武器和道具
士兵的枪:故事设定中有四支枪，由松本零士作品中的著名人物持有。持有人分别是玛德尔、宇宙海盗哈洛克、宇宙海盗艾米·拉达斯、铁浪星野。铁郎拿着的那把，是宇宙女海盗艾米·拉达斯的情人奥特罗的母亲作为儿子的遗物送给铁郎星野的，枪把上刻着数字“4”。
人造太阳:暗星是用来破坏吸收光线的机械，是居民雷兰研制的。发射成功后，由于居民无法接受他们的长相，自杀率达到99.9%。
设施和场所
银河快车776号:一辆普通列车作为开场。重力底，与铁郎乘坐的999次列车相撞。起点站:终点站:
超快车999:终点站是传说中可以免费获得机械体的地方，但因为某些原因，总是很少有人回来，所以有人称之为“魔鬼列车”。起点站:终点站:
黑骑士星:属于黑骑士的私人星球。
明日之星:一颗与地球非常相似的行星。这里的人不知道银河铁路999号列车的存在。
Al Alamin:和北非发生战车战的地方同名。战争的对象、目的、时间不详。只有非生物武器和具有生物感应功能的自动战车留在这里。铁郎和梅德尔终于在假死状态下停止了战车的攻击，最终靠着车掌把999次列车安全带回。
巴格尔星球:你经过这个车站的时候需要关上窗户，因为外面有17.65亿乞丐。原因是大约200年前的政府腐败导致人们失去了生活的动力，甚至拖累了经济，以至于从上到下都是乞丐。因为一个男生不明途径上车，被Madl开走，所有乞丐都知道车上有人，引发混乱。离开那颗星后，铁郎和梅德尔被乞丐星上的一个强盗带走，切断了火车，漂流在宇宙中。
瓦雷拉:一个中空的星球，有许多洞通往宇宙。不知道什么原因，行星内部存在反引力(即行星的引力矢量是由外向内)。
枯叶环:巨大植物行星毁灭后留下的环状枯叶带。其中也有高放电的电蘑菇。
“好奇号”:一颗看起来像眼球的行星有两颗卫星。可能是过去人类留下的高科技智能体。在强行让999号列车停下并命令司机和主角下车脱衣后，铁郎并没有服从更离谱的“尸检”Madl的命令，而是用司机的刀砍地。好奇心在感到尴尬后自爆了。它的两颗卫星虽然跟上了逃逸的999列车，但还是被与列车电脑相连的Madl引诱着撞上了，形成了一颗天然行星。
记忆之星:就Madl而言，它是一颗充满记忆的悲伤星球。看居民的眼神是极其危险的，甚至不惜损害对方的身体。原因是，来到这个星球的人，即使死了，也会一辈子专注于自己的专业。它是一个充满专家灵魂的星球，或者只是一个空壳子。
壁星:从赤道分成两半的星球，因为两百年前居民分为自然主义和科学派；山达基的半球在分离后爆炸了。999列车第二十站在自然一侧，居民用鼓交流。还有一些先进技术的痕迹(比如反重力飞行器)。Madl第二次被俘后，地心压力上升，造成破坏。
暗星:吸收所有光线的行星。居民之间的交流只靠眼神和声音。
重力之底:又称“人类灵魂的墓地”，300年来一直是刘智的居所。位于黑洞中，有一个装置可以监控整个宇宙的时间。