1、顺序不一
web版：是作者当年在网上的个人主页连载的版本。
文库版：是后来作者在出版社出实体书的版本。
2、类别不一
web版：外传属于web版。
文库版：文库版的短篇都是属于补全的内容。
3、内容不一
web版：内容上圣剑版失败。
文库版：内容上圣剑版成功。
《刀剑神域》的剧情介绍：
2022年，人类的科技力终于得以将完全的网络虚拟空间实际制造出来。桐谷和人，一名年轻的网游玩家，便是使用NERvGear玩《SAO》的先行者玩家之一。他很幸运——抑或说不幸地获得了参与封闭测试的资格，开始享受起了正式版的SAO世界。
并且，在游戏内Game Over或是尝试脱下NERvGear，现实中的玩家也会立刻被NERvGear发出的高出力微波破坏脑部而死亡。突如其来的恐惧，导致最初的一个月内死亡人数就突破了2000，然而渐渐地，玩家们开始习惯了这个“真实的虚拟世界”。
SAO正式上线4小时后，正和好友组队的和人发现封测时确实存在的“退出"指令竟然从指令控制面板上消失了。而桐谷和人，则化身成名为“桐人”的黑衣剑士，开始谱写他作为一名独行玩家的冒险篇章。