柯南和海原爱又一次逃脱了黑色组织的追捕，他们在阿笠博士的家里回忆起了这些日子。足原提出，每次黑组都有机会杀死他们，但为什么他们一次次想尽办法逃跑？柯南已经隐约感觉到幕后的黑衣人组织出现了，或许就藏在他们身边。这时，密花街发生了一起武装抢劫，昏迷不醒的是毛利兰和他的父亲小五郎。
柯南大惊失色，蒋木木的军官佐藤和高木也来到了阿笠博士的家中。根据现场传达的消息，绑匪的目的不是钱，不是更不用说珠宝，而是让柯南和海原爱交换人质，否则毛利父女的性命就保不住了。
命是命的事。柯南和阿沙拉拿着博士新发明的道具，去交换人质。毛利父女安然无恙，小五郎只是被乙醚震晕了。只是柯南和足原已经从绑匪手中消失了。
一个秘密通道里，四个人——两个绑匪，柯南和海原爱穿梭其中。一扇门打开了，光线照进了柯南的眼睛。他惊讶地发现，这个地方不是别的地方，而是柯南-工藤新一的家。
第一个绑匪摘下了面具。是波旁，柯南的另一个黑人组织成员被朱迪老师多次警告，另一个绑匪也摘下了面具。实际上是工藤新一的母亲，Hiko！
(2)
优习字取下柯南博士和足原给他们的道具，阿笠博士、佐藤、高木和警官牧牧突然失去了信号，感到焦虑不安。波旁拿出一条毛巾，擦去脸上的一层皮。工藤新一的父亲——工藤优作英俊的脸庞出现在柯南的眼前。
柯南不敢相信眼前的一切，海原爱也傻眼了。柯南问他的父亲是不是这个黑色组织的真正头目，这是默认的，并解释说他为了策划这次抢劫，用了“波旁”这个化名来到这里。柯南不明白这一切是怎么回事。你习字拿出了APTX4869的解药。柯南和海原爱服用后，恢复了宫野志保和工藤新一的身材和面容。
尤左承认自己的所作所为吓坏了柯南，但同时也向柯南解释了这样做的目的:其实在17年前工藤新一出生之前，彦子的退役一直是一个令他不解的谜。后来根据彦子的资料，她在一次宴会上无意中听到，美国在想尽一切办法控制整个世界，但在亚洲，首先是征服日本。在不打扰他人的情况下，直言不讳的广子通知了佑佐，佑佐以各种便利将这一信息报告给了日本天皇和首相。首相据此密令，为了抵抗美国的侵略，他要和其他几个人一起帮助首相实施一项计划。只有少数人知道这个秘密:首相本人工藤优作，另外两个人是黑羽盗一和目暮十三。
(3)
根据协议，首相负责最机密的部分，小偷-I通过他神奇的力量窃取所有可获得的信息，目暮十三进入警察局(他已经是警察了，所以很方便)，工藤优作充当小说家。四方一致认为，如果一方被曝光，它必须消失。黑羽盗一在一次行动中意外暴露了自己的身份，被迫自杀，留下年幼的儿子黑玉去打仗。但快斗一直不知道父亲的真实身份，所以不知道。
就这样过了十几年，美国迟迟不动，日本看似风平浪静，实则暗藏危机。工藤优作发展的黑色组织已基本成型。在他的努力下，有几个人决定终生追随这位杰作，即杜松子酒、伏特加、贝尔莫特、宫野明美等人。但在一个晚上，当优秀的黑人组织正在进行定期和定点接触交易时，工藤新一当场抓住了它。无奈之下，Gin听从了尤左的命令，将组织研发的毒药APTX4869给了一套新的西装。尤左伤心欲绝，却又无可奈何，于是为了避免组织一场大乱，他派出智商最高的杜松子酒和最烈的伏特加去跟踪新一。
佑佐一直期待新一成为智勇双全的勇者。他如何实现这个目标？因此，金建议制作一系列系列神秘案件来锻炼新一，并让他的青梅竹马宫野志保成为监督新一的孩子。新一经受住了考验。虽然身材矮小，但他通过发达的推理能力一次又一次打动了尤左。优佐很骄傲，因为他知道一切都会成功。
