对巨人的攻击设定在人类的41千年。本来人类的科技已经达到了相当高的水平，控制了银河系的大部分星球，但是一万年前发生了一场子空间风暴，导致星球之间的导航和通讯全部被切断，很多外星智慧生物趁机攻击人类银河帝国。世界上很多人类都被屠杀了，只剩下一小部分。这些人的科技水平已经迅速倒退到中世纪的水平，只剩下很少的技术，三维移动装置就是其中之一。在这场亚空间风暴中，一种名为钛的硅基生物崛起，技术发展迅速。碳基机器人的原型很快被制造出来，并被放入人类世界进行实验。官方代号为Beta，也就是人类所说的“巨人”。这些碳基机器人配备了尚未开发的人工智能，只能进行简单的歼灭动作，因此需要由飞行员的机长，也就是“智慧巨人”来指导。钛星人建了一个三层试验场，每隔一段时间就放出一些样品进行测试。但后来，人类中出现了一位统帅，他被称为玉帝。他带领军队征服了许多星球，很快就轮到了泰坦的试验场。由于生物的出现太多，原本由玉皇大帝率领的银河联盟已经派出了装备有次元波引擎的战列舰大和号，计划彻底摧毁这颗星球。然而，人类情报机构SEELE突然得到信息，古代人类科技的鼎盛时期留下了一份强大的遗产，代号为拉普拉斯盒子。打开盒子需要一把特殊血统作为“钥匙”，目前唯一确认的“钥匙”就是我们的主角艾伦。艾伦的家族是人类血统，但在亚空间风暴后，他被钛星人征服，被迫为钛星人服务，成为碳基机器人驾驶员家族。在第一批碳基机器人投入使用的时候，艾伦的祖先因为定位设施失灵而落入人类领地，于是隐姓埋名地生活在人类中间。钛星的情报组织Nerv也通过特殊渠道得知了魔盒和艾伦的存在，于是派出BETA部队和附近的各路舰长去抓捕艾伦，星际舰队也在赶来支援的路上。与此同时，玉皇大帝领导的银河联盟开始了代号为“加尔甘蒂亚”的“关键”行动，在接下来的剧情中，将会把一种可以完美契合艾伦，性能超越BETA的机动武器ARX-7放入新浪墙？阿尔巴莱斯特.没想到，发射前自动导航设施坏了。为了不耽误计划的执行时间，精英飞行员伦纳德·泰塔斯·罗萨驾驶arbalest，在没有充分发挥其性能的情况下，下降到试验现场。然而，由于人工引导的准确性，他降落在被占领的玛丽亚实验区。为了保证空中AI室的安全，伦纳德离开身体引开巨人，用固定电池与巨人搏斗，最终死于电池爆炸。主角艾伦看到了身体的衰退，耳语者的体质受到了刺激。他瞬间掌握了身体的驾驶方法，成功夺取身体对抗巨人。但是因为巨人太多，阿尔巴莱斯特的精力几乎耗尽。关键时刻，艾伦触发机载NT-D系统，开启AT-Field，将精神力量转化为物理能量，开始无与伦比。在消灭了试验场的巨人后，艾伦找到了李三，想带她离开试验场，回到真正的“人类领地”，结果被Levell的指挥官发现了。队长是泰坦在试验场的卧底，对艾伦有着特殊的感情。在发现艾伦的企图后，他紧急启动了原本作为最后一张牌的钛星新机甲“丧之女妖”，将艾伦击得粉碎。随后莫宁女妖摧毁了胡加德的冈提亚行动舰队的轨道炮击，船长通过一个瞎子的瞬移成功逃脱。地球随后发射了ARX-8，阿巴莱斯特的继任者？Laevatine，并成功交付给艾伦。眼看艾伦就要逃走，泰坦终于越过了最后一道防线，发射了MK82核弹头，击毁了加尔甘蒂亚舰队的三分之二，成功击毁了莱瓦汀。艾伦紧急爆炸，同时开启NT-D精神场、AT-Field和λ-drive，在核爆中拯救了驾驶舱。就在艾伦和李三以为他们已经逃脱的时候，队长和刺客出现了。刺客用他的技能将李三吸入黑洞，然后队长骑在艾伦身上用短刀将他刺死。得知这个消息，玉帝终于签署了灭绝令，用Q弹炸掉了整个星球。
完成了。