把崩溃的力士交给卡嘉利后，基拉就消失了。事实上，他以自己高超的智慧巧妙地潜入了地球联邦军，并带着面具隐藏了自己的面目。为了复仇，基拉用尽一切手段消灭反对他的人，发动了多次种族主义运动，扩大普通人和新型人的矛盾。与此同时，他不断开发新的武器来加强地球联邦军的实力。当他认为时机成熟时，他派了一个间谍小组去抢劫ZAFT的新女士，没人认识Kira。
于是，ZAFT和地球联邦的战争终于再次爆发。在激烈的战争中，双方士兵不断死亡，而这部小说的主人公鸟真也在战斗中成长，而卡佳利和宝珠的阿斯兰则拼命想阻止战争，但每次看到希望都被基拉用面具挡住。人类的未来被血雨腥风包裹，看不到和平的彼岸...
最后，飞鸟在一个荒岛上与斯特拉进行了激烈的思想斗争后，才真正看透了战争的本质。经过一番权力斗争，他决定和密涅瓦战舰的同伴们一起加入OBR和阿斯兰，阻止这场毫无意义的战争。但已经疯了的基拉认为OBR会阻碍他的复仇，亲自率领地球联邦军进攻OBR。OBR虽然顽强抵抗，但最终还是因为双方实力悬殊而再次倒下...(为什么要说“再一次”？为了保住和平的种子，大家决定重返太空，却得知ZAFT的新议长被联邦军队抓住了。为了不加深ZAFT和联邦的仇恨，卡加利决定留下来做人质交换，阿斯兰自然也决定留下来。当战舰的自动门在阿斯兰和卡加利身后关闭时，两人突然发现，战争的罪魁祸首已经站在了卡加利身后。愤怒的卡佳利一手打掉了那个人的面具，基拉疯狂扭曲的脸出现在震惊的阿斯兰和卡佳利的眼前...疯狂的基拉试图开枪打死两个人，斯特拉从后面冲上来砍倒基拉，开车送盖阿贡达姆去救他们。飞鸟镇一行的战船开始起飞。看到stella输给了另外两个，被抢走了Ms，费强行突破了霍克姐妹的阻拦，驱使Impulse和stella击沉了这两个MS。
就在四人不知所措的想要摆脱追击，却没有回到宇宙中与其他人会合的时候，宇宙决战来了！联邦军大规模使用核武器，ZAFT还投资了新型超巨型集束Miga粒子炮，生命在战场上如粪土般消失。从密涅瓦战舰中救出的ZAFT新议长和打开ZAKU的barrell突然占领了密涅瓦战舰，并夺取了阿斯兰留在船上的MS。
基拉在战场上突然得到通知:莱克丝醒了！极度惊讶的基拉立刻跑向医院，与此同时，拉克斯也醒了，知道发生了什么。悲伤的泪水落在之前一起拍的照片上，照片上的人物渐渐模糊...
基拉和拉克斯在医院的屋顶上再次相遇。基拉知道ZAFT的新议长是Lax的跨性别克隆人这一事实。(不成功且长期注射雄激素的克隆体正在迅速衰老，所以ZAFT的新议长不是16，7岁，他入侵Lax的原因只是想看看他原来的身体是什么样子。)然而，面对基拉被仇恨扭曲的脸，勒克斯却说:“你不是基拉，你不是……”慢镜头中，她穿着医院的病号服，像优雅的白鸟一样张开双臂，跳下了楼...当基拉悲伤绝望地哭喊时，她粉红色的问候眼睛停止了闪烁。...
霍克姐妹被ZAFT的新议长枪杀，拉科斯之死将剧情推向高潮！同辈仇恨的鸟是真的完全疯了，Kira，BT的ZAFT新议长，中力军，地球联邦军，ZAFT军终于要决一死战了！最后一战极其惨烈悲壮，让人落泪！在无数人的死亡之后，基拉和飞鸟终于在战场上与残骸进行了最后的战斗！就在这只鸟真的要被基拉打死的时候，突然基拉看到阿斯兰在地上保护卡佳莉免受炮火袭击，想起了她第一次驾驶高达的动机。基拉终于醒了，但为时已晚。stella从后面开着MS把Kira MS砍成两半，Kira是XX。从整个战斗来看，双方都差点丢了性命。当费鸟珍和斯特拉从破旧的MS里出来时，阿斯兰和卡嘉利冲过去欢迎他们回来...