结局中没有给出当麻最后和谁在一起。
1、当麻与御坂美琴
当麻与御坂美琴在本传故事开始的前一个月就相识，自从助帮美琴从不良少年的纠缠下结尾开始，便与她结下孽缘。因为他的右手轻易地消除了美琴的绝招，所以经常被美琴找麻烦。本来只是美琴决斗对象的“令她在意的存在”。
但在“绝对能力者进化计划”中美琴陷入绝望之际，上条赌上性命阻止了那场实验，成为了她心中“只要哭喊，就会来救我的英雄”，美琴对他开始微妙起来。不过，对于美琴对他的好意，上条完全没有察觉，只把她看作是值得信赖的伙伴（直到故事最后）
2、当麻与茵蒂克丝
而当麻遇上茵蒂克丝后，想帮助她而奔走、作战，记忆丧失后也一样。上条起初认为她的好意与信任，是对于丧失记忆之前的他，但是之后就比较不在意了。
虽然在拯救茵蒂克丝的时候被“光之羽”击中头部而失去记忆，但上条为了不让茵蒂克丝感到悲伤，为了守护住少女心中的这份温暖，继续扮演失忆前的上条当麻这个角色。
在空中要塞“伯利恒之星”坠落之际，上条向因无人操控而漂浮在远距控制灵装周围、仅以意识存在的茵蒂克丝坦承了失忆的事。在上条眼中，茵蒂克丝就是个成天只会吃吃睡睡看电视的女生，故事中并没有交代二人的感情是如何发展的。
扩展资料：
剧情简介——
故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分。在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力高低不同，可以分为6级，从无能力到超能力。故事的主角上条当麻是学园里的一个无能力者，但并非完全没有能力，他的能力是能够将一切异能之力无效化。
他只有右手能够使用这种能力，还给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力取名为“幻想杀手”。而正因为他的右手似乎把神的祝福都给抹杀掉的缘故，导致自己一直过著不幸的生活。某一个暑假的日子，在家里的阳台上，
他遇见了一位修女；这位少女自称自己的名字叫“茵蒂克丝”，并是从魔法的世界逃了出来，现在正在被魔法师追赶中。就这样，掌握了十万三千本究极魔法书的少女与拥有抹杀一切奇迹的神上之手的少年，将面临一系列故事…