唐开元年间，唐玄宗病中梦见一小鬼盗走玉笛以及杨贵妃的绣香囊。玄宗大怒，忽见一大鬼奔进殿来。此鬼蓬发虬髯，面目可怖，头系角带，身穿蓝袍，皮革裹足，袒露一臂，一伸手便抓住那个小鬼，剜出眼珠后一口吞了下去。玄宗骇极，忙问是谁?大鬼向玄宗施礼，自称是终南山钟馗，高祖武德年间，因赴长安应武举不第，羞归故里，触殿前阶石而死。幸蒙高祖赐袍葬之，遂铭感在心，誓替大唐除尽妖魅。唐玄宗醒后，病也霍然而愈。玄宗令画家吴道子按其梦中所见画一幅钟馗图。图成，玄宗在画上批曰：“灵祇应梦，厥疾全瘳，烈士除妖，实须称奖；因图异状，颁显有司，岁暮驱除，可宜遍识，以祛邪魅，益静妖氛。乃告天下，悉令知委。”有司奉旨，将吴道子《钟馗捉鬼图》镂板印刷，广颁天下，让世人皆知钟馗的神威。
这段故事就是人们所熟知的钟馗的来历，版本来自明朝人所引的《唐逸史》。后来的《平鬼传》等小说，更是将钟馗“相貌奇丑”这一标志性特点发展为“钟馗便因貌丑而被唐德宗嫌弃，未能高中状元，愤而自杀”的情节。因此，唐代是否已有这个故事流传并不一定。但是皇帝赐给大臣钟馗画像作为新年礼物，的确是盛唐以来的惯例，如开元时的名人张说及其后的刘禹锡等，都有谢赐钟馗图的作品传世。另外，人们还在敦煌遗书中发现了唐写本《除夕钟馗驱傩文》，是为钟馗已在大傩仪中扮演主角的实证。所以，也有人估计钟馗故事的起源可能早于唐代。
对于玄宗梦钟馗的故事，北宋沈括已经提出质疑。他在《梦溪笔谈》之《补笔谈》中说，宋仁宗皇祐年间，金陵上元县曾发现一处古冢，乃南朝宋征西将军宗悫母郑夫人墓，由碑文可知，宗悫有妹名叫钟馗。此外，后魏有李钟馗，隋将有乔钟馗、杨钟馗。因知“钟馗之名从来亦远矣，非起自开元之时”。
明人郎瑛、胡应麟等多从其说，但结论有别。郎瑛认为钟馗的原型就是北朝人尧暄，其人本名钟葵，字辟邪，“馗”乃“葵”字讹传，由于他表字“辟邪”，所以后人才附会出捉鬼的故事。胡应麟提出，钟馗捉鬼的传说“盖自六朝之前固已有之”，所以尧暄曾取名钟葵而字辟邪，南北朝时名叫钟馗的人很多，可能都取义于此。
明杨慎和清顾炎武、赵翼等根据《周礼·考工记》“大圭，长三尺，终葵首”、《方言》“齐人谓椎为终葵”等资料，认为所谓钟馗系由“终葵”演变而来。“终葵”是一种利器――椎，“大圭”是古时天子的仪仗，上端形状像椎，故云“大圭终葵首”。齐人说话迟缓，把“椎”的发音拖成了两个音节，乃成“终葵”。古人以椎为作战的利器，故《后汉书·马融传》中有“翚终葵，扬关斧”的描绘。“盖古人以椎逐鬼，若大傩之为耳”(《日知录》卷三十二《终葵》)。南北朝时许多人取名钟葵或钟馗，是希望像古人用以刺鬼的武器终葵那样，令所有的鬼魅望而生畏，这种意义到了唐代最终演变为人格化的“钟馗”。近年来随着秦汉文书大量出土，古代盛行以椎击鬼的事实已被证明。如秦简《日书·诘篇》云，人被哀鬼缠上，可“以棘椎、桃秉(柄)以敲其心，则不来”；西汉帛书《五十二病方》也记有用铁椎击鬼治病的法术。故有人认为顾炎武对钟馗起源的解释是可信的。
关于钟馗，今人也有不少独到的研究。不过综观古今诸人的见解，应该说诸说并立，钟馗之由来仍然还是中国民俗文化史上的一个大谜。