《鱼》动画版和漫画原著基本保持了相同的故事线，只是部分人物和叙事顺序做了改动。女主角华芝和她的朋友和惠在一次毕业旅行中去了冲绳的海边，意外地发现了一条散发着臭味的会走路的鱼。随着时间的推移，大量的走鱼开始登陆冲绳附近的海岸。担心未婚夫塔中花枝，她一个人回到东京，发现这里已经变成了会走路的鱼的世界。在飞机上遇到华智的记者白鹤，为了得到更多关于走鱼的信息，和华智一起去寻找阿忠。经过一系列与走鱼的激烈对抗，两人终于来到了小六教授的研究室，阿忠叔叔。百合得到了小六对走鱼的绝密研究，花志也在研究室发现了被未知病毒感染的阿忠。花枝和百合从小刘口中得知，走鱼是日本在二战时研究的秘密武器，但搭载它的船只在冲绳附近海域沉没。这种秘密武器还携带一种神秘的病毒，被感染的生物会在体内产生大量气体，从而推动行走机器的运动。已被感染的阿忠情绪失控，刺伤了小六。华智和百合跟着他到了街上。这时候绝大多数人都被感染了，变成了全身浮肿，不停喷出腥臭气体的恐怖局面。华枝的朋友惠成了行人感染者，而被埋在了一个行走的鱼塘里。阿忠被其他感染者围攻致死，白鹤也被感染。最后只有华智逃脱，和其他未被感染的人一起乘船离开了日本。然而在影片的结尾，被散步感染的人已经遍布全球。面对这个充满气的世界，华智只能感叹“习惯了……”