意想不到的事情总是会发生。首先，宫野明美不得不牺牲她，因为泄露的消息几乎被柯南看到，然后是瀛海和她的哥哥瀛友的干预。英海已经改名为水无怜奈(基尔)，她加入了黑人组织。与此同时，美国美国联邦调查局特工也来到了日本。尤左觉得基尔的来历有点模糊，甚至已经注意到她似乎是渗入该组织的美国联邦调查局卧底。然而，为了制造假象，右佐让他的养子赤井秀一假死(这是赤井秀一下落不明的直接原因)。最后一个意外是，黄昏时军官身边多了一个人——白鸟任三郎。白鸟的谨慎风格使他的眼睛变得警觉。他怀疑白鸟来自美国联邦调查局，所以他不得不更加小心，生怕白鸟锐利的目光会告诉他为什么。
(4)
听了优秀的作品，新一明白了很多。就算我有再多的话和理由去办公室给小兰解释，我也力所不及。因为他知道，自己不仅是毛利兰心中的“自以为是的家伙”，更重要的是，他的工藤家族已经成为保卫祖国的重要棋子。新一原谅了父亲，深刻认识到做出优秀作品的不易，但他和宫野志保也坚定了信心，发誓誓死保卫祖国。
毛利兰昏迷不醒，高郎和米勒陪着她的女儿。他们不知道发生了什么，但他们收到了牧牧警官的一封信:保护小兰，有人试图杀害她。
蒋木木警官开始行动了，他成功地通过秘密隔间来到了尤左的家。尤左带领几个人进入他们黑组织的基地。在那里，一张张熟悉的面孔出现在他们的眼前:琴酒和智宝相拥而泣，伏特加酒等人做着最后的准备，黑玉快豆也在其中。原来，佑佐是快斗的教父，所以听到这一切后，他毫不犹豫地加入了这场最后的行动。
日本首相也到了，他们尘封了十几年的计划即将开始。
就在他们准备实施计划时，他们收到了来自白鸟的警告:如果他们采取行动，毛利兰家族将被消灭。这时，牧牧完全知道了白鸟的真实身份，他是美国联邦调查局驻日办事处的负责人。当所有人都不知所措时，快豆建议白鸟可能不知道他的身份，他可以伪装成基德进入医院拆除炸弹。这是这场赌博游戏中唯一的筹码。新一提出，这个时候国家的利益才是最重要的。如果能避免几百万人，毛利人一家都救不了，他也能欣然接受。
基德成功地完成了他最擅长的事情，毛利兰安然无恙，白鸟也绝不是无所事事的一代。他说，美国对日本的侵略即将开始，但军事侵略不会发生。尤左早有准备。他知道侵略的蓝图和总计划不会围绕着白鸟，所以他将计就计，通过一系列事件把白鸟引出来，迫使他揭露美国侵略的总计划。
原来美国一直在恐慌日本的军国主义复苏。一方面通过侵略迫使日本妥协，同时又想控制日本的经济，让世界老大美国以一个声音应对，称霸世界。然而，10多年前，美国政局不稳，国会迟迟不通过法案，迫使美国联邦调查局的任务被迫中断。直到三年前白鸟成为日本的总领导人，这一切才得以实施和执行。
美国的侵略最终失败了，工藤新一似乎获得了新生。金和智宝举行了盛大的婚礼。“其实金是一个很体贴的人，为了国家的利益，他甚至可以放弃一切。”宫野志保甜美的声音回荡在新一的耳边。他喜欢智宝，却不爱她。看到智宝开心的表情，他心里感到无比甜蜜。
毛利兰醒了。她只知道她的父母和几个好朋友，但她不知道眼前的工藤新一是谁。她的脑海里依稀有一些破碎的记忆，却无论如何也拼凑不起来。
(5)
迪丹高中毕业典礼落下帷幕，工藤新一享受公费留学生待遇，想去英国伦敦留学。他当然很开心，不仅拿到了学位，还能见到自己的偶像夏洛克·福尔摩斯。
步美、弘彦、元太继续他们的少年侦探队。虽然柯南和阿沙拉离开了日本(听阿笠博士胡诌的话)，但他们相信，在他们的影响下，他们三个只要努力，一定会成为优秀的侦探。
