 负伤之下的名侦探 *
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
221 满口谎言的委托人（后篇）*
222 人鱼失踪记（事件篇）
223 人鱼失踪记（推理篇）
224 人鱼失踪记（解决篇）
238 大阪的3个K事件（前篇）
239 大阪的3个K事件（后篇）
240 新干线护送事件(前篇) *
263 大阪双重迷案-浪花剑士与太阁之城（2小时特别篇）
277 英语教师VS西部名侦探（上）
278 英语教师VS西部名侦探（下）
291 孤岛的公主与龙宫城（事件篇）
292 孤岛的公主与龙宫城（追求篇）
293 孤岛的公主与龙宫城（解决篇）
323 服部平次一筹莫展（前篇）
324 服部平次一筹莫展（后篇）
325 火焰中的红马（事件篇）
326 火焰中的红马（搜查篇）
327 火焰中的红马（解决篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案（2.5小时特别篇）
381 谁的推理秀（前篇）
382 谁的推理秀（后篇）
383 甲子园的奇迹 绝不能输给看不见的恶魔（2小时特别篇）
406 柯南和平次的推理魔术（操纵篇）
407 柯南和平次的推理魔术（公馆篇）
408 柯南和平次的推理魔术（解决篇）
479 和服部平次一起的3天（2小时特别篇）
484 黑色照片的去向（前篇）*
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决!
491 红与黑的碰撞 开端*
515 怪盗KID的瞬间移动魔术(1小时特别篇）*
516风林火山 迷宫的铠甲武士(特别篇）
517风林火山 阴和电闪的终结
521 杀人犯-工藤新一 (1小时特别篇)
522 新一的真实身份与兰的眼泪 (1小时特别篇)
523 真正想问的事
524 憎恶是青色的火花（前篇) *
剧场版
Movie 3——《世纪末的魔术师》
Movie 7——《迷宫的十字路口》
Movie 10——《侦探们的镇魂歌》
Movie 13——《漆黑的追踪者》
OVA1:柯南vs基德vs铁剑
OVA2:16个嫌疑犯
OVA3:柯南与平次与消失少年
OVA6:追踪消失的钻石！柯南&平次vsKID！
兰
001 云霄飞车杀人事件
048 外交官杀人事件（前篇）
049 外交官杀人事件（后篇）
162 飞天密室 工藤新一最初的事件[这个是回忆，但是基本上可以算是正式]
188 危命的复活 洞窟内的侦探团
189 危命的复活 负伤的名侦探
190 危命的复活 第三个选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所[这六集最好连着看，新一登场最久的一次，泪]
219 名侦探大集合 工藤新一VS怪盗基德[这个是OVA，新一在前面是以快斗的回忆出现，值得看喔]
286 工藤新一NY事件（事件篇）
287 工藤新一NY事件（推理篇）
288 工藤新一NY事件（解决篇）[是兰的回忆，但是也算是正式登场啦]
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案[呃，虽然出现了新一，但是…不方便多说，去看就懂啦^^]
400 心存疑惑的兰[兰的回忆，咱新一就只能活在记忆中了…]
472 工藤新一少年时的冒险（前篇）
473 工藤新一少年时的冒险（后篇）
490 服部平次VS工藤新一 滑雪场的推理对决