至今长达25年的连载也不仅改变了作者的画风，更悄然改变着《魔术快斗》整个故事风格。而漫画第3卷File.5《蓝色生日》，也就是“神秘组织”的登场则是故事的分水岭。
连载初期，《魔术快斗》整体故事氛围轻松搞笑，并时不时会讲些与盗窃完全无关的故事。在仇敌神秘组织出现后，《魔术快斗》中有趣的世界观有些改变，红子等人逐渐淡出视野使得故事的魔幻色彩减弱。搞笑变为辅助元素。当涉及到父亲的过去，故事则会变得史无前例的严肃。
并且推理的成分有些增加。这点在第4卷“黄金之眼”篇中表现得最为明显，怪盗黑猫在这集中曾这样评价基德：“明明是个小偷，讲话口气却像侦探似的。” 而“午夜寒鸦卷”更是几乎完全变成了推理故事。这可以理解为青山刚昌在连载这么长时间的《名侦探柯南》后，使得两部作品趋同。因此有漫迷担心《魔术快斗》在这种趋势下会丧失自己风格，甚至与《名侦探柯南》合并。但其实青山刚昌一直在用心地注意《魔术快斗》和《名侦探柯南》的区别，例如红子一直在《魔术快斗》中登场，却从未在《名侦探柯南》漫画原作中登场过。也正是两部作品的世界观不同，“漆黑之星”篇在改编为《名侦探柯南》动画时才删去了红子使用魔法的情景（《魔术快斗》特别篇DVD中恢复）。
连载初期，基德的盗窃目标是为了引出杀父真凶，因此基德并没有明确的盗窃目标，并似乎以盗窃作为乐趣：除宝石外，他还偷过毕加索的画 ，偷过铜像 ，偷过宝刀 ，还偷过全垒打棒球 。在侦知神秘组织试图得到“命运之石潘多拉”的阴谋后，基德的目标便集中于世界知名的大宝石上。
早期故事中没有出现怪盗基德的强劲对手。这点在第三卷白马探的登场而改变，之后“神秘组织”登场，第四卷中《名侦探柯南》的主人公工藤新一又进行客串，基德的强劲对手在不断增加。
早期漫画中，快斗变装为怪盗基德并没有特定原因。不过为了防止真实身份被揭穿，尽量不会在青子面前和学校中变装为基德。后期则完全在盗窃时才变装为怪盗基德。
初期每个故事的标题都是模仿著名电影的名字。在“潘多拉”之后，各集故事标题变为被基德锁定目标的大宝石的名字（仅“怪盗淑女之卷”和“午夜寒鸦之卷”除外。不过由于“怪盗淑女之卷”其中盗一称让千影进到自己的宝物箱中，所以“怪盗淑女”也可以看作是“宝石”的名字），并且几乎每个宝石的名称都与颜色有关（注：其实《魔术快斗》主要角色的名字也都与颜色有关）。另外，初期故事均为一话完结，后期故事则多为前后篇故事，“午夜寒鸦之卷”更是变为前中后三话。