进机场前，新一看到一个人在向他招手。正是失踪多日的赤井秀一。据一休说，他想和工藤新一一起去伦敦是为了保护他的安全。新面孔笑了，兄弟俩相拥着走进了检票口。
在飞机上，新一做了一个梦。在樱花飘落的街道上，夕阳下的毛利兰动情地说:
“无论你在哪里，我离你只有一个转身……”
2.医生是个坏人。。毛利是超人。还有，柯南的解药竟然是爱情的力量。
青山大叔终于揭晓了柯南的结局。
近日，小学博物馆在接受某杂志采访时表示，打算在今年内终结名侦探柯南。
从小学博物馆传来的证言来看，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但考虑到剧情已经进入白热化阶段，再拖下去只会降低故事的观赏性，所以虽然有些遗憾，但也只能保证剧情优先。
“至于大家最关心的结局问题，作者青山冈根没有透露太多，只说会出乎意料，动画会在漫画之前结束，最后的故事会在漫画中完整回答。至于柯南结束后是否继续创作基德的故事，青山说‘还没想太多，但读者喜欢也没什么不好’。
官方消息称，对于丧的问题，青山先生给出了最终答案。最后几集，莫宁被组织以非常秘密的方式拍摄。目前青山先生这部漫画已经完成。游青山老师说，在她哀悼生命的最后，和柯南{工藤新一}的对话很经典，所以她退出了这段不属于她的感情。小兰被组织绑架，柯南开始了与组织的最后对决。至于结局，不要乐观。青山老师说会给大家一个惊喜！
阿笠博士的真实面目。
黑衣人的真正头目是阿笠博士·多克，他一直躲在他们周围。李.
事情是这样的，工藤优作怀疑并侦察了这个黑色组织。打着小说家的幌子秘密调查。发现一些蛛丝马迹后，他搬到黑组织头目阿丽家隔壁居住，从小培养心仪，为了打探一些信息，派心仪和阿丽相识。当阿里开始怀疑工藤父子时，他想出了一个致命的招数。他派金和沃克跟踪出去约会的小兰和新一。大家都看了第一集。其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，所以新一被他们变成了柯南。之后，阿里自然成了心怡的同伴和监护人，柯南实际上成了阿里手中的人质。当时辛屹父母第一次出场的那集其实是和阿里协商的，最后的结果是阿里勒索他们和柯南一起流亡瑞士。但是，再优秀的作品也不能告诉心怡真相，这让心怡有被欺骗和伤害的感觉。我只能答应阿里的要求，再也不回日本了，所以你看到的优秀作品只在103集回了日本，而且还是伪装的，所以阿里找不到。
事实上，APTX-4689是由阿里和海原艾的父母共同开发的，但在成功后，艾的父母意外去世。阿里让柯南活着只是为了看看这种药还有没有其他副作用。但突然有一天，佑佐和雪子突然潜回日本，与柯南秘密接触(第103-104集)，让他感到了威胁，于是安排了一个间谍时刻跟着柯南，也就是海原爱。人工智能实际上是APTX-4689的第一个实验。原始医学的目的是永远保持年轻。没想到事与愿违，产生了副作用，导致身材变小。柯南事件后，艾成为柯南身边卧底的最佳人选。为什么柯南从来没有被骚扰过，是因为柯南其实一直处于黑组织最厉害的老大的监视之下。毛利小五郎也从警察队伍中退休了，因为他找到了阿里。当时非里事件的枪击只是一个借口，所以后来穆基说毛利人总是把他们引入歧途。
青山刚昌给了你一个提示，但很少有人能看到，因为它太晦涩了。事实上，阿里这个词，如果拆解成李阿祝语，在日语中反过来拼写，就是拉丁语中的莫里亚蒂。因此，阿笠博士实际上应该被称为莫里亚蒂教授——福尔摩斯中的邪恶教授。
柯南498字(特别两个半小时)的结局，完全是揭示和感动。
