在未来世界，面对试图征服地球的外星人，出现了阻止敌人入侵的五人小组，给身处困境的人类带来了一丝曙光。他们就是“科学忍者团”。没有任务的时候，五个成员各司其职，像普通人一样生活。一旦出现异常情况，它们就会变成无所不能的科学忍者，勇敢保护人类。