第一部分:江户川文学一代的第二次出场。
江户川端再次来到毛利侦探社，说要带柯南去游乐园。柯南认为她又被美智子耍了，所以他毫无疑问地跟着戴文的车。但是柯南被江户川在车里的替身手枪控制了。原来她属于黑衣组织，柯南的身份已经完全被组织发现了！
柯南仍然在慌乱中用麻醉枪射杀了伪装成文字一代的敌人，在汽车冲下桥跑到阿笠博士家之前逃了出来。
与此同时，Gin从学校绑架了少年侦探队，并威胁Ai交出她研究APTX4869解药的数据。艾为了救大家，把资料给了组织，被琴酒带上了车。
另一方面，杜松子酒在他离开后偷偷告诉伏特加杀死少年侦探队的三名成员。
伏特加酒试图射杀少年侦探队的时候，柯南终于找到了，救了大家，伏特加酒却逃脱了。还说组织在等工藤新一。
第二部分:沉睡的小五郎-觉醒！
柯南来到医生家追踪眼镜，找到了艾的下落。柯南留下了一张写有所有内容的磁盘，让医生交给兰，并决定自己面对黑组织。
但是磁盘被闯入医生家的英语老师朱迪拿走了。原来她是美国联邦调查局黑人组织上层安排的特工。阿笠博士用他的新发明——弹射椅欺骗了朱迪，逃过一死，来到了毛利家。当正要把目前的情况告诉小五郎和兰时，他发现坐在侦探社客厅里的毛利竟然摆出了小五郎的睡姿！毛利人面前的笔记本上写着“工藤新一”、“柯南”、“黑人组织”等等。
原来毛利早就怀疑柯南了，每次合作扮演睡觉的角色，都是为了调查柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡中展现了自己的真正实力，通过柯南留下的磁盘数据推断出了黑组织的位置。
与此同时，美国联邦调查局特工赤井秀一来到她的同事朱迪的家里，意外地发现了柯南的磁盘。他偷偷把磁盘带回家。秀吉在解开密码后看了柯南的自述和对整个事件的推理。他开始怀疑同事朱迪的身份，却突然被人从背后打昏。
此时在米花镇，放学回家的兰在门口无意中听到了小五郎和的对话，最终确定柯南就是新一！在泪水中，兰决心赌上自己的生命，与黑势力拼个你死我活，拯救心怡！
第三部分:小说家的不速之客。
朱迪把赤井秀一带回了组织。金威胁一休加入该组织，最终考虑时间为2小时。
因为可悲的数据和合作。两个小时后，组织的药物数据计算终于可以完成了。也就是传说中的“既是上帝又是魔鬼”。让时光倒流，让死人复活。
在世界的另一边，工藤优作和美智子也收到了医生的消息。优佐第一次让梅喜子进入他的密室。原来，这是工藤优作单独打击黑人组织的总部。小说家只是收集信息的幌子。
工藤优作和美智子明白决战的时刻已经到来。在收拾设备时，一位不速之客突然出现在前门——牧牧警官。
牧牧警官撕掉了他脸上的伪装。尤左惊讶地发现，到场的嘉宾居然是他学生时代以来最好的朋友，他甚至成了儿子的教父！
他就是曾经名噪世界的伟大魔术师——黑羽先生！
看到10年前被判定失踪的老朋友，尤左十分惊讶。而黑羽开门见山的告诉尤左，他已经独自对抗反黑组织十年了。办法就是让儿子黑玉赶紧去世界上找一个特别的宝石来打。今天快斗给他发了一条代表最后决战的消息:关于宝石，新一，黑组织，人类的未来。他刚刚以黑羽的身份回到地球！他的儿子也被称为平成·亚森·罗宾。优弥这才恍然大悟，原来他的教子是黑叶海东！
第四部分:最黑的黑
柯南晚上来到了东京铁塔，那里正在举办东京世博会。原来黑组织的总部是东京市中心！柯南骗警卫进入地下室的暗门。
这是另一个地下王国。柯南用阿笠博士给他的电脑入侵了黑组织在警卫室的电脑中心。在传播加密数据的时候，柯南不小心被人从后面撞了出去。那个人又喝醉了。
阿笠博士得到了一部分数据，把所有的信息汇总在一起。尤左和小五郎得出了一个令人震惊的结论:这个黑色组织的老大可能是日本前首相吉田袁波，而天皇本人就是这个黑色组织的支持者！该组织的一部分重要职能就是通过非法手段实现日本的扩张！
美国早就意识到这一点，并指示美国联邦调查局特工秘密干预。其实美国也想通过运营组织来控制日本。
在分析这个结论的时候，毛利人租的车已经开到东京铁塔下面了。
赤井秀一的门突然开了，走了进来——“雪莉”(Haibara Ai)。
第五部分:接近
这幅画面展现在赤井秀一的记忆中。他是宫野志保最珍贵的童年伙伴，也是唯一想和宫野志保一起玩的孩子。也正因为如此，赤井秀一第一眼就解决了莫宁的身份之谜。
艾没有承认她的身份。她说她可以穿上那件时装，条件是他永远不要回来。朱迪在两个人争吵的时候出现了，一休为了挽回悲痛而死，留下了遗言:“不管你在那个世界叫什么名字，我都能找到我的天使。”朱迪的黑枪指着艾。
这时，毛利小五郎也闯入组织，在组织训练杀手的道场，用空手道打败了一群职业杀手。就在他得意洋洋的时候，主教练出现了，居然是日本空手道冠军冯·。小五郎败了，跟着他的兰却跳了出来。当兰被狂风逼得走投无路的时候，耳边又传来了一声怒吼。
第八部分:江户川·柯南VS工藤新一。
艾停下射向柯南的子弹，倒在柯南面前，琴酒一步步靠近。飞船的自动排除系统启动了。目标是所有生物。琴酒被桅杆里的狙击枪一枪接一枪，直到心脏停止跳动。
柯南挡住了Ai的去路，但幸运的是，他们的目标太小，无法判断。
天色即将破晓，我微笑着拿出血粘丸，世界上唯一的APTX4869解药。
“柯南，我真的想永远和你在一起。但是我们没有机会。”艾握着解药的手，伸到了柯南的脸上:“吃吧。”
“白痴！这个解药只要保存后分析就可以复制！”柯南抱住了艾。
“不要。”艾突然大声咳嗽，瞬间把药塞到柯南嘴里。“你还不明白吗？”看着柯南不小心吞下了药丸，他慢慢笑了:“这是科学和推理都解释不了的问题！”当她闭上眼睛时，艾用只有柯南能听到的声音说:“这不是工藤新一。”。我爱的人是江户川·柯南。"
“艾——”药物和意念一起让柯南感到无比的痛苦，他晕了过去。
佑佐和小五郎突然灵光一闪。尤左终于找到了破解这台由科学和逻辑组成的庞大机器的银弹。
第九部分:银弹，我们的协议
人类战胜一切邪恶和恶魔的银弹是不可替代的“爱”。“爱”是科学和逻辑永远无法解释的程序。工藤优作发出的银弹瞬间就被传送到了计算机中心。超级计算机最终因为计算溢出和无法模拟程序方法而崩溃。巨舰的爆炸装置五分钟后开始启动。心怡迷迷糊糊听到了熟悉的呼唤:“心怡！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了:飞船在日出时爆炸了。
新一坐在海边，看到了比太阳还耀眼的光。他心想，“江户川·柯南已经不在这个世界上了。他和艾去了他们的快乐花园。而我……”他转过头，看见兰流着泪站在他身后。“终于实现了，我们的约定！”一对新的兰花紧紧地抱在怀里很长时间。辛屹突然看到一个年轻的侦探组站在远处的朝霞中。他习惯性地想跑过去加入大家，但脚步突然停住了。心怡慢慢转过身，用只有她自己听得见的声音说:“大家再见。”他慢慢走到人群的另一边，没有回头，咬紧牙关，泪水不禁模糊了他的双眼。突然掉了一大滴眼泪，然后更多的眼泪也跟着掉了下来。
新一听到了步美的声音:“再见，柯南。”"